计算化学公社

标题: 做IRC增大maxpoints对结果没有影响 [打印本页]

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Author: zc000 时间: 2018-5-9 15:27
标题: 做IRC增大maxpoints对结果没有影响
老师，我对找到的过渡态进行IRC分析，第一次的命令为#p irc=calcall int=ultrafine b3lyp/6-311g(d) geom=connectivity，结果为图1；第二次的命令为#p irc=(calcall,stepsize=5,maxpoints=100) int=ultrafine b3lyp/6-311g(d) geom=connectivity，第三次命令#p irc=(calcall,stepsize=5,maxpoints=200) int=ultrafine b3lyp/6-311g(d) geom=connectivity，出现的结果一样，如图2。我现在有两个疑问，1，是我找的过渡态有问题吗，为什么IRC分析两边的结构差不多；2，为什么改变maxpoints的值对结果没有影响？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-5-9 15:46
考虑过渡态不精确地可能

作者
Author: zc000 时间: 2018-5-9 16:48

liyuanhe211 发表于 2018-5-9 15:46
考虑过渡态不精确地可能

我的这个体系比较简单，就三个原子，过渡态我试了很多种，然后对每种过渡态都进行了分析，发现出来的结果左右两边的结构基本一样。我就想是不是我的这个反应不成立？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-5-9 16:52

zc000 发表于 2018-5-9 16:48
我的这个体系比较简单，就三个原子，过渡态我试了很多种，然后对每种过渡态都进行了分析，发现出来的结果 ...

“不精确”不是“不对”，和试了多少种没关系。比如优化时加opt=tight（DFT可能需要int=ultrafine）

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-9 17:19
你的IRC明显是错的，正常的IRC不可能有个尖峰
仔细阅读此文，确定该注意的都注意了。maxpoints文中有详细说明
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

作者
Author: zc000 时间: 2018-5-9 17:24

liyuanhe211 发表于 2018-5-9 16:52
“不精确”不是“不对”，和试了多少种没关系。比如优化时加opt=tight（DFT可能需要int=ultrafine）

李老师，我做过渡态的命令是#p opt=(calcall,tight,ts) int=ultrafine freq b3lyp/6-311g(d) geom=connectivity

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-5-9 20:25
很有可能你的IRC曲线两侧走的是同一个路径，也就是说，不是对应的TS的两端，只是其中一端而已

作者
Author: zc000 时间: 2018-5-9 21:42

我本是个娃娃发表于 2018-5-9 20:25
很有可能你的IRC曲线两侧走的是同一个路径，也就是说，不是对应的TS的两端，只是其中一端而已

老师，像我这种情况应该怎么处理？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-5-9 22:03

zc000 发表于 2018-5-9 17:24
李老师，我做过渡态的命令是#p opt=(calcall,tight,ts) int=ultrafine freq b3lyp/6-311g(d) geom=connec ...

百度盘传一下opt和几个IRC的输入输出文件吧

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Author: zc000 时间: 2018-5-10 08:00

liyuanhe211 发表于 2018-5-9 22:03
百度盘传一下opt和几个IRC的输入输出文件吧

链接：https://pan.baidu.com/s/1RtIr74YBcjxkCDQOQIuikQ 密码：saom

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Author: mutron 时间: 2018-5-13 17:07
本帖最后由 mutron 于 2018-5-13 20:16 编辑

留意到把坐标提取出来单独做freq居然是基态。无论怎么变动设置：opt=vtight、int=superfine、提取内坐标、geom=allcheck，ts优化结果有一个虚频，但是单独做freq还是基态

而且留意到freq（ultrafinegrid）的E（UB3LYP）=-2386.18773517，ts结果的E（UB3LYP）=-2386.15877802，很有可能freq（包括IRC）任务计算收敛到能量更低的态上面，导致题主IRC做的其实是基态

用multiwfn查看自旋密度：
(, 下载次数 Times of downloads: 35)    ts计算结果E（UB3LYP）=-2386.15877802
(, 下载次数 Times of downloads: 43)    提取坐标后的计算结果E（UB3LYP）=-2386.18773517，基本对应1楼IRC最高点的能量

解决办法就是加上guess=tcheck，结果就正常了：
(, 下载次数 Times of downloads: 38)     (, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: mutron 时间: 2018-5-13 17:11
奇怪了，怎么最近传的gif都被重新编辑过导致动不了

作者
Author: Jasminer 时间: 2018-5-13 17:25

mutron 发表于 2018-5-13 17:07
留意到把坐标提取出来单独做freq居然是基态。无论怎么变动设置：opt=vtight、int=superfine、提取内坐标、g ...

看来涉及到O的时候一定要注意有没有势能面交叉

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-13 20:01

mutron 发表于 2018-5-13 17:11
奇怪了，怎么最近传的gif都被重新编辑过导致动不了

因为直接上传的图会自动被加水印
压缩成压缩包后上传即可解决，但gif略大的时候还是建议用网盘以节约论坛空间

作者
Author: zc000 时间: 2018-5-13 21:25

mutron 发表于 2018-5-13 17:07
留意到把坐标提取出来单独做freq居然是基态。无论怎么变动设置：opt=vtight、int=superfine、提取内坐标、g ...

谢谢您

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