计算化学公社

标题: 通过cif文件怎么得到wfn文件 [打印本页]

作者
Author: 清远常山 时间: 2018-4-3 15:00
标题: 通过cif文件怎么得到wfn文件
本帖最后由清远常山于 2018-4-3 15:16 编辑

新手，刚刚接触量化，想按照Multiwfn教程计算一下自己研究体系，教程已经学了一遍，但是自己研究体系不知道怎么转换成软件可以识别的文件，我只有cif文件，能不能得到wfn、fch等Multiwfn可以识别的文件，或者怎么才能得到这类文件？请大家广施援手，带我进入量化计算的大门

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-4-3 15:08
看你需要用到Multiwfn的具体哪个功能。

有些功能只需要坐标文件就可以的，你可以通过一些软件提取出cif中分子的结构（不清楚周期性是否需要去除）；

而另外有些功能，涉及到波函数的，就需要基组等信息了，就需要通过一些量化软件进行你需要的计算了。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-4-3 15:13
先把字号改正常。注意看论坛新人必读

作者
Author: 清远常山 时间: 2018-4-3 15:38

让你变成回忆发表于 2018-4-3 15:08
看你需要用到Multiwfn的具体哪个功能。

有些功能只需要坐标文件就可以的，你可以通过一些软件提取出cif ...

谢谢您的回复，我想用multiwfn计算分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献，以FeS2为例，当锂离子或者钠离子嵌入后，在嵌入离子的影响下，Fe和S对轨道的贡献变化。我已经有了FeS2和不同嵌入量下的cif文件，我怎么才可以获得基组信息呢，已经有material studio，这个软件可以通过cif文件得到multiwfn所需要的文件格式吗？希望您能解惑

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-3 17:44

清远常山发表于 2018-4-3 15:38
谢谢您的回复，我想用multiwfn计算分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献，以FeS2为例，当锂离子或者钠离 ...

不是获得基组信息，是获得含有波函数信息的文件。
假设你要做CDA分析，对于这种依赖于基函数信息的分析，你得挖出一个团簇，然后用量化程序（如Gaussian、ORCA、Molpro等）计算个单点，得到.fch或.molden等，然后再用Multiwfn做CDA分析。

作者
Author: 终_焉 时间: 2018-4-3 20:22
借帖请教一下大家，cif文件中的原子坐标和gif/com文件中的原子坐标单位分别是什么？我把cif中的_atom_site_type_symbol ，_atom_site_fract_x ， _atom_site_fract_y ，_atom_site_fract_z提取，得到gif文件，但是分子间距很不合理，见下图： (, 下载次数 Times of downloads: 96)

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-3 20:54

终_焉发表于 2018-4-3 20:22
借帖请教一下大家，cif文件中的原子坐标和gif/com文件中的原子坐标单位分别是什么？我把cif中的_atom_site_ ...

直接把cif文件扔到chem3D里，一般就能给你产生完整的分子
gview也可以载入cif文件，里面复制延展成复晶胞后，取一个完整分子出来也可以
高斯也能直接做PBC计算（二维、三维时速度很慢），并产生fch文件给Multiwfn用

作者
Author: agent99 时间: 2018-4-4 02:40

终_焉发表于 2018-4-3 06:22
借帖请教一下大家，cif文件中的原子坐标和gif/com文件中的原子坐标单位分别是什么？我把cif中的_atom_site_ ...

cif里的坐标一般都是分数坐标，肯定不能直接用啊。。。

作者
Author: 清远常山 时间: 2018-4-8 21:56
本帖最后由清远常山于 2018-4-8 22:19 编辑

sobereva 发表于 2018-4-3 17:44
不是获得基组信息，是获得含有波函数信息的文件。
假设你要做CDA分析，对于这种依赖于基函数信息的分 ...

sob老师，您好，我找了一些高斯教程，将cif文件导入高斯，GIF文件如下：
%chk=C:\Users\Lu\Desktop\FeS2.chk
# hf/3-21g geom=connectivity out=wfn

Title Card Required

0 1
Fe             -0.46574976 -2.80553823 -0.03338751
S                -0.78411667 -0.66574456 -0.56300797
Fe                0.24176732 0.96797196 0.58146410
S                0.66455349 1.71584584 -1.49054470
S                2.07625356 -0.29504725 0.58533840
S                -1.59271891 2.23099117 0.57758980

