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标题: 大体系团簇做AIM分析时能否更方便的区别分子内与分子间键径 [打印本页]

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Author: shaco 时间: 2018-4-23 20:07
标题: 大体系团簇做AIM分析时能否更方便的区别分子内与分子间键径
各位老师好！最近在《Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图》博文中学习了如何区别小分子的分子内和分子间键径。但是，目前我做的团簇体系很大，在Multiwfn软件的GUI中显示出来的AIM图像较为复杂，并且在对该图像进行转动放大缩小等操作的时候十分费力。想请教各位老师，有没有什么简便的方法，或者能否把键径数据提取到更舒服的图像处理软件中（类似Gaussianview），以及能否直接在VMD中显示出键径的序号，以求更方便区别键径？还请各位老师不吝赐教，十分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-24 08:11
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207

操作很简单

作者
Author: shaco 时间: 2018-5-15 23:38

sobereva 发表于 2018-4-24 08:11
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207

感谢sob老师的回复，抱歉有些迟了。最近一直在研究AIM分析的过程中发现一些VMD操作上的问题，想再次向sob老师请教一下，给您添麻烦了。首先根据博文中的操作，我成功的屏蔽掉了分子间键径，只留下了分子内的键径。由于目前我做的团簇体系较大，临界点较多会显得杂乱。所以想问下老师，能否和键径一样，将临界点（3，-1）中屏蔽一部分点然后只显示所需要的临界点呢？我尝试了将selected atoms改成和键径类似的all all not resid +临界点的序号，但是失败了。所以想向您请教下如何才能实现上述操作呢？
另外，按照博文的操作，我用VMD做出来的键径图会出现一部分是实线，另一部分是虚线的情况，这种情况能否改善，能否全部显示成实线呢？还望sob老师不吝赐教！再次感谢您的帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-16 07:36
显示哪些临界点也同样是根据在selected atoms里选择的内容决定的。按键盘上的0，点击一个临界点，屏幕上加上假设出现index 4，那你要不想显示它就输入all not index 4。

也许还有更方便的屏蔽方式，诸如可以VMD里通过not within 5 of xxxx的方式屏蔽距离xxxx 5埃以内的东西。最新版本Multiwfn里允许去除电子密度在指定范围的临界点等等。

博文之后更新过，按照里面说的方式，用VDW显示键径肯定都是实的

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Author: shaco 时间: 2018-5-16 14:54

sobereva 发表于 2018-5-16 07:36
显示哪些临界点也同样是根据在selected atoms里选择的内容决定的。按键盘上的0，点击一个临界点，屏幕上加 ...

多谢sob老师！两个问题都解决了，太感谢您了！

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Author: 不会飞的鱼 时间: 2020-1-7 09:25
本帖最后由不会飞的鱼于 2020-1-7 09:29 编辑

shaco 发表于 2018-5-16 14:54
多谢sob老师！两个问题都解决了，太感谢您了！

怎么去掉多余的键临界点，为什么我在representation界面改实现不了，在命令窗口改也不行，具体用到哪些操作呢，

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-7 18:45

不会飞的鱼发表于 2020-1-7 09:25
怎么去掉多余的键临界点，为什么我在representation界面改实现不了，在命令窗口改也不行，具体用到哪些操 ...

Multiwfn的拓扑分析界面里用-4 Modify or export CPs (critical points)里的相应选项删除多余的临界点之后再导出pdb
或者在VMD里显示的时候在representation - Selected atoms文本框里输入恰当的选择语句来只选择显示某些临界点或者刨除特定的临界点，仔细看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-7 18:47
另外，目前最新的Multiwfn已经支持只搜索弱相互作用区域临界点、只搜索特定片段间临界点等特殊搜索方式，看最新版手册4.2.6 Topology analysis in special regions: G-C...G-C base pair as an example节的例子

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