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标题: 小分子团簇结构构造及光谱计算问题 [打印本页]

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Author: FZQ 时间: 2018-4-28 20:09
标题: 小分子团簇结构构造及光谱计算问题
各位老师好，我最近在做小分子团簇构造及其吸收、发射谱的计算问题。我先说下我的工作，现在研究的是乙醇与水的团簇结构。之前有看文献说60%乙醇水溶液（乙醇体积占60%）中的缔合结构是1个乙醇分子与2个水分子形成的团簇分子，其发射荧光峰的位置是335nm，我想试试理论能否算出，于是我用sob老师开发的genmer来生成初始结构，设定1个乙醇分子和2个水分子，指定生成20个初始结构。然后得到traj.xyz文件，用molclus做构型的批量优化，其中优化的关键词是照搬老师博文中的，template.gjf是# M062X/6-31G* int-ultrafine opt(tight,maxcyc=40) nosymm，template2.gjf是# M062X/6-31G* int-ultrafine opt(tight,gdiis,maxstep=2,notrust,maxcyc=100) nosymm，结果20个构型只有1个是优化收敛的。我就取了这个结构，在溶剂中再次优化，用的基组和泛函是M062X/6-31G(d)，算吸收和发射谱,用的是M062X/6-311G+(d,p)，溶剂选的是乙醇（后面想尝试根据乙醇和水的体积比来自定义溶剂）。现在问题是：
1、我的上述过程是否可行？
2、在优化20个初始结构中，只有一个正常收敛，这正常吗？我又尝试指定30、50个初始结构，结果全部收敛失败，这是什么原因呢？
3、算出的第一激发能和实验值相差不少，且振子强度很低，激发态优化又出现报错，所以发帖问一问我的做法是否正确。对量化计算研究的不深，多是照老师的博文做，有什么不对的地方还请老师指出，谢谢！

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Author: sobereva 时间: 2018-4-29 00:44
opt不要用tight，分子团簇体系本来达到默认收敛标准就不容易，tight更是难上加难
优化应当给氢加极化函数，即6-31G**
一开始用molclus批量优化的时候就应当带着隐式溶剂模型
是6-311+G(d,p)而非6-311G+(d,p)
M06-2X算荧光未必适合此问题
当前这个问题绝对不是一个典型的荧光计算问题。周围分子可能需要以显式方式表达（靠背景电荷之类方式），而且有可能有必要做动力学来提取团簇结构。对于没之前研究经验的情况，强烈建议先参考类似体系的计算文章，弄清楚要点和坑在哪。

作者
Author: FZQ 时间: 2018-4-29 10:13

sobereva 发表于 2018-4-29 00:44
opt不要用tight，分子团簇体系本来达到默认收敛标准就不容易，tight更是难上加难
优化应当给氢加极化函数 ...

好的，谢谢老师，我先看看相关的文献

作者
Author: FZQ 时间: 2018-5-7 20:46

sobereva 发表于 2018-4-29 00:44
opt不要用tight，分子团簇体系本来达到默认收敛标准就不容易，tight更是难上加难
优化应当给氢加极化函数 ...

sob老师您好，请问我在用molclus做批量优化的时候，还遇到一个问题，就是Thread and Process ID are zero in wsystem: NO such file or directory，请问这是什么原因？如何解决呢？
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作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-8 03:51

FZQ 发表于 2018-5-7 20:46
sob老师您好，请问我在用molclus做批量优化的时候，还遇到一个问题，就是Thread and Process ID are zero ...

看看Gaussian输出文件的信息，看看能否找到什么线索。
有时候这种问题重启就好了，只有windows版Gaussian有时候才出现，算是bug

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