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标题: NewtonX2.X安装方法 [打印本页]
作者Author: ggdh 时间: 2018-4-22 18:27
标题: NewtonX2.X安装方法
本帖最后由 ggdh 于 2019-10-21 19:44 编辑
官网：http://www.newtonx.org/
功能：激发态动力学，Surface hopping，基于动力学系综的吸收和发射光谱模拟
安装步骤：
1. 下载：去官网简单的填个表，一会就把下载的链接发到你邮箱了，根据链接下载压缩包，本文中下载的包名是
- nx-v2.2-b08-source+binaries.tgz
2. 将压缩包拷贝到linux服务器上，然后在命令行中cd到压缩包的位置
3.解压，然后设置环境变量：将解压目录下的bin目录设为NX变量，然后再加入PATH变量（偷懒的话，复制下面的命令粘贴即可），至此安装完成。
- dir=`pwd`/`tar -tf nx-v2*-*.tgz | head -n 1`bin
- tar -zxf nx-v2*-*.tgz
- echo "export NX=$dir" >> ~/.bashrc
- echo "export PATH=$dir:\$PATH" >> ~/.bashrc
- source ~/.bashrc
4.测试，输入下面的命令：
这里会列出一列可用的测试给你选择，选择需要测试的项目比如21，回车确定后输入
过一会运行完毕后，看test.log中的内容大致如下：
... STARTING TESTS ...
Test(s) 21 will be performed.
---------------------------------------------------------------------------
Starting at Sun Apr 22 18:07:54 HKT 2018
Program: GAUSSIAN-09
Method: TDA
Description: Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap
Copy directory /home/zc/NX-2-B19/bin/../test-nx/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Run in directory /home/zc/temp/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Running test ...
Test done
NORMAL termination
Finished at Sun Apr 22 18:08:21 HKT 2018
---------------------------------------------------------------------------
... ALL TESTS DONE ...
Normal termination of all tests.
All tested files match the standard results.
表明测试成功。
注意事项，newtonx不需要编译，如果非要自己编译，安装下面的库
sudo yum install gsl-devel blas-devel lapack-devel gcc-gfortranls
然后编写解压目录下install目录下的installnx.pl文件，把FFLAGS中的-static去掉，然后运行./installnx.pl按引导操作即可。
或者安装静态库版本
sudo yum install libgfortran-static glibc-static blas-static lapack-static
以及去gsl官网下载源文件自行编译gsl静态库
此时不需要删除installnx.pl中的-static选项。直接运行该文件即可。
作者Author: 小范范1989 时间: 2018-4-22 19:11
本帖最后由 小范范1989 于 2018-4-22 19:13 编辑
钟老师好，有没有这个方法做的一些光谱或者激发态动力学的文章？想了解一下，谢谢钟老师。
作者Author: ggdh 时间: 2018-4-23 13:57
官网上几篇文章，可以参考
作者Author: 小范范1989 时间: 2018-4-23 15:00
恩，下载了，后面具体看看，谢谢钟老师。
作者Author: yjmaxpayne 时间: 2018-4-23 18:02
这东东不错，谢谢分享，之后有空去试试。
作者Author: 小范范1989 时间: 2018-6-7 18:14
钟老师好，我是这样安装的：
1：下载了软件，然后解压。tar zxvf nx-v2.0-b19-source+binaries.tgz
2: cd NX-2-B19/bin
3: pwd
然后复制路径 /home/fanjz/globle/software4/NX-2-B19/bin
4：修改bashrc如下：
#Newton-install
export NX=/nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin
export PATH=/nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin:$PATH
5：按照您说的，输入inp-testnx.pl
输出如下：
18) DFTB DFTB : Dynamics, Adiabatic in excited state
19) GAUSSIAN CASSCF : Dynamics, Non-adiabatic with NAC vectors
20) GAUSSIAN-09 TDDFT : Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap
21) GAUSSIAN-09 TDA : Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap
22) GAUSSIAN-09 TD-UDFT : Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap
23) GAUSSIAN-09 TDDFT : Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap_od
24) GAUSSIAN-09 TDDFT : Initial conditions
25) GAUSSIAN-09 TDDFT : Dyson orbitals
26) GAUSSIAN-09 TDDFT : Photoelectron Spectrum
27) GAMESS CASSCF : Initial conditions
28) GAMESS CASSCF : Dynamics, Non-adiabatic with NAC vectors
29) GAMESS CASSCF : Dynamics, Adiabatic
30) GAMESS CCSD : Dynamics, Adiabatic in excited state
31) NEWTON-X ANALYTICAL : Dynamics, Non-adiabatic with NAC vectors using model 1
32) NEWTON-X TULLY 1 : Dynamics, Non-adiabatic with NAC vectors using Tully model 1
33) NEWTON-X PICK-POINTS : Initial conditions from a previous dynamics
Select tests to be performed (comma separated list, e.g., 6-9,11,13):
选择21回车，输出如下：
Select tests to be performed (comma separated list, e.g., 6-9,11,13): 21
Now, run $NX/test-nx.pl > test.log
然后执行test-nx.pl > test.log
如下的输入：
fanjz@node00:~/globle/software4/NX-2-B19/bin> test-nx.pl > test.log
ERROR: NX is dying now ...
