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标题: 蛋白结构用tleap加载，总电荷小数部分没法中和怎么办？ [打印本页]

作者
Author: kaliandaze 时间: 2018-4-6 14:54
标题: 蛋白结构用tleap加载，总电荷小数部分没法中和怎么办？
各位老师，我想请教一个问题：
从RCSB库里找到的蛋白结构，如果想做分子动力学模拟，需要怎样修改呢？
我下载的蛋白PDB文件，删除所有H原子和水后，用amber17的tleap加载，力场使用ff14sb和tip3p，自动补充缺失的残基侧链和原子后检查电荷，总电荷的小数部分是0.4，这个值无法用离子来中和掉。
请问我是缺了哪一步才会有这个问题呢？
谢谢

作者
Author: beyond 时间: 2018-4-6 16:08
如果电荷是0.4的话，那肯定哪里除了问题了，检查一下leap.log文件，
找到0.4的来源，再在起始结构上面解决

作者
Author: kaliandaze 时间: 2018-4-7 15:58

beyond 发表于 2018-4-6 16:08
如果电荷是0.4的话，那肯定哪里除了问题了，检查一下leap.log文件，
找到0.4的来源，再在起始结构上面解决

谢谢老师，检查发现是力场加载错了，应该用source leaprc.protein.ff14SB的，我用的是source leaprc.ff14SB.redq。换用以后问题解决了

作者
Author: xpyp 时间: 2019-3-30 10:29
顺便问下，如果总电荷为0.001, 用gmx处理会报错，是否可忽略不用理会？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-31 05:03

xpyp 发表于 2019-3-30 10:29
顺便问下，如果总电荷为0.001, 用gmx处理会报错，是否可忽略不用理会？

不用理会

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