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标题: 关于溶剂化模型中的probe radius [打印本页]

作者
Author: klklklzzd 时间: 2018-4-11 17:51
标题: 关于溶剂化模型中的probe radius
本帖最后由 klklklzzd 于 2018-4-11 17:50 编辑

今天下午师弟问我的一个问题，审稿人要他提供溶剂化模型中的probe radius、atomic radii等参数（虽然用的是Gaussian默认的，但不能怼回去呀= =...）。查阅资料后以下是我的解答，欢迎拍砖，如有理解错误还烦请Sob老师纠正或删帖，以免误人子弟。
关键词：溶剂化模型；空腔；表面；探针半径

Gaussian有三种区分溶质-溶剂边界的方法：
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默认用的是VDW方法，这种方法对溶质空腔的定义方式为，将范德华半径乘以一个scale factor，得到最终的空腔，默认的范德华半径的数据来自UFF力场，而scale factor为1.1。

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当然，还有一种方法是用溶剂可及表面，方法是用一个溶剂分子在范德华半径构成的表面上滚一圈，得到最终的空腔。

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参考：https://en.wikipedia.org/wiki/Accessible_surface_area

这种方法需要定义在表面滚动的溶剂分子的半径，也称为探针的半径：
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在Gaussian中可对探针的半径进行设置，但仅限用AddSph或者用溶剂可及表面描述空腔时定义。

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因此，当用的是Scaled VdW的方法描述空腔时，问探针的半径是多少这样的问题是没有意义的。

参考：http://gaussian.com/scrf/

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-11 19:45
说得正确

作者
Author: klklklzzd 时间: 2018-4-11 20:35

sobereva 发表于 2018-4-11 19:45
说得正确

谢谢Sob老师~

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