diff: RESULTS/dyn.out: No such file or directory
如果是如下的输入：
fanjz@node00:~/globle/software4/NX-2-B19/bin> $NX/test-nx.pl > test.log
ERROR: NX is dying now ...
diff: RESULTS/dyn.out: No such file or directory
还是这样的错误，
这是什么问题呢？是我的环境变量没设置好的原因吗？
谢谢钟老师。
作者Author: ggdh 时间: 2018-6-7 22:41
环节变量是对的。
看看log文件里面说什么
作者Author: 小范范1989 时间: 2018-6-9 16:15
钟老师好，还是按照原来的环境变量。我按照帖子，输入如下：同时输出也如下。
fanjz@node00:~> test-nx.pl > test.log
ERROR: NX is dying now ...
diff: RESULTS/dyn.out: No such file or directory
fanjz@node00:~> cat test.log
============================================================
NEWTON-X
Newtonian dynamics close to the crossing seam
============================================================
www.newtonx.org
Newton-X version 2.0 (build 19, 2018-04-10)
www.newtonx.org
----------------------------------------------------------------------
The Newton-X program is distributed free of charge for non-
commercial and non-profit uses. You may use the program freely
and adapt the code to your needs. Please, if you have any
enhancements, share them with us. You are, however, not allowed
to re-distribute code or binaries in parts or total. Anyone
intending to use Newton-X must contact us. This program is
shipped to the user "as is". There is no guarantee that it will
work as described. Usage is at your own risk, there is no
liability taken for any damage or loss of data and/or money.
If you experience problems, you may contact the developers and
a community of users at the Newton-X discussion group, but bear
in mind that there is no kind of official support for Newton-X.
Cite Newton-X as:
M. Barbatti, G. Granucci, M. Ruckenbauer, F. Plasser,
R. Crespo-Otero, J. Pittner, M. Persico, H. Lischka, NEWTON-X:
a package for Newtonian dynamics close to the crossing seam,
version 2.0, www.newtonx.org (2017).
M. Barbatti, M. Ruckenbauer, F. Plasser, J. Pittner, G. Granucci,
M. Persico, H. Lischka, WIREs: Comp. Mol. Sci., 4, 26 (2014).
Please, check the documentation for references to specific
methods and algorithms.
For download the program, documentation, and tutorial, visit:
http://www.newtonx.org
For support, visit the Newton-X discussion group at:
https://groups.google.com/d/forum/newtonx
----------------------------------------------------------------------
Newton-X path: /nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin
NX = /nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin
... STARTING TESTS ...
Test(s) 21 will be performed.
---------------------------------------------------------------------------
Starting at Sat Jun 9 15:57:27 CST 2018
Program: GAUSSIAN-09
Method: TDA
Description: Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap
Copy directory /nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin/../test-nx/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Run in directory /home/fanjz/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Running test ...
Test done
ERROR termination
Finished at Sat Jun 9 15:57:27 CST 2018
---------------------------------------------------------------------------
... ALL TESTS DONE ...
Normal termination of 0 tests.
1 tests finished with ERROR.
All tested files match the standard results.
谢谢钟老师指点。
作者Author: ggdh 时间: 2018-6-9 22:14
无法看到有用的错误信息，这种情况下我会去
/home/fanjz/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO
下看看发生了什么。。
作者Author: 小范范1989 时间: 2018-6-10 10:06
偶，好来，谢谢钟老师。我再鼓捣鼓捣试试，谢谢老师指点
作者Author: bluewhale 时间: 2018-6-16 21:29
本帖最后由 bluewhale 于 2018-6-16 23:46 编辑
能否将nx-v2.0-b19-source+binaries.tgz放到网盘里，从原网上下载太慢了，~30 kB/s.
