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标题: 一个使用Dmol3计算过渡态的问题 [打印本页]

作者
Author: Vector 时间: 2018-5-4 16:37
标题: 一个使用Dmol3计算过渡态的问题
本帖最后由 Vector 于 2018-5-7 09:53 编辑

各位师长好：

LZ刚入门小白，最近碰到一个关于使用Dmol3计算过渡态的问题想跟大家请教。

先描述一下计算内容
这是我的反应物，想计算圈内原子以H2O释放的过程。
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

这是产物：
(, 下载次数 Times of downloads: 38)

"TS search"得到的xcd文件如下：
对应的反应能和反应能垒，
Energy of reaction : 102.786 kcal/mol
Energy of barrier : 103.339 kcal/mol

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

"TS confirmation"得到的xcd文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 48)

想请教的问题：
1）根据得到的反应能垒和反应能，可以看出两者非常接近。LZ猜猜这可能是由于束缚O、H原子的化学键断裂后整个分子体系的总能变化很小导致了势能面上平缓的区域。请问这样的推测合理吗？
2）TS confirmation得到的图中，在过渡态和产物之间出现了一个最小值点。请问这是由于计算精度不足引起的还是说真的有这样的最小值点呢？
非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-4 18:48
看不到图。注意看置顶的新人必读贴了解怎么贴图。

PS：如果有Gaussian，尽量用高斯找过渡态，比Dmol3好用得多得多。新人强烈建议从Gaussian找过渡态入手，Gaussian整体也远比Dmol3强大得多。

作者
Author: Vector 时间: 2018-5-7 09:59

sobereva 发表于 2018-5-4 18:48
看不到图。注意看置顶的新人必读贴了解怎么贴图。

PS：如果有Gaussian，尽量用高斯找过渡态，比Dmol3好 ...

感谢sob老师！
重新上传了一下图片，有空可否帮忙再看看问题。
嗯嗯，我用Dmol3做完了第一篇手稿，确实感觉如果一开始用Gaussian的话可能要顺利很多，要是早点来论坛跟大家请教就好了

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