计算化学公社

标题: gromacs力场参数拟合 [打印本页]

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Author: 哆啦哆啦 时间: 2018-4-13 17:19
标题: gromacs力场参数拟合
本帖最后由哆啦哆啦于 2018-4-13 17:30 编辑

本人想用gromacs模拟纯有机发光分子做成的薄膜，分子如图所示，是用GAFF力场还是自己拟合力场参数比较好，如果自己拟合请问怎么拟合

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Author: liyuanhe211 时间: 2018-4-13 17:27
发帖时请注意恰当填写标题：
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%B1%EA%CC%E2

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-4-13 18:22
本帖最后由让你变成回忆于 2018-4-13 20:18 编辑

http://sobereva.com/5
这个博文里提到了一些，需要你自己去琢磨一下。
一般是一些常规的参数就用GAFF力场默认的，但是一些缺失的参数，比如某个二面角，或者某个原子没有，这就需要自己去拟合了。

大致过程就是：QM扫描->力场计算->关闭你需要拟合的参数->QM与MM做差去拟合势能曲线得到参数->再带入top里跑MM进行MM与QM的对比。

作者
Author: 哆啦哆啦 时间: 2018-4-13 19:27
多谢，我再好好看看

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-4-13 19:41
不存在gromacs力场，新手不建议自己拟合，可以用网上各种力场生成服务，比如ligpargen或者cgenff

作者
Author: wbn 时间: 2018-4-14 04:50
我以前拟合过一些小分子的力场，但是说实话没做过这么复杂的分子。思路一般是这样的：

首先到你的基本力场中寻找存在于你的分子中的片段，或者一些相似的片段。我一般是基于OPLS-AA，但是GAFF显然也可以
1. 到力场中相似的分子片段里寻找vdw parameter。如果实在找不到的话找几个杂化方式相同的原子比较一下，一般来说对于C,N,H原子只要杂化方式相同LJ参数就差不多。
2. 对于charge，可以直接用ESP电荷。但是我更喜欢的方法是使用力场中已有片段的电荷，然后在连接处加减电荷使分子保持中性。
3. bond/angle parameter用QM优化出来的结果。频率直接到力场中寻找类似的。一般频率差一点不会影响到你的模拟。
4. dihedral parameter非常关键，首先直接到力场中寻找类似的二面角，如果找不到的话就按照3楼提到的博文的方法自己拟合。
5. 用拟合得到的力场优化分子，确定与QM得到的大致相同。
6. 计算MM得到的物质密度是否与实验相同。我以前由于做high-energy X-ray比较方便还会比较X-ray衍射结构，但是没条件就算了。

个人感觉这个分子有一点难，原子特别多不说，还有很大的共轭结构。一般来说共轭结构的X-CA-CA-X项以及improper dihedral 我就直接从力场里取，一般情况下不会有问题，但是你这个分子可能因为位阻的原因导致共轭的片段并不在一个平面上，这样的话把这几个二面角的值弄准确就非常关键了。具体我也不知道该怎么做。要有点耐心，想把这个分子做好恐怕不是朝夕之功。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-4-14 08:13
模拟TADF分子薄膜，然后QM/MM计算。和三楼的思路差不多啊。三楼老哥主做这个。

作者
Author: jackie 时间: 2018-4-14 08:42
参数拟合是一个漫长的过程，建议你还是先多用几个当前常用的固定电荷参数的分子力场方法（含有有机小分子参数的诸如AMBER、CHARMM、OPLS、MM和MMFF等）针对你的体系整体跑一遍看一下效果，初步找出更适合自己体系能用到的参数。基于此参数适当做调整，具体步骤6楼解释很清楚得当。

作者
Author: linzhizh 时间: 2023-1-4 20:59

让你变成回忆发表于 2018-4-13 18:22
http://sobereva.com/5
这个博文里提到了一些，需要你自己去琢磨一下。
一般是一些常规的参数就用GAFF力 ...

请问这个关闭拟合的参数后MM是如何计算的？

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