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标题: 在计算S0→T1的重组能遇到一些问题 [打印本页]

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Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-27 09:19
标题: 在计算S0→T1的重组能遇到一些问题
本帖最后由胖嘟嘟123 于 2018-4-27 09:21 编辑

老师，您好，我是一个在量化方面的新手，有一些基础的问题想要咨询您，在之前我看到了您写的关于重组能计算的文章，在第二部分中S0→T1的重组能计算，对E3的计算不是很明白，以下为我的理解，希望老师帮忙指正：
                                                                                    E1的能量为S0结构优化好的计算单点能；
                                                                                    E2的能量为S0结构垂直激发的能量，在E1的输入文件中加入TD（triplet，root=1，nstates=10）输出文件为所得E2；
                                                                                    E4的能量为0 3优化后的T1结构计算单点能；
老师，请问以上我的这个理解对吗？但是E3的输入文件应该怎么写呢？怎么计算这一部分的重组能呢？若说得有不对的地方，请您见谅，谢谢老师。

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Author: 三石草祭 时间: 2018-4-27 16:05
E1,E2,E4的能量计算个人感觉没有问题，E3的计算可以基于T1的构型，用0 1的方式做一下单点计算。

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-27 17:07
本帖最后由胖嘟嘟123 于 2018-4-27 17:10 编辑

三石草祭发表于 2018-4-27 16:05
E1,E2,E4的能量计算个人感觉没有问题，E3的计算可以基于T1的构型，用0 1的方式做一下单点计算。

好的，谢谢您。另外，还有一个问题想要请教您，我在老师发过的用DUSHIN进行重组能分解过程中，按照步骤将P改为大写，但是在程序的输出文件显示为空白，而exe程序点开一下就关了，这是为什么呢？是我哪里写错了吗？我应该怎么调整呢？

点开以后就是这样的

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Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-27 17:24

三石草祭发表于 2018-4-27 16:05
E1,E2,E4的能量计算个人感觉没有问题，E3的计算可以基于T1的构型，用0 1的方式做一下单点计算。

谢谢您，我想请教一个问题，我在老师发过的一篇文章用DUSHIN分解重组能，按照步骤做的，但是为什么输出结果确实空白的呢？点开dushin.exe就马上自动关掉了，这是为什么呢？

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Author: sobereva 时间: 2018-4-27 17:26
E2和E4，计算能量的方式应当一样。不应当E4用UDFT算，而E2用TDDFT算。
当前情况，E2应当在S0结构下取0 3的能量。

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-27 18:05

sobereva 发表于 2018-4-27 17:26
E2和E4，计算能量的方式应当一样。不应当E4用UDFT算，而E2用TDDFT算。
当前情况，E2应当在S0结构下取0 3的 ...

好的，老师，我一会把输入文件改一下。还有一个问题想要请教您，按照您文章提到的，我将s0 freq与T1 freq的log文件，将相应的chk文件转化为fchk文件了，并且只改了其文件夹下面的dushin.dat文件里的文件名，但是点开dushin.exe之后就马上自动退出，输出文件也是空白，这是为什么呢？望老师指点一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-27 18:30

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-27 18:05
好的，老师，我一会把输入文件改一下。还有一个问题想要请教您，按照您文章提到的，我将s0 freq与T1 freq ...

先重复博文里的例子确认步骤正确

先打开命令行再运行dushin，即便出错了也不会自动关闭窗口，便于通过提示了解原因

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Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-27 20:49
本帖最后由胖嘟嘟123 于 2018-4-27 20:52 编辑

sobereva 发表于 2018-4-27 18:30
先重复博文里的例子确认步骤正确

先打开命令行再运行dushin，即便出错了也不会自动关闭窗口，便于通过 ...

老师，不好意思，还得麻烦您给我讲一下，我刚刚重复了博文里的例子，可以正常运行，可是我的分子放进去就不行。您帮我看一下是哪里出了问题呗。C:\Users\lili\Desktop\HGCLPNJ9T8_{NZJB%)`1HHS.jpg这个是dushin运行的输入文件 (, 下载次数 Times of downloads: 34) ，我是这么写的。
这个是我的输出文件 (, 下载次数 Times of downloads: 43) C:\Users\lili\Desktop\(0{_}(HEU7FGD14ZT2QJ_8L.png
这个是运算过程的输出 (, 下载次数 Times of downloads: 34) C:\Users\lili\Desktop\CT)M{1PNX8E@L)CJ8MV_@~A.png

作者
Author: 三石草祭 时间: 2018-4-28 08:35

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-27 20:49
老师，不好意思，还得麻烦您给我讲一下，我刚刚重复了博文里的例子，可以正常运行，可是我的分子放进去 ...