1 2 1.0 5 1.0 6 1.0 4 1.0 5 1.0 6 1.0
2 3 1.0 3 1.0
3 4 1.0 5 1.0 6 1.0 4 1.0
4
5
6
D:\Gaussian

但是最后得到的是
(, 下载次数 Times of downloads: 87)

请教老师这是为什么？期待您的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-9 02:24

清远常山发表于 2018-4-8 21:56
sob老师，您好，我找了一些高斯教程，将cif文件导入高斯，GIF文件如下：
%chk=C:%users\Lu\Desktop\FeS2 ...

切勿看网上一些乱七八糟教程，错误百出
末尾的路径前头要有空行，高斯对空行很敏感，而且必须指定.wfn文件产生具体路径，光写个目录名不行。Multiwfn手册第四章开头就有产生.wfn文件的例子。

作者
Author: zhiqiangwang 时间: 2022-10-28 10:08

清远常山发表于 2018-4-3 15:38
谢谢您的回复，我想用multiwfn计算分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献，以FeS2为例，当锂离子或者钠离 ...

请教楼主，怎么将cif文件转换成fch文件的呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-10-28 10:57

zhiqiangwang 发表于 2022-10-28 10:08
请教楼主，怎么将cif文件转换成fch文件的呢？

这个不能称为文件转换。量子化学/计算化学也不是说随便搞个文件转化就能得到想要的结果。文件转换的意思是一个文件的信息完全包含另一个文件，或者两个文件信息完全等价，才能进行文件转换/文件生成。

cif文件只有结构信息（即原子坐标和单胞信息），要做量子化学计算才能得到波函数文件（例如fch文件，含坐标、基组和轨道信息）。当然，也并不是说用GaussView打开cif文件后看似没有报错、点几次鼠标就叫做计算。

如果你是想得到fch文件用于Multiwfn做波函数分析，那么你首先要考虑要进行孤立体系的计算还是周期性体系的计算，这两种类型的计算常用程序是完全不一样的；如果是前者，你得接着考虑如何将cif文件内周期性结构做合理截断和边界处理，变成孤立体系/团簇，然后才能做孤立体系的计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-28 11:32

zhiqiangwang 发表于 2022-10-28 10:08
请教楼主，怎么将cif文件转换成fch文件的呢？

cif只有结构信息，要得到含有波函数信息的波函数文献，要计算，不叫转换

如果是要做周期性计算得到考虑周期性的波函数用于Multiwfn的分析，一般建议用CP2K，仔细看
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

如果是要挖成簇，就自己截出来，有必要时边界做特殊处理，比如氢饱和等，参考比如
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

如果只分子晶体，只需要对单分子或者分子团簇做波函数分析，用Multiwfn可以自动产生单个完整分子或分子团簇的结构，然后量化程序计算就得到了波函数文件，参考下文里的考察晶体的例子
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

如果你连波函数文件指的是什么还不清楚的话，先看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

作者
Author: zhiqiangwang 时间: 2022-10-28 18:45

zjxitcc 发表于 2022-10-28 10:57
这个不能称为文件转换。量子化学/计算化学也不是说随便搞个文件转化就能得到想要的结果。文件转换的意思 ...

非常感谢您的解释。

作者
Author: zhiqiangwang 时间: 2022-10-28 18:46

sobereva 发表于 2022-10-28 11:32
cif只有结构信息，要得到含有波函数信息的波函数文献，要计算，不叫转换

如果是要做周期性计算得到考 ...

谢谢社长的解答，我是小白，先看看您提供的信息。

作者
Author: hhxx 时间: 2023-6-8 16:30
您好楼主，我想请教一下，我是利用calypso搜索结构，然后vasp优化，有了cif文件，想要fch文件的话必须在高斯进行单点才可以吗，Gview可以不

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-13 22:35

hhxx 发表于 2023-6-8 16:30
您好楼主，我想请教一下，我是利用calypso搜索结构，然后vasp优化，有了cif文件，想要fch文件的话必须在高 ...

gview又不是计算程序
要得到周期性体系的Multiwfn可以做波函数分析的波函数文件，用CP2K，仔细看下文
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)