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标题: 关于gmx用pbs脚本提交的问题 [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-4-25 16:57
标题: 关于gmx用pbs脚本提交的问题
这位朋友老师好，我用pbs脚本提交出现以下问题，请问怎么解决？

昨天我们课题组服务器更新后，出现以下问题：
1. gmx -h 不能用，报错“gmx: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory”
于是我locate libmkl_intel_lp64.so，找到文件位置，在.bashrc里添加export LD_LIBRARY_PATH=/opt1/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
2. gmx -h 不能用，又报错“gmx: error while loading shared libraries: libiomp5.so : cannot open shared object file: No such file or directory”
于是我locate libiomp5.so，同样添加路径到.bashrc文件中，source后，在服务器可以正常使用gmx的命令。
3. 我想使用pbs脚本提交遇到如1. 所述问题“gmx: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory”
以前都没问题，我自己试了好多次，在网上也找过解决办法，还是解决不了，请问是怎么回事？

附上我的pbs脚本。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-25 17:16
服务器上gmx用的是intel编译器编译的？
索性用gcc重新编译一遍，彻底脱离对intel的库文件的依赖

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-4-25 18:52

sobereva 发表于 2018-4-25 17:16
服务器上gmx用的是intel编译器编译的？
索性用gcc重新编译一遍，彻底脱离对intel的库文件的依赖

谢谢sob老师，问题已经解决了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-13 19:55

虔诚的人发表于 2018-4-25 18:52
谢谢sob老师，问题已经解决了

您好，请问您是怎么解决的？

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2019-3-22 09:48

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-13 19:55
您好，请问您是怎么解决的？

当时的服务器有问题，服务器修好后，就没出现问题了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-22 09:52

虔诚的人发表于 2019-3-22 09:48
当时的服务器有问题，服务器修好后，就没出现问题了

HAHA 对的，我也是服务器坏掉了

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