计算化学公社

标题: 过渡态优化的问题 [打印本页]

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2018-5-9 11:55
标题: 过渡态优化的问题
我做这个过渡态优化，想把N上的羟基H给到O上，我按照一篇类似的文献做的结构优化不收敛。
然后我取其中一步做freq，最大那个虚频是我想要的方向 a.log：
1）我在原输入文件加了opt=tight int=ultrafine 再优化仍然不收敛。b.log
2）用gview的扫把工具，然后优化不收敛，且取其中一步走freq完全不是我想要的趋势。
3）我把freq中最小的虚频手动调整0.15优化，还是不收敛 c.log。取能量最小点14，maxstep=5优化，还是不收敛 d.log。它的能量图成那样，优化感觉没有明显的反应物或者产物特征，我不知道怎么修改了。麻烦老师们给点意见。

作者
Author: h840473807 时间: 2018-5-9 13:11
a.log虚频是你想要得，说明这个结构大概对了，接下来只要优化收敛就可以了，可以按博文里解决优化不收敛得办法尝试，推荐先用gdiis优化方法试一试。

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2018-5-9 14:26
谢谢了，我先试试哈。（我是SCF不收敛）

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2018-5-9 15:26
还有个问题：就是明显有我想要的反应方向是不是很大程度上说这个初猜结构是找对了，剩下就是根据不收敛的方法去改？

作者
Author: laoman 时间: 2018-5-9 16:39

哈哈哈发表于 2018-5-9 15:26
还有个问题：就是明显有我想要的反应方向是不是很大程度上说这个初猜结构是找对了，剩下就是根据不收敛的方 ...

Heme体系的PES都很平缓，过渡态很难找到百分百精准，话说能好奇一下为啥要加溶剂吗？我做有加溶剂的时候也是很难收敛。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-9 17:31
你做的所有操作都是多余的，越弄越糟糕，搞清楚各种关键词都是干什么的再去用
默认收敛条件下都几何优化不收敛，还用tight，明显更难收敛
扫把工具明显不能用在此处，完全是在破坏过渡态初猜结构合理性
按照虚频调整结构完全不是用在当前场合的

直接拿a的结构照常找过渡态就完了，几何不收敛就仔细阅读下文了解正确做法
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

若真是碰到SCF不收敛看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

把几何优化不收敛和SCF不收敛的关系区分清楚，1L和3L描述明显不同

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2018-5-9 19:07
1）是我弄错了，不应该用tight。
2）那扫把工具是在什么时候使用？
3）按虚频方向调是在优化收敛然后freq出现虚频时把初猜对称性弄得比实际结构高时用这个。我这个虚频太多了，改变一个用处不大，而且容易影响其他得受力。
是我改得不对。SCF步收敛就是最后l502 Convergence failure?结构不收敛就是l9999？
我这个都是l502，所以根据SCF不收敛的来改?是这个意思吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-10 03:25

哈哈哈发表于 2018-5-9 19:07
1）是我弄错了，不应该用tight。
2）那扫把工具是在什么时候使用？
3）按虚频方向调是在优化收敛然后freq ...

2 那是用非常粗劣的方法优化近似的极小点结构用的，你找过渡态显然不是找极小点

3 是

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2018-5-10 09:56
好的谢谢老师。就是我改的过程中还有个问题：是不是在优化过程中明显结构不是想要的趋势时改初猜结构？我感觉我总不太相信初猜结构，改的过程中报错就总倾向于去改初猜结构。我想问大概什么时候初猜结构找对的可能性比较小，需要改初猜结构？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-10 11:32

哈哈哈发表于 2018-5-10 09:56
好的谢谢老师。就是我改的过程中还有个问题：是不是在优化过程中明显结构不是想要的趋势时改初猜结构？我 ...

构建初猜结构应当充分利用自己的化学直觉，如果优化过程中越来越不像过渡态，就停掉，重新调整初猜，反复尝试。优化的苗头对不对凭借化学直觉和计算经验判断

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2018-5-10 17:38
好的谢谢老师话说老师您是在看凌晨3点的早晨

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2018-5-22 15:19

laoman 发表于 2018-5-9 16:39
Heme体系的PES都很平缓，过渡态很难找到百分百精准，话说能好奇一下为啥要加溶剂吗？我做有加溶剂的时候 ...

为什么说这个体系的PES平缓安？我看它的结构挺多环和双键的

作者
Author: laoman 时间: 2018-5-22 21:35

哈哈哈发表于 2018-5-22 15:19
为什么说这个体系的PES平缓安？我看它的结构挺多环和双键的

我自己做的heme氢抽提体系，可以找到很多个只有一个虚频且连接反应物和产物的TS，能量差异都很小。

作者
Author: 哈哈哈 时间: 2018-5-23 20:58

laoman 发表于 2018-5-22 21:35
我自己做的heme氢抽提体系，可以找到很多个只有一个虚频且连接反应物和产物的TS，能量差异都很小。

哎呀，给我找得。

我就感觉很容易就震荡，或者走IRC两边一样。

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