计算化学公社

标题: orca中优化时使用m062x/6-11g**应该怎么输入，此外怎么在orca中进行零点能校正 [打印本页]

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-4-28 10:26
标题: orca中优化时使用m062x/6-11g**应该怎么输入，此外怎么在orca中进行零点能校正
各位老师同学请教下
1.在orca中优化时使用m062x/6-11g**应该怎么输入呢？手册上没有找到2.此外怎么在orca中进行零点能校正，比如在gaussian 中m062x/6-11g**的ZPE的校正因子是0.97，那么在orca中怎么校正呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-28 11:54
没有叫6-11g**的基组
直接把ORCA给出的ZPE乘上这个校正因子即可

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-4-28 19:48
我打错了，是6-311g**，我在输入文件中写：
！ M062X 6-311g(d,p) opt freq tightSCF pal4
%maxcore 2000
* xyz
C
N
F
省略
*
错误，M062X/6-311g(d,p)在orca中怎么输入呢？
另外，如果我想算在2atm下优化，应该怎么输入呢，gaussian我会，但是orca不会

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-28 20:12

长颈鹿先森发表于 2018-4-28 19:48
我打错了，是6-311g**，我在输入文件中写：
！ M062X 6-311g(d,p) opt freq tightSCF pal4
%maxcore 2000 ...

压力完全不影响优化结果
M062X这些meta类型的泛函在ORCA里没有二阶解析导数，所以直接写freq报错

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-4-29 12:48

sobereva 发表于 2018-4-28 20:12
压力完全不影响优化结果
M062X这些meta类型的泛函在ORCA里没有二阶解析导数，所以直接写freq报错

1.在gaussian中如果想得到不同校正因子下或者不同温度、不同压力下的热力学数据，是使用freqchk工具即可；但是在orca中我看了input Library，找到了关于不同温度的输入方式，但是没有找到得到不同压力下的热力学数据的方法。老师您说在orca中想得到ZPE校正后的热力学数据，可以直接乘以校正因子就行，但是不同压力下应该怎么办呢？目前还没找到解决方法。
2. M062X泛函在orca中没有二阶解析导数，我在input Library中找到了freq不适合用于meta泛函这个说明，那是不是在orca中就不能用M062X泛函进行频率分析了，只能使用这个泛函进行几何优化和单点计算，那几何优化和频率分析如果想一起做的话是不是不知道用什么泛函的时候就用B3LYP。
3.我昨天晚上9点对一个11个原子4C 1N 7F 的分子进行单点能计算，! CCSD(T)-F12/RI cc-pVDZ-F12 cc-pVDZ-F12-CABS cc-pVTZ/C tightSCF pal4 ，现在还没有计算出结果，这是为什么呢，感觉不应该这么慢啊

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-4-29 13:44

长颈鹿先森发表于 2018-4-29 12:48
1.在gaussian中如果想得到不同校正因子下或者不同温度、不同压力下的热力学数据，是使用freqchk工具即可 ...

2.既然m062x没有解析频率，那肯定会有数值频率。因此应该用NumFreq关键词把。（初学ORCA，如若不对还请老师指出）

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-4-29 20:23

sobereva 发表于 2018-4-28 20:12
压力完全不影响优化结果
M062X这些meta类型的泛函在ORCA里没有二阶解析导数，所以直接写freq报错

还有问题就是，我使用您推荐的双杂化泛函去进行单点能计算，输入：
! RI-PWPB95 D3 RIJK def2-QZVPP def2-QZVPP/JK def2-QZVPP/C grid4 tightSCF pal4
输出结果错误，如图，说不要重复关键字def2-QZVPP/JK，我没有重复啊，就是按您说的方法输入的啊，怎么会出现这种情况呢？不明白

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2018-4-29 20:49

长颈鹿先森发表于 2018-4-29 20:23
还有问题就是，我使用您推荐的双杂化泛函去进行单点能计算，输入：
! RI-PWPB95 D3 RIJK def2-QZVPP def ...

如果是ORCA 4.0系列，是def2/JK而没有def2-QZVPP/JK

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-30 00:18

长颈鹿先森发表于 2018-4-29 12:48
1.在gaussian中如果想得到不同校正因子下或者不同温度、不同压力下的热力学数据，是使用freqchk工具即可 ...

1 借用shermo算不同压力的热力学数据
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315

2 用数值频率可以。但远不如用高斯

3 正常

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-4-30 21:11

sobereva 发表于 2018-4-30 00:18
1 借用shermo算不同压力的热力学数据
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sob ...

老师感谢的回复，如果我只是想算分子的解离能，反应焓值、势垒，那利用B3LYP/6-311G**优化几何结构的时候需要加校正D3（BJ）吗？我看您以前的文章说加D3后会在热力学数据计算上有少量改进，我只是想算BDE、势垒等，现在低水平上优化，再提高精度去计算单点能

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-30 22:28

长颈鹿先森发表于 2018-4-30 21:11
老师感谢的回复，如果我只是想算分子的解离能，反应焓值、势垒，那利用B3LYP/6-311G**优化几何结构的时候 ...

