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标题: 关于Multiwfn的拓扑分析结果在VMD的显示问题 [打印本页]

作者
Author: 新手囧囧 时间: 2018-5-7 22:00
标题: 关于Multiwfn的拓扑分析结果在VMD的显示问题
sob老师，请问这种图是怎么做出来的？是先在Multiwfn中做完拓扑分析后，进入主功能100，然后选2，选1，将体系的pdb导出，然后倒入VMD，选择CPK，可是怎么显示出两分子之间的相互作用键径啊？还有怎么把临界点显示出来啊？我做出来的只显示了两个分子，但他们之间的相互作用路径和临界不知道怎么显示，实在是搞不懂VMD。还请老师帮忙解答困惑~

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-5-7 22:20
http://sobereva.com/207
读此文

作者
Author: 新手囧囧 时间: 2018-5-7 22:30

我本是个娃娃发表于 2018-5-7 22:20
http://sobereva.com/207
读此文

您好，我已经看过了，只是不明白如何显示出键径？按照方法做了，将path.pdb文件拖入VMD后，确定已选中此文件，我觉得设置的应该没错，可还是没有显示出路径来

您知道是怎么回事吗？

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-5-7 22:50

新手囧囧发表于 2018-5-7 22:30
您好，我已经看过了，只是不明白如何显示出键径？按照方法做了，将path.pdb文件拖入VMD后，确定已选中此 ...

键径如果使用point方式显示不出来，可以用CPK方式显示，把CPK的键半径缩小至0，原子半径缩小到1即可

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-8 00:49
严格、精确按照《Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图》http://sobereva.com/207博文所述设置：

我们也可以改用VDW球方式显示键径的每个点，这样键径更有质感。具体来说，在显示键径的那个Rep里把Drawing Method改为VDW，然后把界面中Sphere Scale选项修改得很小。但是会发现，最小也只能设为0.1，但此时键径显得还是太粗。为了设得更小，我们需要利用命令行。为了获取对应的命令行指令，我们选File - Log Tcl Commands to Console，然后随便修改一下Sphere Scale，文本窗口会出现比如mol modstyle 0 0 VDW 0.200000 12.000000。其中的0.2对应当前的Sphere Scale，将之改为较小的值，然后把命令粘贴到文本窗口里，比如用mol modstyle 0 0 VDW 0.02 12.000000，则显示键径的那个Rep对应的效果就是这样了：

不在现场，有些太“显而易见”的东西没法通过文字描述清楚。无非就那么几个按钮、选项，试试立马就清楚了

作者
Author: 新手囧囧 时间: 2018-5-13 17:37

sobereva 发表于 2018-5-8 00:49
严格、精确按照《Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图》http://sobereva.com/207博文所述设置：

sob老师，您看我用VMD做出来的图，后边的原子不如前边的原子看的清楚，但是转一下分子，又有其他原子不清楚了，但是您做出来的上面那个图形就不会出现这种情况，所有的原子都很清楚，请问您是怎么怎么设置的啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-13 19:48

新手囧囧发表于 2018-5-13 17:37
sob老师，您看我用VMD做出来的图，后边的原子不如前边的原子看的清楚，但是转一下分子，又有其他原子不清 ...

关掉depth cueing，这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

作者
Author: 新手囧囧 时间: 2018-5-13 20:45

sobereva 发表于 2018-5-13 19:48
关掉depth cueing，这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

谢谢老师~~

作者
Author: Clara 时间: 2019-5-24 21:32

sobereva 发表于 2018-5-13 19:48
关掉depth cueing，这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

老师您好，我使用VMD作图之后一直显示有环临界点和笼临界点，如何去掉这个它们，只显示键临界点呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-25 03:01

Clara 发表于 2019-5-24 21:32
老师您好，我使用VMD作图之后一直显示有环临界点和笼临界点，如何去掉这个它们，只显示键临界点呢？

在此文文末专门添加了说明
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobereva.com/445（http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html）

作者
Author: Clara 时间: 2019-5-25 15:58

sobereva 发表于 2019-5-25 03:01
在此文文末专门添加了说明
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobe ...

好的，谢谢老师，还有一个问题是是否可以直接使用multiwfn直接把图片中红圈中绿色的键取消显示呢？麻烦老师解答一下

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-26 04:39

Clara 发表于 2019-5-25 15:58
好的，谢谢老师，还有一个问题是是否可以直接使用multiwfn直接把图片中红圈中绿色的键取消显示呢？麻烦老 ...

那个不是键，估计是你选择了产生(3,+1)和(3,+3)拓扑路径所致。可以进入-5 Modify or print detail or export paths, or plot property along a path选项自行删掉相应的路径

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