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标题: gromacs中的g_clustsize的使用问题 [打印本页]

作者
Author: yaochuang 时间: 2015-4-20 09:49
标题: gromacs中的g_clustsize的使用问题
请教各位老师一个关于g_clustsize的使用问题。

我有一个体系是由A和B分子组成的混合体系，在跑完动力学后用g_clustsize分析A或B分子的聚集情况我已经会弄了。但是如果我想计算A分子中的一个指定原子（或片段）与其他A分子中的这个原子（或片段）的聚集情况，这种可以做吗？我用index文件可以生成只有这个指定原子（或片段）的.xtc文件，但是要怎么才能得到.tpr文件呢？（由于包含有Ir原子，整个模拟使用的是UFF力场）

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-20 13:07
用trjconv结合index文件把gro也转换为只有A的，再把top文件修改下去掉B，然后grompp得到新tpr

作者
Author: yaochuang 时间: 2015-4-20 15:13

sobereva 发表于 2015-4-20 13:07
用trjconv结合index文件把gro也转换为只有A的，再把top文件修改下去掉B，然后grompp得到新tpr

谢谢sob老师！这样可以得到单独的A分子tpr。

如果要得到A分子中的一个片段的tpr呢？（因为在A上有一个长的侧链，想把它去除掉，只考虑另一部分）

由于已经不再是一个分子了，在top文件中 [ molecules ] 一项怎么写呢？我试了直接写A会出错，提示xtc和top中的atoms不一样。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-20 16:39
那你也得相应地修改top文件，把A分子的拓扑信息给改了，把其中侧链去掉

作者
Author: yaochuang 时间: 2015-4-20 18:33

sobereva 发表于 2015-4-20 16:39
那你也得相应地修改top文件，把A分子的拓扑信息给改了，把其中侧链去掉

终于弄好了，谢谢sob老师！

作者
Author: 15810593730 时间: 2020-4-13 13:22
我的版本是gmx 5.1.4 ，但我按照sob老师说的那样，先得到单独A或B的.xtc文件及.tpr文件后，才能算A与A的分子团簇情况，或B与B的分子团簇情况，否则算下来就是原子的团簇情况。我不太明白您当时为何没有得到想要的.tpr文件？是版本问题？还是说我把问题复杂化了？另外请教一下，这个截断是针对质心的吗？

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