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标题: molclus安装及使用问题求助 [打印本页]
作者Author: 万卷书万里路 时间: 2018-5-13 09:44
标题: molclus安装及使用问题求助
按照老师的两篇博文（molclus和genmer的那俩）尝试了好几次，windows下要么不运行闪退，要么运行然后报错。molclus也没有输出任何输出文件。
使用的文件是运行genmer程序产生的traj.xyz文件。
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(, 下载次数 Times of downloads: 4)
genmer程序的setting.ini信息：
20 // The number of configurations of the cluster to be generated
0.1 // Step size to grow monomer from cluster center, larger value leads tofaster calculation but lower accuracy
0 // 0: Don't shuffle the sequence of molecular types 1: shuffle the sequence
1 // 0: Use CSD covalent radii to detect proper contacts 1: Use Bondi vdW radii
---- Below are the number and .xyz file ofeach type of molecule ----1
1
examples\dopamine.xyz
30
examples\H2O.xyz
用的都是examples文件夹里的文件。
问题1：
版本molclus_1.4_Win
程序路径E:\mine\molclus_1.4_Win\molclus_1.4.2_Win\molclus.exe
错误情况：双击后闪退，程序没有运行迹象
setting.ini 内容：
isys= 1 // =1: Windows =2: Linux/MacOS
iprog= 2 // =1: Gaussian =2:MOPAC2012/2016 =3: ORCA =4: xtb
ngeom= 0 // =0: Process all geometries in traj.xyz =n: Only consider the first n geometries =n,m: Process from the nth to mth geometries
ieneonly= 0 // =1: Only evaluate single pointenergy from each geometry =0: Performoptimization (frequency analysis keyword can also be presented together)
distmax= 999 // If the distance between any two atoms islarger than this (Angstrom), the geometry will be skipped
ipause= 0 // =1: Pause if optimization didn't converge (For Gaussian andORCA) =2: Always pause after eachcycle =0: Don't pause
ibkout= 0 // =0: Don't backup =1: Backup all output files =2: Only backupsuccessful output files =3: Only backup failed output files
--- Below for Gaussian ---
gaussian_path="E:\g09\g09.exe"
igaucontinue= 0 // =1: If optimization failed due to exceededthe number of steps, continue to optimize the last geometry usingtemplate2.gjf =0: Don't continue
energyterm= HF= // The keyword for extracting energy termfrom archive part of gau.out, e.g. "HF=", "MP2="
ibkchk= 0 // The same as ibkout, but for .chk file
（我觉得电脑里没有那几个程序，就把剩下的for其他程序的几行删掉了）
Gaussian路径：E:\g09\g09.exe
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问题2：仍然是闪退，不运行
我设置了Gaussian的环境变量，将setting.ini里的Gaussian路径写成
gaussian_path=" g09 "
其他没变，同问题1。
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问题3：程序运行，弹出运行界面，但是报错。
改动信息:
setting.ini内容：
isys= 1 // =1: Windows =2: Linux/MacOS
iprog= 2 // =1: Gaussian =2:MOPAC2012/2016 =3: ORCA =4: xtb
ngeom= 0 // =0: Process all geometries in traj.xyz =n: Only consider the first n geometries =n,m: Process from the nth to mth geometries
ieneonly= 0 // =1: Only evaluate single pointenergy from each geometry =0: Performoptimization (frequency analysis keyword can also be presented together)
distmax= 999 // If the distance between any two atoms islarger than this (Angstrom), the geometry will be skipped
ipause= 0 // =1: Pause if optimization didn't converge (For Gaussian andORCA) =2: Always pause after eachcycle =0: Don't pause
ibkout= 0 // =0: Don't backup =1: Backup all output files =2: Only backupsuccessful output files =3: Only backup failed output files
--- Below for Gaussian ---
gaussian_path= "g09"
igaucontinue= 0 // =1: If optimization failed due to exceededthe number of steps, continue to optimize the last geometry usingtemplate2.gjf =0: Don't continue
energyterm= HF= // The keyword for extracting energy termfrom archive part of gau.out, e.g. "HF=", "MP2="
ibkchk= 0 // The same as ibkout, but for .chk file
---Below for ORCA ---
orca_path="D:\study\orca\orca.exe"
ibktrj=0 // =1: After each cycle backup .trjfile as .xyz file with step number in the name =0: Don't backup
mpioption=none // Special MPI option for runningORCA in parallel mode. e.g. --allow-run-as-root. If no option is needed, mustset this option to "none"
---Below for MOPAC ---
mopac_path="C:\Program Files\MOPAC\MOPAC2016.exe"
---Below for xtb ---
xtb_path="/sob/xtb/xtb"
xtb_arg="-chrg 0 -uhf 0" // Additionalargument for xtb （don't write such as "-opt""-sp" into it）
(并且恢复了原来setting.ini的后半段信息)
molclus程序报错信息：
molclus: A portable program for searchingcluster configurations and molecular conformations
Version 1.4.2 (Full ver.), release date:2018-May-10
Developed by Tian Lu, contact:sobereva@sina.com
Allgeometries in traj.xyz will be proceeded
Clean old files
Running: del *.out *.arc
找不到 E:\mine\molclus_1.4_Win\molclus_1.4.2_Win\*.out
All .out and .arc files in current folder havebeen cleaned
*** Configuration 1 ***
Current date: 2018-05-12 Time: 15:13:37
Loading geometry 1 from traj.xyz
Checking geometry...
