计算化学公社

标题: Domain analysis in silent mode [打印本页]

作者
Author: loveworld9966 时间: 2018-5-11 16:19
标题: Domain analysis in silent mode
Sob老師您好，
近期在使用3.5版本的Multiwfn發現可以做積分。
看了手冊後，有些問題想要請教：

NCI的積分方法為何?
NCI的積分有沒有相關參考文獻可以閱讀？
我有嘗試使用txt檔做silent mode，但是會卡在選domain，就無法再繼續取得積分數據了......想請問目前是否有方法可以解決?

謝謝Sob老師！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-12 04:20
1 Multiwfn的域积分方法是自创的。这里有提及
使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积
http://sobereva.com/408
2 域积分方法用于积分RDG等值面内空间来定量考察弱相互作用，参考Multiwfn手册4.200.14.1节的例子，里面有相关文献
3 你先用交互式方式操作一遍，确认每一步命令都无误。之后用silent mode运行应该不会有问题，至少我没碰见过。如果有问题，请将相关细节（比如重定向到Multiwfn的文件）发上来

作者
Author: loveworld9966 时间: 2018-5-14 16:25

sobereva 发表于 2018-5-12 04:20
1 Multiwfn的域积分方法是自创的。这里有提及
使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积
http://soberev ...

好的，我會再試試看。
謝謝您提供的資料:D

作者
Author: loveworld9966 时间: 2018-5-16 15:50

sobereva 发表于 2018-5-12 04:20
1 Multiwfn的域积分方法是自创的。这里有提及
使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积
http://soberev ...

Sob老師您好
我用的txt檔案內容如下：
20
1
4
200,200,200
-1
1
2
3
0
0
200
14
1
9
func2.cub
3
1
domain
1
5
domain
10
domain

在domain的位置我不知道要怎麼輸入進去，因為我是在計算完成後打開圖形化介面找到所需domain，可是後續就不知道怎麼輸入domain讓multiwfn繼續操作下去了......不知道Sob老師有沒有遇到此類問題?

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-16 17:55

loveworld9966 发表于 2018-5-16 15:50
Sob老師您好
我用的txt檔案內容如下：
20

一般域分析都是用交互式方式进行的，毕竟得进入图形界面后看一下编号才知道要分析的是哪个。
如果就是想silent模式运行，输入域编号的步骤就输入编号就完了。只有那种蹦出图形界面的步骤，silent模式运行才会卡住，不进入图形界面即可，或者把settings.ini里isilent设为1，这样遇到自动蹦出图形界面的地方也不会蹦出图形界面而会直接跳过。

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