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标题: 水分子径向分布函数各个峰代表什么物理含义呢？ [打印本页]

作者
Author: 阳光下的尘 时间: 2018-4-21 10:04
标题: 水分子径向分布函数各个峰代表什么物理含义呢？
大家好！！
   下图是我自己做的常温液态水以及超临界状态下水分子径向分布函数曲线。（已与文献比较大趋势一致）左图是g(o-o)曲线，右图是g(O-H)曲线。
   按照我现有的理解，只是知道g(o-o)第一、二、三等个峰代表水的第一、二、三等溶剂化配位壳层；g(O-H)的第一个峰代表氢键（因为g(O-H)第一个峰在2埃附近，而氢键键长也在这个值附近）。
   那么，g(O-H)的第二个峰在3.4埃附近，这个峰代表什么呢？还有g(o-o)第一个峰在2.8埃附近，这怎么和g(O-H)峰联系起来呢？
   欢迎大家交流！！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-21 12:21
下图会帮助你理解

作者
Author: 阳光下的尘 时间: 2018-4-22 10:23
哇！！谢谢老师啦，我仔细研究研究！！！

作者
Author: lonemen 时间: 2018-5-31 09:25
嗯嗯，sob老师真会分析！

作者
Author: dmg123 时间: 2018-7-16 18:06
老师，我想问一下上面第三幅图的第一配位壳层和第二壳层那个图是怎么做出来的？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-17 08:43

dmg123 发表于 2018-7-16 18:06
老师，我想问一下上面第三幅图的第一配位壳层和第二壳层那个图是怎么做出来的？

gmx spatial命令产生空间分布函数的cube文件，放到VMD里显示成等值面

作者
Author: dmg123 时间: 2018-7-17 09:42
谢谢老师的回答

作者
Author: xgnihao 时间: 2021-6-1 17:33
对sob老师佩服的五体投地

作者
Author: xxx127 时间: 2025-3-27 16:05

sobereva 发表于 2018-7-17 08:43
gmx spatial命令产生空间分布函数的cube文件，放到VMD里显示成等值面

老师想请教下vmd具体怎么读取cube文件，是用showcub.vmd吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-27 20:07

xxx127 发表于 2025-3-27 16:05
老师想请教下vmd具体怎么读取cube文件，是用showcub.vmd吗

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html）

作者
Author: xxx127 时间: 2025-3-28 16:41

sobereva 发表于 2025-3-27 20:07
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.c ...

感谢老师指导

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