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标题: ms forcite分子动力学计算常态下氧气在水中自扩散系数？ [打印本页]

作者
Author: 阳光下的尘 时间: 2018-4-16 11:23
标题: ms forcite分子动力学计算常态下氧气在水中自扩散系数？
大家好！！！
   我想用ms forcite分子动力学计算常态下氧气分子在水中自扩散系数，我的计算步骤是这样的，希望大家看看有什么问题。
   1，Amorphous Cell构建255个水分子+一个氧气分子无定型体系（密度1g/cm^3，盒子边长19.7埃）。
   2，forcite 几何优化，用compass力场，静电力Ewald加和法、范德华力为group based计算，截断半径为盒子边长一半
   3，forcite NPT分子动力学模拟，时间步长1fs，能量算法设置仍如2，模拟200ps使体系达到平衡
   4，仍旧NPT，模拟500ps，统计自扩散性质
   5，将一个氧分子单独选中，edit sets，用analysis 分析均方位移曲线
   问题是，得到的均方位移曲线好扭曲，图像如下，但水分子均方位移曲线近似一条过原点直线，为什么氧气分子曲线会使这样呢？这是什么原因呢？
   谢谢大家！！！

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-4-16 20:42
建议在跑一下NVE，在求算扩散系数。若不想跑，那就取0-150ps这一个区间来计算扩散系数

作者
Author: 阳光下的尘 时间: 2018-4-16 21:34

xylz6188 发表于 2018-4-16 20:42
建议在跑一下NVE，在求算扩散系数。若不想跑，那就取0-150ps这一个区间来计算扩散系数

谢谢您回复！！我用NVE试试。
是直接在dynamics ——“restart”——NVE，接着算吗？（或者是在NVT中选择一帧T正好等于设定值的，因为“resatrt”是接着最后一帧算，最后一帧温度T不一定是设定值，因为T在平衡时也是在设定值附近波动，也就是说不一定是设定T下的能量）

作者
Author: agent99 时间: 2018-4-17 01:49
如果整体来讲还算比较接近线性的话，可以只取一段线性区间来计算（如楼上所说取0-150ps）。另外只跑500ps有点短

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-4-17 08:38

阳光下的尘发表于 2018-4-16 21:34
谢谢您回复！！我用NVE试试。
是直接在dynamics ——“restart”——NVE，接着算吗？（或者是在NV ...

用NPT下的xxx.xsd文件来跑。只要温度在一定范围内波动就行了，看平均温度

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-4-17 08:39

agent99 发表于 2018-4-17 01:49
如果整体来讲还算比较接近线性的话，可以只取一段线性区间来计算（如楼上所说取0-150ps）。另外只跑500ps有 ...

所以说你可以跑个500ps的NVE来计算扩散系数

作者
Author: ulosggs 时间: 2018-4-17 11:02
就一个氧气分子收敛性当然不如水。模拟时间加10倍。

作者
Author: 阳光下的尘 时间: 2018-4-17 11:08

ulosggs 发表于 2018-4-17 11:02
就一个氧气分子收敛性当然不如水。模拟时间加10倍。

嗯嗯！我试着加大体系和延长模拟时间试一下！

作者
Author: DES 时间: 2023-11-20 16:06
请问计算气体分子扩散系数有哪些细节点要注意吗？为什么相同条件，模拟得到的均方位移曲线斜率一直变化？

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