计算化学公社

标题: 使用tip4p-ice时如何加入虚原子？ [打印本页]
作者
Author: hogan6789    时间: 2018-5-12 01:37
标题: 使用tip4p-ice时如何加入虚原子？
各位好：
我现在有一个含有水分子g96档，但是水分子并不包含虚原子。
由于我用的力场是tip4p-ice,所以必须加入虚原子
我看手册上写着：只要在结构档里，其中一个水分子内手动加入MW原子，并将其座标设置 0 0 0
进行一次energy minimized 后，就会gromacs就会自动加入所有的虚原子
可是当我实际操作，执行grompp时，会出现fatal error：topology内的原子数量与结构档并不相同

我觉得出现这错误很正常，毕竟tip4p-ice.itp内一个水分子是4颗原子，而我现有的g96档只有3颗
请问究竟该如何加入虚原子呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2018-5-12 03:58
执行此命令在HW2位置处增加虚原子MW，虽然位置不合理但经过优化即可解决：
cat prod.gro |awk '{print $0; if($2=="HW2")printf("%8s     MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",$1,$3,$4,$5,$6)}' > b.gro
此处prod.gro是之前三点水模型模拟后的gro文件
作者
Author: wasngsimin    时间: 2019-3-4 16:40
sobereva 发表于 2018-5-12 03:58
执行此命令在HW2位置处增加虚原子MW，虽然位置不合理但经过优化即可解决：
cat prod.gro |awk '{print $0 ...

sob老师，您说的“优化”怎么操作呢？
作者
Author: wasngsimin    时间: 2019-3-4 16:40
wasngsimin 发表于 2019-3-4 16:40
sob老师，您说的“优化”怎么操作呢？

能量最小化吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2019-3-5 00:56
wasngsimin 发表于 2019-3-4 16:40
能量最小化吗？

是
作者
Author: xjp1127721434    时间: 2021-3-11 20:32
sobereva 发表于 2018-5-12 03:58
执行此命令在HW2位置处增加虚原子MW，虽然位置不合理但经过优化即可解决：
cat prod.gro |awk '{print $0 ...

请教一下sob老师，在windows下应该怎么运行这个命令呢
作者
Author: lyj714    时间: 2021-3-12 00:01
xjp1127721434 发表于 2021-3-11 20:32
请教一下sob老师，在windows下应该怎么运行这个命令呢

见附件程序
作者
Author: xjp1127721434    时间: 2021-3-12 00:42
lyj714 发表于 2021-3-12 00:01
见附件程序

谢谢老师，非常感谢
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-12 02:01
xjp1127721434 发表于 2021-3-11 20:32
请教一下sob老师，在windows下应该怎么运行这个命令呢

用虚拟机，或者用WSL，或者装个cmder模拟bash环境
强烈推荐装个cmder，这使得windows下面运行linux下的基础命令极为方便
作者
Author: sj12138    时间: 2022-10-3 18:58
sobereva 发表于 2018-5-12 03:58
执行此命令在HW2位置处增加虚原子MW，虽然位置不合理但经过优化即可解决：
cat prod.gro |awk '{print $0 ...

老师您好，我想问一下，使用这个命令之后在原子数大于10000的时候MW就插不进去了，请问这是什么原因那？
作者
Author: 牧生    时间: 2022-10-3 20:15
本帖最后由 牧生 于 2022-10-3 20:24 编辑
sj12138 发表于 2022-10-3 18:58
老师您好，我想问一下，使用这个命令之后在原子数大于10000的时候MW就插不进去了，请问这是什么原因那？

因为数字超过10000以后，HW2和后面的数字连在一起了，所以命令不能识别了。第七楼的附件可以完美解决这个问题。
作者
Author: 五月雨    时间: 2022-10-3 21:39
牧生 发表于 2022-10-3 20:15
因为数字超过10000以后，HW2和后面的数字连在一起了，所以命令不能识别了。第七楼的附件可以完美解决这个 ...

请问老师，我想使用TraPPE力场下N2/O2模型，虚原子应该如何添加呢
作者
Author: 牧生    时间: 2022-10-3 21:49
本帖最后由 牧生 于 2022-10-3 22:04 编辑
五月雨 发表于 2022-10-3 21:39
请问老师，我想使用TraPPE力场下N2/O2模型，虚原子应该如何添加呢

7楼的附件极为好用，专给三点水模型添加虚原子的，转为四点水，与客体分子无关。
作者
Author: sj12138    时间: 2022-10-4 15:23
牧生 发表于 2022-10-3 20:15
因为数字超过10000以后，HW2和后面的数字连在一起了，所以命令不能识别了。第七楼的附件可以完美解决这个 ...

感谢前辈，这个程序是不是统计原子有问题。。我数了一下他提示的原子数和实际文件中的原子数不一样
作者
Author: 牧生    时间: 2022-10-4 15:45
sj12138 发表于 2022-10-4 15:23
感谢前辈，这个程序是不是统计原子有问题。。我数了一下他提示的原子数和实际文件中的原子数不一样

对于仅有水分子的体系，转为四点水模型以后，原子总数量就是对的。

如果含有其他的分子，那么转化后的原子总数量就不对，需要手动改。
在三点水模型的基础上，有多少个水分子，就加多少个虚原子，其总和就是四点水模型的总原子数量了。
作者
Author: sj12138    时间: 2022-10-10 16:38
牧生 发表于 2022-10-4 15:45
对于仅有水分子的体系，转为四点水模型以后，原子总数量就是对的。

如果含有其他的分子，那么转化后的 ...

嗯嗯十分感谢



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