有好处，建议加

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-5-1 10:58

sobereva 发表于 2018-4-30 22:28
有好处，建议加

谢谢老师耐心的解释，刚开始学习orca，在orca中输入形式是：！ B3LYP/G 6-311G** D3BJ Opt Freq tightSCF pal4 就行是吗

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-5-1 11:08

sobereva 发表于 2018-4-30 22:28
有好处，建议加

此外，还有个问题，在orca中计算5~12原子的自由基和分子间的反应势垒、焓值等问题的时候，选择您推荐的RI-PWPB95 D3算单点，B3LYP/G 6-311G** D3BJ 优化，这个级别精度可以吧。我试了好几种方法算单点能，CCSD(T)-F12/RI 和DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ计算11原子的分子的单点能耗时太长了，可能是我电脑不行4核的，所以想着用您推荐的30~40原子的方法RI-PWPB95 D3来计算单点能，所以想问您这个级别计算10个原子甚至<10个原子的可不可以

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-1 13:22

长颈鹿先森发表于 2018-5-1 10:58
谢谢老师耐心的解释，刚开始学习orca，在orca中输入形式是：！ B3LYP/G 6-311G** D3BJ Opt Freq tightSCF ...

直接写D3，默认就是BJ阻尼

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-1 13:23

长颈鹿先森发表于 2018-5-1 11:08
此外，还有个问题，在orca中计算5~12原子的自由基和分子间的反应势垒、焓值等问题的时候，选择您推荐的RI ...

双杂化那样用可以
CCSD(T)/cc-pVDZ-F12，即便10个原子，只有四核时耗时也是很高的，实际测试一下便知

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-5-1 16:53

sobereva 发表于 2018-5-1 13:23
双杂化那样用可以
CCSD(T)/cc-pVDZ-F12，即便10个原子，只有四核时耗时也是很高的，实际测试一下便知

谢谢老师，在这个双杂化泛函级别下计算出来的能量精度也好可以被接受吧

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-1 18:42

长颈鹿先森发表于 2018-5-1 16:53
谢谢老师，在这个双杂化泛函级别下计算出来的能量精度也好可以被接受吧

可以

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-5-2 20:07

sobereva 发表于 2018-5-1 18:42
可以

感谢sob老师的耐心回复，我还是不太懂在orca中计算反应能量的问题。
想计算得到均裂反应后的势垒，A--->B+C，在orca中应该用哪个能量呢？
gaussian中是计算反应前后（考虑ZPE、焓和熵校正因子后）的吉布斯自由能变化；但是orca中应该怎么考虑校正呢，几何优化之后输出文件中ZPE的值乘上ZPE校正因子然后加上高水平计算的单点能的输出文件中的FINAL SINGLE POINT ENERGY这是考虑零点能校正后的电子能量是吗？
想在orca中得到校正后的反应焓值用于计算BDE；校正后的吉布斯自由能算反应势垒，不知道该用哪个能量，怎么校正？

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-5-2 20:35
本帖最后由长颈鹿先森于 2018-5-2 21:00 编辑

长颈鹿先森发表于 2018-5-2 20:07
感谢sob老师的耐心回复，我还是不太懂在orca中计算反应能量的问题。
想计算得到均裂反应后的势垒，A---> ...

请问老师我写的这个对吗？，此外加校正后的校正因子我是不是用B3LYP/6-311G**的校正因子就行

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-3 00:38

长颈鹿先森发表于 2018-5-2 20:35
请问老师我写的这个对吗？，此外加校正后的校正因子我是不是用B3LYP/6-311G**的校正因子就行

不对
频率校正因子是乘到频率上，然后用校正过的频率代入到热力学量计算公式里
仅对于ZPE，将频率校正因子直接乘到ZPE上，和先把校正因子乘到频率上再计算ZPE是一码事
公式在此程序文档里都有
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-3 00:42

长颈鹿先森发表于 2018-5-2 20:07
感谢sob老师的耐心回复，我还是不太懂在orca中计算反应能量的问题。
想计算得到均裂反应后的势垒，A---> ...

升温对焓增加的频率校正因子，以及熵的校正因子，通常都比较接近于1，因此算这部分的时候可以无视频率校正因子，但是ZPE校正因子最好考虑。
根据具体输出，搞清楚热力学量的计算公式，手动处理就完了
如果搞不清楚输出，就在Gaussian和ORCA下都用HF/STO-3G对相同结构做振动分析，对比结果马上就明白了

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2018-5-3 11:50
本帖最后由长颈鹿先森于 2018-5-3 18:53 编辑

sobereva 发表于 2018-5-3 00:42
升温对焓增加的频率校正因子，以及熵的校正因子，通常都比较接近于1，因此算这部分的时候可以无视频率 ...

老师我已经懂了
我仔细看了下热力学量的计算公式之后，得出的结论
Thermal correction to Enthalpy（gaussian）=ZPE+Total correction+Thermal Enthalpy correction （ORCA）
根据G=H-T*S;G=E+ZPE+△H-T*S: Thermal correction to Gibbs Free Energy（gaussian）=For completeness - the Gibbs free enthalpy minus the electronic energy（orca）

作者
Author: 王若曦 时间: 2022-5-24 16:38
阅读各位老师的帖子，我将关键词改成了numfreq，可是用m062x进行激发态结构优化和频率分析时系统还是报错，请教一下这是什么原因啊？虽然out文件中说GGA类型的泛函没法做解析频率的计算，但是我已经改成了数值频率了。(ps:已附上我的inp和out文件截图）

作者
Author: snljty2 时间: 2022-5-24 21:16
本帖最后由 snljty2 于 2022-5-24 21:18 编辑

王若曦发表于 2022-5-24 16:38
阅读各位老师的帖子，我将关键词改成了numfreq，可是用m062x进行激发态结构优化和频率分析时系统还是报错， ...

你再认真看一遍，说的是解析梯度都没有。Hessian需要二阶导数，半数值的也需要一阶解析导数。趁早放弃。要么换泛函，要么换软件。另外这个问题和本贴没什么直接关系。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)