Generating MOPAC.mop...
Running MOPAC: "C:\ProgramFiles\MOPAC\MOPAC2016.exe" MOPAC.mop
'C:\Program'不是内部或外部命令，也不是可运行的程序
或批处理文件。
Cannot found MOPAC.arc, the task maybe failed
Wallclock time elapsed in this cycle: 0s
*** Configuration 2 ***
…
*** Configuration 20 ***
All tasks running finished!
Allcalculations totally took up wall clock time about 0s
Press ENTER to exit
产生了isomers.xyz，但是是空文件，0kB
疑惑：
总算运行了，但是不知道为什么会调用MOPAC这一行，我电脑没有安装MOPAC，是不是这个程序只调用在C盘的程序？
然后我把Gaussian重新安在C盘根目录下，重新设置环境变量啥的，又重复以上，还是报错，一样的信息。
问题4：windows版的不能用，我想再试下linux版的，
下载安装了linux的试用版，由于原子数有限制，就用了examples文件夹里的例子，H2O的那个，运行了，但是几个输出文件里也是有错，还不太清楚linux版本计算的是不是对的结果···
我把linux版本产生的文件传上来了，请各位老师指点~
(, 下载次数 Times of downloads: 12)
谢谢老师！
作者Author: sobereva 时间: 2018-5-13 19:29
1 settings.ini里需要改什么就改什么，别删除其它的
2 正如《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577）所说，GAUSS_EXEDIR设的是g09.exe或g16.exe所在目录，而不是这个可执行文件的路径
3 你把iprog设成了2，对应MOPAC，机子里又没装MOPAC，显然运行不了
4 几何优化都没收敛。水团簇体系显然不能用B3LYP优化，至少也得带D3校正。注意参考http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html文中处理水四聚体情况用的关键词。
作者Author: 万卷书万里路 时间: 2018-5-14 10:46
谢谢老师！
我把windows下的文件按要求改了，1,2,3，4项都改好了，然后运行molclus,也是闪退，但是这次产生了一个gau.gjf,我查了下电脑，发现Gaussian没有在运行。产生的isomer.xyz文件还是0KB。
应该是还没调用gaussian？还是其他的问题？
谢谢~
作者Author: sobereva 时间: 2018-5-14 12:57
先进入cmd（windows的命令行环境），执行molclus，这样出错时候不会自动关闭窗口。把此时的截图发上来，从提示上通常能找到原因
作者Author: 万卷书万里路 时间: 2018-5-14 21:41
好的，谢谢老师~
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作者Author: sobereva 时间: 2018-5-15 06:50
file not found那一句提示了，settings.ini不在当前目录
作者Author: 万卷书万里路 时间: 2018-5-16 10:02
嗯，谢谢老师~
他指的当前目录不是molclus程序所在的目录吗，setting.ini等文件都在，感觉报错指的目录是C:\Users\666666\
我就把所有相关文件复制到这个目录下了，还是一步一步提示出错
麻烦老师了~
作者Author: sobereva 时间: 2018-5-16 18:00
1、2：当前目录没有traj.xyz
3：template.gjf不在当前目录
5、6 没有正确安装Gaussian
当前目录是指的你当前提示符所对应的目录，即C:\Users\666666。尽量别把程序放到中文路径下，否则容易出现奇怪现象。
作者Author: 万卷书万里路 时间: 2018-5-23 09:52
谢谢老师！
我试了好多次还是不行，所有文件已经放到当前目录下了，问您一下，5,6没有正确安装Gaussian,也不提示下哪里错了吗，我重新安了一遍也不行。
之后我又换了linux的版本去试，结果也是出错
./molclus: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ./molclus)
请问老师这又是什么意思？
作者Author: sobereva 时间: 2018-5-23 18:33
你把settings.ini里的gaussian_path设为实际g09.exe或g16.exe的路径。
你的系统太老，比我编译molclus用的CentOS 7老。如果你不方便更新系统，联系我，我可以给你CentOS 6下编译的molclus
作者Author: 欢乐多 时间: 2019-8-4 18:17
老师，Linux的molclus装上不能运行，这是哪问题？
作者Author: sobereva 时间: 2019-8-5 01:55
输入./molclus
一个可执行文件如果不在$PATH环境变量所定义的目录中，就得明确输入路径，这是Linux常识
作者Author: xiaolinyang 时间: 2019-10-18 22:15
老师：您好，这样子是不是就算是安装好molclus 了的呢？@sobereva
作者Author: sobereva 时间: 2019-10-19 08:31
是
作者Author: xiaolinyang 时间: 2019-10-19 19:11
好的 谢谢老师。
作者Author: ncepu-stt 时间: 2023-12-4 20:52
您好。请问右边图片中的输入文件是哪个文件呢？
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