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标题: 电子极化对PMFs的影响 [打印本页]

作者
Author: zhaoxin 时间: 2018-4-16 20:16
标题: 电子极化对PMFs的影响
请大神帮助！！！审稿人在审稿过程中，提出Thereis no discussion of the impact of electronic polarization on the PMFs？我的体系是氯仿在环肽纳米管内外的的PMFs计算，这跟电子极化有什么关心啊，求大家解答，感激不尽！

作者
Author: agent99 时间: 2018-4-17 01:44
如果你是用fixed charge force field做的MD，那么就没有考虑电子极化。他的意思是氯仿和纳米管相互作用过程中可能会有极化作用改变电荷大小，进而影响PMF计算结果，说实话我觉得影响不大。你可以用polarizable force field试试

作者
Author: zhaoxin 时间: 2018-4-17 09:31
好的，谢谢您的解答

作者
Author: zhaoxin 时间: 2018-4-17 09:35

zhaoxin 发表于 2018-4-17 09:31
好的，谢谢您的解答

还有一个问题是That partial charges used for nanotubes?这个问题有点看不懂啊，是说在模拟过程中是否对纳米管使用了部分电荷吗，还是说局部电荷会对模拟结果由影响呢，不知道如何解答？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-17 09:48

zhaoxin 发表于 2018-4-17 09:35
还有一个问题是That partial charges used for nanotubes?这个问题有点看不懂啊，是说在模拟过程中是否对 ...

就是指模拟过程用的原子电荷是怎么确定的
这会明显影响结果

作者
Author: zhaoxin 时间: 2018-4-17 10:07
计算过程中的原子电荷是力场中，也就是力场的选择会影响计算结果的意思吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-18 03:37

zhaoxin 发表于 2018-4-17 10:07
计算过程中的原子电荷是力场中，也就是力场的选择会影响计算结果的意思吗

有的力场直接定义了原子电荷怎么计算（比如MMFF94），或者最好怎么计算（比如Amber适合RESP），但有的力场没有明确给出原子电荷应该怎么计算，因此有随意性，得交代清楚。原子电荷直接影响静电相互作用的描述准确度

作者
Author: zhaoxin 时间: 2018-4-19 08:31
好的，谢谢sobereva老师

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