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标题: 求助Gromacs pbc=xy nwall=2时几个水分子从上面的墙跑出（z轴方向跑出） [打印本页]

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Author: 轻剑飞扬 时间: 2018-5-11 14:34
标题: 求助Gromacs pbc=xy nwall=2时几个水分子从上面的墙跑出（z轴方向跑出）

大家好：

我在使用Gromacs模拟蛋白在固体表面的吸附时，使用二维周期性边界条件（pbc=xy）,在z方向使用了两面墙（nwall=2)。

1. 想请问nwall=2时，wall_atomtype怎样选取？（只要是力场中已有的原子类型就行，还是要根据自己体系选？）

2. wall_density值的设定有没有什么依据？（要根据wall_atomtype确定大小么？要根据什么设到多大才能形成密实的墙？）

3. 使用如下参数时，几个水分子从z轴方向跑出。有人提到可能是wall_density值不合理没有形成密实的墙，但尝试增大wall_density值后还是有水跑出。也尝试了不同的 wall_r_linpot值。
pbc       =       xy
ewald_geometry = 3dc
nwall       = 2
wall_type = 9-3
wall_r_linpot = 2
wall_atomtype = C C       (所使用的力场文件中的C）
wall_density = 150 150
wall_ewald_zfac = 3

3. 如果蛋白和表面一起可以使用pbc=xy加水模拟，但单独的蛋白只能在pbc=xyz或pbc=xy加真空的时候可以运行，在pbc=xy加水的时候不能运行（lost Particles error)。单独的蛋白有没有可能使用pbc=xy加水条件？

这是尝试对别人文献体系的重复，文献中使用了pbc=xy，特别想知道别人可以模拟成功，而我的上方盒子（Z轴方向）为什么会有几个水跑出来？单独蛋白体系到底行不行？非常期待高手解答，先谢谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-12 03:56
假设固体表面在盒子低端，其实让蛋白质上方留出比如几nm水层区域，当xyz周期性来跑就行，就用不着wall了

作者
Author: 轻剑飞扬 时间: 2018-5-15 15:53

sobereva 发表于 2018-5-12 03:56
假设固体表面在盒子低端，其实让蛋白质上方留出比如几nm水层区域，当xyz周期性来跑就行，就用不着wall了

非常感谢sob老师的答复。我在遇到问题后进行了相关搜索，了解到可以增大z方向水层使用xyz条件。我现在比较纠结的是为什么会有几个水从Z轴跑出，可能的影响因素会有哪些？

作者
Author: 轻剑飞扬 时间: 2018-5-22 14:57

sobereva 发表于 2018-5-12 03:56
假设固体表面在盒子低端，其实让蛋白质上方留出比如几nm水层区域，当xyz周期性来跑就行，就用不着wall了

sob老师好，如果像您说的使用xyz体系的话，对于厚度1nm的表面加最大长度9nm的蛋白这样的体系，上方要留几纳米的水层区域时可以忽略上表面的影响呢？感谢（因为本应该可以使用xy条件，若使用xyz的话会不会有人质疑上表面的影响或质疑为什么不用xy）

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-23 18:28
假设板紧贴着盒子底端，蛋白质上方留出不小于1.5nm水层就可以

作者
Author: 轻剑飞扬 时间: 2018-5-24 16:24

sobereva 发表于 2018-5-23 18:28
假设板紧贴着盒子底端，蛋白质上方留出不小于1.5nm水层就可以

谢谢老师了

作者
Author: Jie_C 时间: 2021-3-10 22:39

轻剑飞扬发表于 2018-5-15 15:53
非常感谢sob老师的答复。我在遇到问题后进行了相关搜索，了解到可以增大z方向水层使用xyz条件。我现在比 ...

请问这个问题解决了吗，我也遇到了相同的问题

作者
Author: 园园乖 时间: 2021-8-8 21:34
请问可以贴出您在蛋白和表面一起并使用pbc=xy加水模拟的mdp文件吗？万分感谢！！

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