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标题: 金属配合物DFT计算关键词探讨 [打印本页]

作者
Author: jgslinjin 时间: 2018-4-24 23:23
标题: 金属配合物DFT计算关键词探讨
本帖最后由 jgslinjin 于 2018-4-24 23:26 编辑

课题组之前有个搞计算的师兄，计算金属配合物（比如非血红素铁）现在要使用他的结果继续往后算反应，发现师兄使用的基组比较乱，给做了点修改。不知改得如何，还望各位指教：

师兄版，minima optimization:
----------------------------------------------------------------------
#p opt(maxcycl=100,loose) Ub3lyp/gen freq=noraman temperature=273.15
scf=(xqc,maxcycl=300,nosymm) nosymm scrf=(cpcm,solvent=Acetonitrile)
pop=spinnatural gfoldprint gfinput iop(6/7=3,1/8=5)
----------------------------------------------------------------------
师弟版（楼主修改师兄版的）,minima optimization:
----------------------------------------------------------------------
#p opt=maxcycl=100 freq ub3lyp/gen scrf=(cpcm,solvent=acetonitrile)
nosymm empiricaldispersion=gd3bj gfinput gfoldprint int=(ultrafine,acc2e=12)
pop=(full,spinnatural) scf=(xqc,maxcycl=300,nosymm) temperature=273.15

----------------------------------------------------------------------

师兄版，TS optimization
----------------------------------------------------------------------
#p opt(ts,calcfc,maxcycl=100,loose) UB3LYP/gen freq=noraman temperatur
e=273.15 scf=(xqc,maxcycl=300,nosymm) nosymm gfinput iop(1/8=3,6/7=3)
pop=spinnatural gfoldprint scrf=(cpcm,solvent=Acetonitrile) iop(1/11=1
,2/16=1,5/13=1)

----------------------------------------------------------------------
师弟版，TS optimization
----------------------------------------------------------------------
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,maxcycl=100,maxstep=5,notrust) freq
b3lyp/gen scrf=(cpcm,solvent=acetonitrile) nosymm gfoldprint gfinput
pop=(full,spinnatural) empiricaldispersion=gd3bj int=(ultrafine,acc2e=12)
scf=(xqc,maxcycl=300,nosymm) temperature=273.15

----------------------------------------------------------------------

不知道这样改是否可行，还有需要改进的吗？此外，师兄的结果能用来继续往后计算吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-4-25 00:53
本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-5-2 23:29 编辑

个人建议

Minima optimization
#p opt freq 方法/gen scrf=(smd,solvent=溶剂) empiricaldispersion=gd3bj temperature=温度
--------------------------------------------
TS optimization
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest) freq 方法/gen scrf=(smd,solvent=溶剂) empiricaldispersion=gd3bj temperature=温度
--------------------------------------------

复制代码

原版大堆垃圾关键词，知道翻译了一下iop还算好点，但是竟然还补上了pop=full搞的输出文件巨大，存个fchk不就完了；其他看《常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词 http://sobereva.com/331》，有的关键词加了的精度还不如不加；有的本来就默认的是废话；有的存在1%的可能解决某些报错，但剩下99%都在浪费大量时间；有的压根没用；有的反而有可能带来问题；

初学者：如果所有文件都只有几个关键词
精通：计算路径该长的长、不该加的时候很简洁
误入歧途的菜鸟：所有文件的关键词都用同一套东抄西凑来的一大坨

出了报错、出了问题再加其他关键词解决。

注意选择恰当的方法和基组，做计算哪怕输入文件都套模板，方法基组起码要动动脑子根据情况选一选，不然真成了计算机做的计算化学，铁配合物可不是什么容易算准的东西《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择http://sobereva.com/272》。

如果~~G16~~G09，用明尼苏达系列才加 int=ultrafine，如果~~G09~~G16 除了明尼苏达系列都加 int=fine。如果温度是298K则不用写。
方法除了特殊情况不写U，真到了需要写U的时候这“模板”也缺其他关键词。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-25 08:48
简直是我看到过的最糟糕、最冗余的关键词组合
这简直可以成为论以讹传讹的危害的范例帖了

作者
Author: niobium 时间: 2018-4-26 17:28

liyuanhe211 发表于 2018-4-25 00:53
个人建议
原版大堆垃圾关键词，知道翻译了一下iop还算好点，但是竟然还补上了pop=full搞的输出文件巨大， ...

g16不是默认都是ultrafine吗？为何明尼苏达系列泛函要加int=ultrafine

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-26 19:52

niobium 发表于 2018-4-26 17:28
g16不是默认都是ultrafine吗？为何明尼苏达系列泛函要加int=ultrafine

应该是把G16和G09写反了。

作者
Author: niobium 时间: 2018-4-26 21:31

sobereva 发表于 2018-4-26 19:52
应该是把G16和G09写反了。

作者
Author: jgslinjin 时间: 2018-5-2 15:26

liyuanhe211 发表于 2018-4-25 00:53
个人建议
原版大堆垃圾关键词，知道翻译了一下iop还算好点，但是竟然还补上了pop=full搞的输出文件巨大， ...

非常感谢老师的回复，软件用的是g09。您的建议对我作用很大，让我对一些关键词有了新的认识。

作者
Author: jgslinjin 时间: 2018-5-2 15:27

sobereva 发表于 2018-4-25 08:48
简直是我看到过的最糟糕、最冗余的关键词组合
这简直可以成为论以讹传讹的危害的范例帖了

老师批评的对，引以为戒。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-5-2 23:30

niobium 发表于 2018-4-26 17:28
g16不是默认都是ultrafine吗？为何明尼苏达系列泛函要加int=ultrafine

我写错了，已更正，谢谢指正。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-5-2 23:31

jgslinjin 发表于 2018-5-2 15:26
非常感谢老师的回复，软件用的是g09。您的建议对我作用很大，让我对一些关键词有了新的认识。

如4L所说我最后的地方写反了G09和G16，已更新

作者
Author: alwens 时间: 2018-5-3 08:31
没必要copy当年说不定你师兄还没你现在水平高。

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