作者Author: zhangfuqiang 时间: 2018-7-19 19:43
我用gaussian16,问题跟这个相似。环境变量没配好。到RESULT文件夹，里面有提示。就是要把Gaussian的环境变量配好。
作者Author: 小范范1989 时间: 2018-7-30 09:54
老师好，我到这个目录下NX-2-B19/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO/RESULTS>
看到提示确实是高斯没有配置好：
moldyn.pl: <ERROR> $g09root variable is not defined. Check it and run again.
这个高斯09的或者高斯16的环境变量在哪配置呢？
谢谢老师指点。
作者Author: ggdh 时间: 2018-7-30 10:30
一般在安装gaussian的时候写在~/.bashrc中
作者Author: 小范范1989 时间: 2018-7-30 16:00
谢谢钟老师。
也就是安装这个NX软件的话，除了配置她自己的环境变量以外，还需要在配置高斯的环境变量吗？
因为，这个软件我是想安装自己目录下。
我们高斯是安装在我们集群上。
我可以修改我目录下，但是应该不能修改集群的信息。
谢谢钟老师。
作者Author: ggdh 时间: 2018-7-31 10:04
是的，看看你集群上g09 任务的提交脚本 应该能找到g09root
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2018-9-12 09:52
钟老师，在inp-testnx.pl这一步出现错误：Can't locate colib_perl.pm in @INC 是否是perl版本的问题？ 目前的系统是RedHat6
作者Author: dingweilu 时间: 2018-11-1 11:21
接楼上老师的补充，我也遇到了相同问题，最后解决的方法就是vi ~/.bashrc，在里面添加G09的环境变量即可，如果是使用pbs脚本提交作业的，直接将pbs脚本里的G09环境变量复制，再添加进bashrc即可测试成功
作者Author: 猪头梨 时间: 2019-2-28 16:56
您好，我想问一下这个软件可以进行准经典轨迹研究吗
作者Author: Daniel_Arndt 时间: 2019-3-1 01:00
论坛里有人提供了Texas A&M University的Daniel A. Singleton编写的Progdyn，估计能够满足你的需求。
作者Author: xiaojingling016 时间: 2019-3-3 22:26
你好，我的Newton-X安装也出现了 moldyn.pl: <ERROR> $g09root variable is not defined. Check it and run again。这个怎么解决呢
作者Author: sobereva 时间: 2019-3-4 00:29
没定义g09root变量，这应当指向g09的所在目录
作者Author: 猪头梨 时间: 2019-3-6 20:13
非常感谢
作者Author: xiaojingling016 时间: 2019-3-6 20:47
老师，您好，已经按照该方法安装好软件，现在计算过程出现错误，错误信息为：Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 00000000000063c2, rsp 00007fff28925f98, rbp 00007fff28926510
rsi 000000000000000b, rdi 00000000000063c2, r8 00002af44ab607c0
r9 0000000000000000, r10 00007fff28925d20, r11 0000000000000202
r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fff28926558
r15 00000000000003e6
/lib64/libpthread.so.0(+0xf370) [0x2af44ad64370]
/lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2af44b2a84a7]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x47d9a7]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x492509]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x50a56d]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4eab00]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x67bb0f]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4c7f0a]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x51aadf]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x41a7eb]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x40ecce]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4037b0]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4036ed]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2af44b294b35]
/gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4035e9]
Gaussian call failed (run_g09_initcond:).
不知道这个错误怎么解决，麻烦老师给看一下。
作者Author: ggdh 时间: 2019-3-8 18:09
本帖最后由 ggdh 于 2019-3-8 18:15 编辑
按照他提升是gaussian 运行时出错，应该检查gaussian的log，该log应该在job_ad 文件夹里面
作者Author: MaGicBOX 时间: 2019-11-25 20:04
老师您好，我在用newton-x v2.2版本根据tutorial接入g09做surface hopping dynamics
在生成nxinput文件时报错如下：
Can't locate Math/VectorReal.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/theochem/newton-2.2/NX-2.2-B08/bin/lib /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 . /usr/local/theochem/newton-2.2/NX-2.2-B08/source/lib) at /usr/local/theochem/newton-2.2/NX-2.2-B08/source/lib/Chemistry/Atom.pm line 52.
