计算化学公社

标题: 请问GROMACS如何添加用户自定义函数？ [打印本页]

作者
Author: jase20 时间: 2018-5-9 16:02
标题: 请问GROMACS如何添加用户自定义函数？
请问如果我想添加自己的势函数应该怎么做呢？请问各位前辈有没有相关的例子？手册里的内容有点模糊...感觉看了也没太懂...
我是想给给小分子添加一个位置限制势能，把小分子固定在某个区域，让他运动..然后我看了GROMACS里面提供的相关位置限制函数，但是没找到我想要的那种...
请问这个是不是一定要修改源码呢？应该从哪些方面下手呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-10 04:03
据我所知没法直接自定义添加
可以尝试找源代码position restraints定义部分，自行添加势函数

作者
Author: jase20 时间: 2018-5-10 10:05

sobereva 发表于 2018-5-10 04:03
据我所知没法直接自定义添加
可以尝试找源代码position restraints定义部分，自行添加势函数

谢谢社长.

可是源码完全看不懂....都找不知道势函数部分在那里定义的...感觉和自己写的粗粒化程序真是天壤之别...

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-5-10 11:00
PLUMED了解一下……

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-10 11:30

jase20 发表于 2018-5-10 10:05
谢谢社长.可是源码完全看不懂....都找不知道势函数部分在那里定义的...感觉和自己写的粗粒化程 ...

善用grep -R，可直接在当前和所有子目录里的所有源代码文件中搜索特定要找的词，应该不难定位到位置

作者
Author: jase20 时间: 2018-5-10 20:55

k64_cc 发表于 2018-5-10 11:00
PLUMED了解一下……

谢谢，以前听过用PLUMED 计算相关自由能的，这个可以用与添加势函数嘛？

作者
Author: jase20 时间: 2018-5-10 21:00

sobereva 发表于 2018-5-10 11:30
善用grep -R，可直接在当前和所有子目录里的所有源代码文件中搜索特定要找的词，应该不难定位到位置

谢谢社长

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-5-11 10:19

jase20 发表于 2018-5-10 20:55
谢谢，以前听过用PLUMED 计算相关自由能的，这个可以用与添加势函数嘛？

它最大的两个用途就是定义CV和加势函数，用着贼方便……

要是Wall和Restraint不够你用的可以自己写，代码比GMX干净一百多倍。

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