计算化学公社

标题: 如何在MOF等孔洞结构中绘制球体 [打印本页]

作者
Author: 鹃子 时间: 2015-4-19 18:48
标题: 如何在MOF等孔洞结构中绘制球体
本帖最后由鹃子于 2015-4-19 18:49 编辑

可能这个问题太过基础，自己一直没有找到答案，今天受到毒药关于C60内部球体的显示以及sob老师的启发，自己演示了一下，特此总结。（涉及软件：MS、VMD）

绘制球体在VMD中的命令是：graphics top sphere {x y z} radius r resolution R,其中{x y z}为球心坐标，r为球半径，R为所绘制球体的分辨率。所以接下来我们以MOF-5为例进行说明：

1.将MOF-5 unit导入MS软件，选择MOF-5结构单元中8个顶点的氧原子，并利用centroid命令确定球心位置，选中球心，在Properties——Filter——Centroid——Property（CentroidXYZ） ——Value（12.8345 12.8345 12.8345）确定球心坐标；并利用centroid到结构中最里侧原子距离确定半径范围为<7.141。

2.将MOF-5结构去掉周期性以后导出MOF-5.mol2并导入vmd软件，以CPK形式显示分子结构，并输入graphics top sphere {12.8345 12.8345 12.8345} radius 7 resolution 100 现在OpenGL Display窗口已经显示完成图了。

PS：个人感觉球体颜色应该是可以调节的，求高手指点

作者
Author: yopoxia 时间: 2015-4-19 21:08
本帖最后由 yopoxia 于 2015-4-19 21:10 编辑

感谢楼主带来的教程。
这个球做晶体的一般是用Diamond来画的，通过插入哑原子然后调节。
球的颜色Diamond里可以随意调节，如果想好看一些，可以调用pov-ray来调节。
楼主用MS和VMD给我们做晶体的人带来了新的视角，再次感谢！

PS:在这里看到与晶体相关的，实在是意外~~~~~

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-19 21:50
在VMD里先用比如draw color red或者graphics top color red命令，之后再绘制各种物件就都成红色了。

作者
Author: 鹃子 时间: 2015-4-20 09:40

yopoxia 发表于 2015-4-19 21:08
感谢楼主带来的教程。
这个球做晶体的一般是用Diamond来画的，通过插入哑原子然后调节。
球的颜色 ...

果然只有抛出砖头才能引来玉

作者
Author: 鹃子 时间: 2015-4-20 09:41

sobereva 发表于 2015-4-19 21:50
在VMD里先用比如draw color red或者graphics top color red命令，之后再绘制各种物件就都成红色了。

膜拜大神

作者
Author: 鹃子 时间: 2015-4-20 09:42
我想以后改名叫砖头

作者
Author: yopoxia 时间: 2015-4-20 15:10

鹃子发表于 2015-4-20 09:40
果然只有抛出砖头才能引来玉

卤煮才是玉~~~
貌似您对超分子的计算有心得？？？？？？？

作者
Author: 鹃子 时间: 2015-4-20 16:08

yopoxia 发表于 2015-4-20 15:10
卤煮才是玉~~~
貌似您对超分子的计算有心得？？？？？？？

额没有做超分子想做一下孔材料

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