然而我在我的nx解压包里找不到对应的Math/VectorReal.pm，这是我解压文件出问题了吗？
我是在计算机集群下使用的，用的是bash shell
作者Author: NicoleJiao 时间: 2020-5-31 15:03
Select tests to be performed (comma separated list, e.g., 6-9,11,13): 21
Now, run $NX/test-nx.pl > test.log
b-an01 [/pfs/nobackup/home/w/weihu/jff/N-X/NX-2.2-B08]$ test-nx.pl > test.log
initcond.pl: is dying now
diff: final_output.1.2: No such file or directory
你好，我也出现了这样的问题，请问您当时是怎么解决的呢？
作者Author: fineren 时间: 2020-5-31 23:26
动力学计算的光谱准确吗？意义是什么？
作者Author: archer 时间: 2020-9-20 16:19
本帖最后由 archer 于 2020-9-20 16:31 编辑
您好！我测试29可以，其他与MD有关的都失败了。runnx.error:
sh: /home/user05/softwares/newton-x/bin/write_pair: No such file or directory
作者Author: wangzhe 时间: 2020-9-20 23:29
感谢分享
作者Author: a1063021280 时间: 2020-12-7 16:57
提示: 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽
作者Author: 王寓于 时间: 2021-6-5 13:19
老师您好，手册9.1节在设置完环境变量以后不是还需要安装CIOVERLAP-OD 吗？是因为您的http://bbs.keinsci.com/thread-10183-1-1.html一文中不需要安装CIOVERLAP-OD吗？
作者Author: ggdh 时间: 2021-6-6 21:07
应该不需要单独安装
作者Author: 王寓于 时间: 2021-6-7 11:11
谢谢老师
作者Author: 王寓于 时间: 2021-6-7 16:41
老师您好，我按照这篇帖子里安装的NX2.2版，在执行inp-testnx.pl测试时选择22-29测试，test.log显示6个正常2个错误，提示说可能安装有问题，gaussian是按手册正常装的，请问还可能有什么原因造成安装问题？
作者Author: fy_111 时间: 2022-6-19 23:29
你好，我想请问一下Newton-x安装的这个问题最后是怎么解决的呢，我也遇到了这个问题。谢谢！
作者Author: 小范范1989 时间: 2022-6-22 11:00
本帖最后由 小范范1989 于 2022-6-22 11:10 编辑
抱歉哈，之前说错了，后续就是按照他那个手册里面这个安装的来，没啥问题了。我记得后面解决了。具体的，等我后面仔细看看再说吧，有点忘记了，抱歉。
作者Author: fy_111 时间: 2022-6-22 11:08
谢谢老师！
作者Author: fy_111 时间: 2022-6-22 13:51
本帖最后由 fy_111 于 2022-6-22 14:36 编辑
老师您好，我根据之前 J. Phys. Chem. C 2019, 123, 10081−10086这篇文章的步骤计算TDM，在输出gjf文件后，有的构型被判断为0 5，甚至0 13，这时候进行下一步垂直激发计算的时候是保持这个多重度还是全部改为0 1呢？或者是剔掉这些构型呢？谢谢老师。
作者Author: ggdh 时间: 2022-6-29 17:28
本帖最后由 ggdh 于 2022-6-29 17:31 编辑
全部改为0 1 试试我的genHOD脚本(已发布在论坛)
作者Author: fy_111 时间: 2022-6-30 00:23
好的，谢谢老师！
作者Author: 融雨青 时间: 2022-12-16 19:22
NEWTON-X-2.4 中Gaussian默认版本是g16，而不是文档中的g09
(, 下载次数 Times of downloads: 24)
作者Author: 融雨青 时间: 2023-2-14 16:57
关于gXXroot设置的补充说明
根据文档中NX调用g09的命令
- $gXXroot/gXX/bsd/gXX.profile;$gXXroot/gXX/gXX gaussian.com
例如，如果g09位置在
g09.profile位置在
- /home/g09/bsd/g09.profile
作者Author: cabbage 时间: 2024-3-12 16:02
您好，我在安装软件过程中制定环境变量后，输入测试inp-testnx.pl，出现command not found，这是什么问题呢？
作者Author: r1ck 时间: 2024-3-12 21:52
你好，我也遇到了这个报错“write_pair: No such file or directory”。请问怎么解决的？
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