计算化学公社

标题: 使用VMD计算径向分布函数，最终稳定的数值的意义是什么 [打印本页]

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Author: mazhi19950907 时间: 2018-4-6 10:30
标题: 使用VMD计算径向分布函数，最终稳定的数值的意义是什么
请问径向分布函数最终在什么情况下是趋于1，什么情况是趋于其他数值，比如说0.
我使用的软件是CPMD，体系是一个褐煤大分子和一些水分子。计算之后使用VMD软件的g（r）功能进行分析，选中了褐煤分子中羧基中的一个O，计算这个O原子与体系中其他所有的H原子的径向分布函数，发现最终趋向于0，想请问一下老师这是为什么，我看了一些关于径向分布函数的解释还是不明白。

作者
Author: 木易金豆 时间: 2018-4-6 10:38
你没有进行RDF的归一化，归一化后RDF应该都趋近于1

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-6 15:35
径向分布函数是每个球层位置的被统计的组的原子的数密度与平均数密度的比值，在距离煤很远的地方，水的分布情况和水的体相一样，因此除以平均密度，结果应当为1。
不满足这个情况时，根据体系实际情况具体情况具体分析。也许是在计算时rdf没有考虑PBC？这样的话远处区域已经超过了盒子，rdf肯定为0。

作者
Author: mazhi19950907 时间: 2018-4-7 22:01

木易金豆发表于 2018-4-6 10:38
你没有进行RDF的归一化，归一化后RDF应该都趋近于1

你好，我不是很明白。能否告诉一下什么是归一化，如何进行归一化啊

作者
Author: mazhi19950907 时间: 2018-4-7 22:13

sobereva 发表于 2018-4-6 15:35
径向分布函数是每个球层位置的被统计的组的原子的数密度与平均数密度的比值，在距离煤很远的地方，水的分布 ...

你好,sob老师,很感谢你能回复我的问题。不过我设置了盒子的大小，然后计算的时候选择了pbc。如前两个图所示，结果还是最终趋于0了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-4-8 01:00
VMD算的是pair rdf，你要算的是simple rdf，不太一样

不过你结果等于0的原因是你的max r等于10

作者
Author: mazhi19950907 时间: 2018-4-16 15:26

fhh2626 发表于 2018-4-8 01:00
VMD算的是pair rdf，你要算的是simple rdf，不太一样

不过你结果等于0的原因是你的max r等于10

你好，感谢你能回答我的问题。不过为什么max r等于10最后的结果就是0啊，能否给简单的解释一下

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-4-16 16:14

mazhi19950907 发表于 2018-4-16 15:26
你好，感谢你能回答我的问题。不过为什么max r等于10最后的结果就是0啊，能否给简单的解释一下

因为你只统计到10啊。。

作者
Author: chw985550192 时间: 2018-5-23 09:40
你好，看你用vmd做的径向分布函数，我的也是趋于零，你找到解决的原因了吗，可以回答下吗，谢谢，那个所谓的归一化你是怎么解决的，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-23 18:47

chw985550192 发表于 2018-5-23 09:40
你好，看你用vmd做的径向分布函数，我的也是趋于零，你找到解决的原因了吗，可以回答下吗，谢谢，那个所谓 ...

确认你输入pbc box命令的时候能正常显示出盒子边框，否则当前体系并没法利用周期边界条件

作者
Author: 琥珀坠 时间: 2019-6-5 20:00

sobereva 发表于 2018-5-23 18:47
确认你输入pbc box命令的时候能正常显示出盒子边框，否则当前体系并没法利用周期边界条件

请问VMD考虑pbc时只能算正交格矢的吗，如何算六方的

作者
Author: 琥珀坠 时间: 2019-6-5 20:01

mazhi19950907 发表于 2018-4-7 22:13
你好,sob老师,很感谢你能回复我的问题。不过我设置了盒子的大小，然后计算的时候选择了pbc。如前两个图所 ...

请问第一张图是在哪里可以设置

作者
Author: naoki 时间: 2019-10-17 09:36

fhh2626 发表于 2018-4-8 01:00
VMD算的是pair rdf，你要算的是simple rdf，不太一样

不过你结果等于0的原因是你的max r等于10

想请教一下您pair rdf和simple rdf有什么区别呢谢谢~

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-10-17 10:57

naoki 发表于 2019-10-17 09:36
想请教一下您pair rdf和simple rdf有什么区别呢谢谢~

pair rdf就是设定两种类型原子，然后统计出任意两个这两种类型原子的距离，结果是这个距离的分布
simple rdf就是给一个点或者一个原子，算围绕这个点的其他原子的分布

作者
Author: naoki 时间: 2019-10-17 14:24

fhh2626 发表于 2019-10-17 10:57
pair rdf就是设定两种类型原子，然后统计出任意两个这两种类型原子的距离，结果是这个距离的分布
simple ...

谢谢啦！

作者
Author: yuyu116 时间: 2019-12-13 15:30

fhh2626 发表于 2018-4-16 16:14
因为你只统计到10啊。。

您好关于VMD计算径向分布函数想请教您 PBC是什么意思？为什么我在 Selection1 = all， Selection2 = all，得到的值，和同等间距 Selection1 = type Co， Selection2 = Co比较的时候，Co的g（r）远大于总的g（r）？是需要把Co的g（r）除2吗？希望您指点指点，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-15 11:10

yuyu116 发表于 2019-12-13 15:30
您好关于VMD计算径向分布函数想请教您 PBC是什么意思？为什么我在 Selection1 = all， Selection2 = al ...

PBC显然是周期边界条件。计算rdf时是否考虑PBC很多情况会影响结果
你先确保all和type Co两种选择方式的等价性再说

作者
Author: yuyu116 时间: 2019-12-16 09:04

sobereva 发表于 2019-12-15 11:10
PBC显然是周期边界条件。计算rdf时是否考虑PBC很多情况会影响结果
你先确保all和type Co两种选择方式的 ...

多谢sobereva老师指点！！

作者
Author: elpa 时间: 2020-12-9 22:28

琥珀坠发表于 2019-6-5 20:00
请问VMD考虑pbc时只能算正交格矢的吗，如何算六方的

可以转成正交再搞

作者
Author: 丁越 时间: 2021-9-26 19:56

fhh2626 发表于 2018-4-16 16:14
因为你只统计到10啊。。

那请问一下这个max r具体指的是什么呢？选取有什么要求么？假如我的盒子是立方边长是a。

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-9-27 10:21

丁越发表于 2021-9-26 19:56
那请问一下这个max r具体指的是什么呢？选取有什么要求么？假如我的盒子是立方边长是a。

你统计的最远距离

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