在计算时采用的何种泛函呢，dushin可能不识别某些泛函，因此需要手动把泛函调整下，比如修改成b3lyp

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-28 12:05

三石草祭发表于 2018-4-28 08:35
在计算时采用的何种泛函呢，dushin可能不识别某些泛函，因此需要手动把泛函调整下，比如修改成b3lyp

我的这个有过渡元素，所以是混合基组，用的就是b3lyp的，然后运算出现了这种状况，我就不知道应该怎么解决了

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-28 15:24

三石草祭发表于 2018-4-28 08:35
在计算时采用的何种泛函呢，dushin可能不识别某些泛函，因此需要手动把泛函调整下，比如修改成b3lyp

老师，dushin是不支持gaussian16吗？

作者
Author: 三石草祭 时间: 2018-4-29 05:41

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-28 15:24
老师，dushin是不支持gaussian16吗？

有这种可能性，用sed命令把16换成09试一下

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-29 14:54

三石草祭发表于 2018-4-29 05:41
有这种可能性，用sed命令把16换成09试一下

老师，问题解决啦，谢谢老师

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-29 21:44

三石草祭发表于 2018-4-29 05:41
有这种可能性，用sed命令把16换成09试一下

老师，还得打扰您一下，请问输出这个是什么原因呢？我的体系之前算的两个都没有这个情况，这个是什么错误呢？
UNMAPPED #2 atom          1       77
TRYING LOCATION ONLY--- READ IN ORDER
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 5, file /home/rd14/G16-dushin/dushin_v0.2018/bin/dushin.dat
Image             PC             Routine          Line       Source
dushin          0000000000452646  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          0000000000475147  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          00000000004733A5  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          0000000000430B8B  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          000000000040411D  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          000000000040302E  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003A8381ED1D  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          0000000000402F39  Unknown             Unknown  Unknown

作者
Author: 三石草祭 时间: 2018-4-30 13:12

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-29 21:44
老师，还得打扰您一下，请问输出这个是什么原因呢？我的体系之前算的两个都没有这个情况，这个是什么错 ...

这个问题我还真不清楚，你可以把你的输入文件上传下，看看论坛的大牛能不能帮你解决

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-4-30 14:18

三石草祭发表于 2018-4-30 13:12
这个问题我还真不清楚，你可以把你的输入文件上传下，看看论坛的大牛能不能帮你解决

老师，我已经解决这个问题了，把第一行的两个数字改一下就可以了

作者
Author: 三石草祭 时间: 2018-4-30 22:05

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-30 14:18
老师，我已经解决这个问题了，把第一行的两个数字改一下就可以了

作者
Author: abin 时间: 2018-5-1 23:06
也许你的方案中，可能用不到DUSHIN这种处理方案。

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2018-5-2 09:00

abin 发表于 2018-5-1 23:06
也许你的方案中，可能用不到DUSHIN这种处理方案。

您好，还有一个问题想要请教，在做重组能与振动模式的图中，我看到sob开始的博文里写要整理数据，请问是输出文件中的哪部分数据，我没有太看明白，请您指导一下。万分感谢

作者
Author: abin 时间: 2018-5-2 21:13

胖嘟嘟123 发表于 2018-5-2 09:00
您好，还有一个问题想要请教，在做重组能与振动模式的图中，我看到sob开始的博文里写要整理数据，请问是 ...

仔细读Sob的博文了。
那个不是我写的，我不清楚。

或者来办公室找我，我在你对面。

作者
Author: 貌美如花小吒吒 时间: 2019-5-28 08:35
本帖最后由貌美如花小吒吒于 2019-5-28 21:01 编辑

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-30 14:18
老师，我已经解决这个问题了，把第一行的两个数字改一下就可以了

你好，可以请问一下，这两个数分别改成多少了呢？我改了好几个数有的还是出现这个错误。而且，改动这两个数后输出结果也不相同。

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2019-5-28 22:23

貌美如花小吒吒发表于 2019-5-28 08:35
你好，可以请问一下，这两个数分别改成多少了呢？我改了好几个数有的还是出现这个错误。而且，改动这两个 ...

是有过渡金属么
用新版本自己编译试试？

作者
Author: 貌美如花小吒吒 时间: 2019-5-29 08:38

柒月小鱼发表于 2019-5-28 22:23
是有过渡金属么
用新版本自己编译试试？

你好，没有过渡金属，计算的是中性分子和阳离子之间的空穴重组能。我再去尝试一下，谢谢。

作者
Author: 胖嘟嘟123 时间: 2019-6-20 15:26

貌美如花小吒吒发表于 2019-5-28 08:35
你好，可以请问一下，这两个数分别改成多少了呢？我改了好几个数有的还是出现这个错误。而且，改动这两个 ...

改成1 2，因为体系不同处理方式也不同，你可以试一下改过之后能不能算出来

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