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标题: 计算后.fchk文件显示的结构与.gjf文件和.log文件显示的结构不一致 [打印本页]

作者
Author: whtu 时间: 2018-4-6 15:41
标题: 计算后.fchk文件显示的结构与.gjf文件和.log文件显示的结构不一致
本帖最后由 whtu 于 2018-4-6 15:43 编辑

在隐式溶剂模型下优化两个结构，优化完成后.chk文件(.fchk)文件显示的结构与.log文件以及.gjf文件显示的结构不一样，请问一下这是什么原因？

谢谢。

.gjf文件的结构对应于gjf.png，.fchk文件显示的结构对应于fchk.png，.log文件显示的结构对应于log.png

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-6 15:52
fchk.png作图少了个质子？
其它的看结构没什么差异，如果你是指对键的判断问题，载入输出文件时候gv会重新判断成键，而打开fchk的话会沿用最初状态时的成键关系。
chk文件以及转化出的fchk文件，载入gv的时候结构肯定对应输出文件最后一帧。

作者
Author: whtu 时间: 2018-4-6 16:01
本帖最后由 whtu 于 2018-4-6 16:07 编辑

sobereva 发表于 2018-4-6 15:52
fchk.png作图少了个质子？
其它的看结构没什么差异，如果你是指对键的判断问题，载入输出文件时候gv会重新 ...

对的，少了个质子H，对于BIm_CH，它的gjf、log、fchk文件显示的结构原子数目应该保持一致的？但是BIm_CH.fchk文件显示的结构比对应的.gjf文件和.log文件显示的结构少一个H

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-6 17:39

whtu 发表于 2018-4-6 16:01
对的，少了个质子H，对于BIm_CH，它的gjf、log、fchk文件显示的结构原子数目应该保持一致的？但是BIm_CH. ...

应当是保持一致的，gjf里有多少原子，log、fchk里也应当有多少个

作者
Author: whtu 时间: 2018-4-6 17:58

sobereva 发表于 2018-4-6 17:39
应当是保持一致的，gjf里有多少原子，log、fchk里也应当有多少个

但是现在不知道啥原因造成fchk文件中少了一个H原子，不知道sob老师是否知道原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-6 18:01

whtu 发表于 2018-4-6 17:58
但是现在不知道啥原因造成fchk文件中少了一个H原子，不知道sob老师是否知道原因？

这事情远程不好说清楚
可以用Multiwfn打开fch，看是否也少一个原子

作者
Author: whtu 时间: 2018-4-6 20:05

sobereva 发表于 2018-4-6 18:01
这事情远程不好说清楚
可以用Multiwfn打开fch，看是否也少一个原子

用Multiwfn打开fchk文件，也是少一个H原子

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-6 20:17
那真是见鬼了。重新跑一次？

作者
Author: whtu 时间: 2018-4-7 07:39

sobereva 发表于 2018-4-6 20:17
那真是见鬼了。重新跑一次？

谢谢sob老师，新建一个文件夹重新跑确实没问题，但是还是不知道问题在哪。我这个是要算pKa，原来同一个文件夹就是有两个结构，一个结构是带H的，一个结构是不带H的，在原来的文件夹重新跑是不行的，感觉是Gaussian写文件写叉了。

作者
Author: wbn 时间: 2018-4-7 09:40
我感觉我也有可能遇到过Gaussian（或者csh脚本）把文件写串的情况，我有一次做TDDFT计算，在同一个目录下几百个文件同时提交，结果其中出现了有一个输出文件文件名是A.log，但是其内容却是同一目录下另一个输入文件B.com的。 A.com却没有输出。我不知道是我糊涂了还是程序确实出问题了

作者
Author: youyno 时间: 2018-4-7 10:57
很简单，%chk写岔撇了

作者
Author: whtu 时间: 2018-4-7 13:27

youyno 发表于 2018-4-7 10:57
很简单，%chk写岔撇了

我开始也是这样认为，但是我对比了两个gjf文件，%chk这部分不一样，事实上就是有两个chk文件输出

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