计算化学公社

标题: 寻找转动过渡态问题 [打印本页]

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-5-9 09:53
标题: 寻找转动过渡态问题
结构在附件里：我想找1结构到2结构的右边那个面旋转的过渡态，qst2方法找不到，直接将平面旋转一半之后再做TS也找不到，试了柔性扫描但是找完的过渡态振动频率只有-30.61，而且还掺杂了其他的振动，刚性扫描也试了，还是找不到过渡态，老师们有什么好的方法吗

作者
Author: jgslinjin 时间: 2018-5-9 10:42
我之前用DFT找过类似的转动过渡态，情况跟你差不多。一位老师告诉我，DFT做转动不是很合适，用动力学更合适。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-9 10:47
尽量直接贴图，不要放到文档里
刚性扫描对此问题没有任何用处
对你当前找的过渡态做IRC，能连通两侧就说明找对了
DFT做转动的过渡态非常适合，没有任何问题。当前问题牵扯不到动力学

注意恰当写标题，给你改了
http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-5-9 15:47

jgslinjin 发表于 2018-5-9 10:42
我之前用DFT找过类似的转动过渡态，情况跟你差不多。一位老师告诉我，DFT做转动不是很合适，用动力学更合适 ...

如果它说的转动与楼主例子中的转动是一回事儿，那不敢苟同这个意见

作者
Author: jgslinjin 时间: 2018-5-9 17:20
我之前做的是苯乙烯环氧化，端基碳连接氧后生成自由基，可能发生C-C键旋转，如下图。当初还scan过二面角，也出现了峰，后来就没往后做了。
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-5-9 19:52

sobereva 发表于 2018-5-9 10:47
尽量直接贴图，不要放到文档里
刚性扫描对此问题没有任何用处
对你当前找的过渡态做IRC，能连通两侧就说 ...

老师做了IRC但是只IRC曲线上只有三个点，两端不是反应物和产物，IRC是不正确的

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-10 03:22

大慧慧发表于 2018-5-9 19:52
老师做了IRC但是只IRC曲线上只有三个点，两端不是反应物和产物，IRC是不正确的

刚一跑就停的问题仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

作者
Author: mutron 时间: 2018-5-11 22:24
本帖最后由 mutron 于 2018-5-11 22:30 编辑

题主碰到的估计是IRC每一边都只跑一个点，有可能是碰到势能面比较平缓的情况，可以尝试把stepsize设置大一点解决问题。用PM7扫了一下：

(, 下载次数 Times of downloads: 44) stepsize设为15的话，只有三个点，两边都是跑一个点就停了

(, 下载次数 Times of downloads: 31) 可以看到两边的第一点受力已经非常小，估计程序自动判断为终点停了

(, 下载次数 Times of downloads: 40) stepsize设置为20（或者更大点也可以）就比较正常了

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-5-24 21:27

mutron 发表于 2018-5-11 22:24
题主碰到的估计是IRC每一边都只跑一个点，有可能是碰到势能面比较平缓的情况，可以尝试把stepsize设置大一 ...

您的意思是说我将步长设的大一点，还是我要换成PM7的方法重新跑一下呀

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-5-24 21:29
本帖最后由大慧慧于 2018-5-24 21:30 编辑

mutron 发表于 2018-5-11 22:24
题主碰到的估计是IRC每一边都只跑一个点，有可能是碰到势能面比较平缓的情况，可以尝试把stepsize设置大一 ...

也就是说这个面旋转的过渡态是对的，是不。irc是可以跑出来的对吗？我现在就是不太确定我的这个过渡态找的对不对，它的振动频率只有-30点多

作者
Author: mutron 时间: 2018-5-25 19:26
本帖最后由 mutron 于 2018-5-27 19:41 编辑

大慧慧发表于 2018-5-24 21:27
您的意思是说我将步长设的大一点，还是我要换成PM7的方法重新跑一下呀

步长设大一点就行（逐渐加大到可以连续跑出点），PM7只是省时间看看问题出在哪里而已，最终还是需要你用原来的方法跑一遍。留意到你给的结构里面居然是双自由基，我8楼跑的是桥头碳旁边的碳原子不是自由基（更合理）、氧原子和氧原子在同一边的双线态，虚频为-53；B3LYP/6-31G*下是-57：
(, 下载次数 Times of downloads: 24) (, 下载次数 Times of downloads: 47)

用PM7算一遍你图3中的三线态结构，虚频为-35：
(, 下载次数 Times of downloads: 26) (, 下载次数 Times of downloads: 57) 只是IRC更短了

作者
Author: 大慧慧 时间: 2018-5-26 21:10

mutron 发表于 2018-5-25 19:26
步长设大一点就行（逐渐加大到可以连续跑出点），PM7只是省时间看看问题出在哪里而已，最终还是需要你用 ...

您的意思是我把右边的按个面反向旋转到一个位置在跑过渡态比较合理一点对吗

作者
Author: mutron 时间: 2018-5-27 19:40

大慧慧发表于 2018-5-26 21:10
您的意思是我把右边的按个面反向旋转到一个位置在跑过渡态比较合理一点对吗

我觉得两个都是，毕竟两个环不对称

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