计算化学公社

标题: QMMM中QM部分和MM部分的作用 [打印本页]

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-4-22 15:53
标题: QMMM中QM部分和MM部分的作用
最近准备用QMMM研究一个小体系，主要是阳离子和一个羧基的作用，显然离子周围应该有水分子的配位，经典MD也能跑出这个结果

但是我用QMMM跑了这个小体系，离子和羧基的结合变得紧密了，但是离子周围却没有水分子了，这是为什么呢？

QM部分是离子和带羧基的分子，方法是PM6，用的electrostatic embedding，水分子是tip4p，同样的初始结构下，QM部分使用经典力场可以得到合理的结果

按照我的理解，electrostatic embedding 是把MM部分的电场计入QM部分的hamitonian中，然后计算出QM部分每个原子的电荷，再利用QM部分的电荷反过去计算MM中各原子的受力，不知道理解有没有误？如果理解无误的话，即便PM6处理弱相互作用再不好也不至于这样啊=。=不知道有没有人有过类似的经历？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-22 17:03
光从你的描述上很难判断是怎么回事。
对于电子嵌入的描述没有错误。
可以搭几个简单模型测试测试看看MM的水和QM部分的相互作用是否正常描述了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-4-26 13:41

sobereva 发表于 2015-4-22 17:03
光从你的描述上很难判断是怎么回事。
对于电子嵌入的描述没有错误。
可以搭几个简单模型测试测试看看MM的 ...

还是感谢~我换个从头算的QM方法试试~~

作者
Author: MilesYYh 时间: 2024-9-20 20:15

fhh2626 发表于 2015-4-26 13:41
还是感谢~我换个从头算的QM方法试试~~

好奇，问一句最后这样解决了吗？（时隔多年不知道博主是否还记得）

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-9-21 13:08

MilesYYh 发表于 2024-9-20 20:15
好奇，问一句最后这样解决了吗？（时隔多年不知道博主是否还记得）

确实不记得了，后来觉得这样跑意义不大，也没在弄了，因为不把离子周围的水考虑成QM部分的话，误差甚至都不一定变小，那还不如用MM直接跑得了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)