计算化学公社

标题: 求助dalton输入mol文件如何做 [打印本页]

作者
Author: pompy 时间: 2018-4-1 18:17
标题: 求助dalton输入mol文件如何做
本人现在用dalton做双光子吸收计算，不同分子的mol文件报错也不相同，怀疑是mol文件没有做好，因此请教各位老师如何正确的做出好用的mol文件。本人做mol文件使用的一段fortran程序，将g09优化的out文件中坐标转换得到，强制转换原子顺序是否会对计算产生影响？附件为fortran的转换程序

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-1 18:56
用Multiwfn载入含有结构信息的文件，诸如.xyz、.fch、.pdb、.molden等等，进入主功能100的子功能2，选择输出Dalton输入文件。然后把输出的文件内容适当修改（关键词、基组）就可以用了，这是最省事的方法。

作者
Author: bomsaude 时间: 2018-4-1 19:54
本帖最后由 bomsaude 于 2018-4-1 15:03 编辑

我看了一下你给我的短消息，提出以下建议：

1 不要用2011版了，用最新的2016版，自己下载的由于cmake的关系安装不上，是下载方式不对，没有下载到外部那些文件。如何下载到完整的文件，Dalton论坛有下载方式，或者用本论坛Sob老师的2016版，编译、安装没有一点问题。新的Dalton版本Dalton官方网页说是今年10月份发布。
P.S.：我以前试过Ubuntu下gfortran编译的比Centos下ifort编译的计算似乎慢很多。

2. 计算多光子吸收，程序开发者给出的DALTON.INP文件（见后面）是用response计算，你做的为什么要把那个语句注释掉？

3. MOLECULE.INP文件用不着Fortran程序来改，用Multiwfn做一下就行，或者你做的就是不同分子的，把新的坐标取代已有的mol文件中的坐标就可以了。高斯优化后坐标一般是埃，Multiwfn给出的mol分子也指明了单位是埃，尽管Dalton默认单位是原子单位，也没有必要转换，在mol文件中写个埃就完事了。

祝你好运！

--------------------------------------------------------
附多光子吸收DALTON.INP

jPA

1pa:
**DALTON
.RUN RESPONSE
.DIRECT
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
CAMB3LYP
**RESPONSE
*LINEAR
.DIPLEN
.SINGLE
.ROOTS
5
**END OF INPUT

2pa:
**DALTON
.RUN RESPONSE
.DIRECT
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
CAMB3LYP
**RESPONSE
*QUADRATIC
.TWO-PHOTON
.ROOTS
5
**END OF INPUT

3pa:
**DALTON
.RUN RESPONSE
.DIRECT
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
CAMB3LYP
**RESPONSE
*CUBIC
.THREE-PHOTON
.ROOTS
5
**END OF INPUT

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作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-4-1 21:45

bomsaude 发表于 2018-4-1 19:54
我看了一下你给我的短消息，提出以下建议：

1 不要用2011版了，用最新的2016版，自己下载的由于cmake的 ...

给老师点赞

作者
Author: pompy 时间: 2018-4-3 08:59

bomsaude 发表于 2018-4-1 19:54
我看了一下你给我的短消息，提出以下建议：

1 不要用2011版了，用最新的2016版，自己下载的由于cmake的 ...

作为一个软件小白我按照我老师给我的东西一步一步模仿着做的，其中dal文件没有仔细分析过。cmake编译时候出现系统版本较低，升级只能到2.6，而dalton2016最低要求2.8的版本。现在用2011能够提交任务了。我现在出差，等我回去后把系统版本升级后安装2016试一下，非常感谢您的回复

作者
Author: pompy 时间: 2018-4-17 09:41

bomsaude 发表于 2018-4-1 19:54
我看了一下你给我的短消息，提出以下建议：

1 不要用2011版了，用最新的2016版，自己下载的由于cmake的 ...

您好，感谢您的帮助，我现在已经安装dalton2016版了，用的sob老师论坛里的版本。但是并行编译还是做不通，计算需要指定程序路径才能执行。另外也安装过LSdalton1.3版本，安装都没有问题，但是在lsdalton1.3版本里边没有*QUADRATIC和.TWO-PHOTON这两个指令，无法进行计算，这种情况应该怎么办

作者
Author: bomsaude 时间: 2018-4-17 16:05

pompy 发表于 2018-4-17 01:41
您好，感谢您的帮助，我现在已经安装dalton2016版了，用的sob老师论坛里的版本。但是并行编译还是做不通 ...

1 并行做不通，不知道你是怎么做的？并行安装时，你也可以不指定编译器，就写一个 --mpi，一般就可以编译成功并行了。不行的话，你可参照Dalton官方网页，按照你的系统和已有的编译器，再指定编译器来编译。

2 你把可执行的文件路径写到.bashrc中，就不用每次都写路径了。具体可参照beefly大神那个用Dalton计算荧光和磷光的教程。

作者
Author: pompy 时间: 2018-4-17 17:43

bomsaude 发表于 2018-4-17 16:05
1 并行做不通，不知道你是怎么做的？并行安装时，你也可以不指定编译器，就写一个 --mpi，一般就可以编译 ...

1，并行就是安装openmpi，然后./srtup --mpi编译的，但是最后ctest全部错误。
2，可执行文件路径已经放进.bashrc里边了，还是不行，用sob老师的那个编译出来没有bin文件夹，which的时候找不到dalton指令

作者
Author: bomsaude 时间: 2018-4-17 21:09

pompy 发表于 2018-4-17 09:43
1，并行就是安装openmpi，然后./srtup --mpi编译的，但是最后ctest全部错误。
2，可执行文件路径已经放 ...

ctest全部错误，这估计好解决，你加我qq（见消息），然后发几个截屏，我看看你的情况

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-4-17 21:15

bomsaude 发表于 2018-4-17 21:09
ctest全部错误，这估计好解决，你加我qq（见消息），然后发几个截屏，我看看你的情况

你好，我dalton计算遇到一个问题，在主节点下能够顺利计算成功，但是在计算节点下就出现报错forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred，不知道是什么原因，具体我发在论坛请教里面了，谢谢。
详细见论坛http://bbs.keinsci.com/thread-9736-1-1.html

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