计算化学公社

标题: gromacs2018gpu加速效果测试 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2018-5-13 13:00
标题: gromacs2018gpu加速效果测试
各位好，

组里最近买了台服务器，配置如下：E5-2686v4 两颗，GTX1080Ti一颗
在gromacs2018版本下10nmx10nmx10nm的水格子跑300ps，2fs步长，1.2nm的截断半径
未编译gpu的情况下用时大约13min30秒，编译gpu的情况下大约5min40秒，速度大约提升了一半。
供大家参考。

作者
Author: qchem 时间: 2018-5-13 20:48
不错，Gaussian在1080上好像就跑不起来

作者
Author: ulosggs 时间: 2018-5-13 20:54
本帖最后由 ulosggs 于 2018-5-13 20:56 编辑

qchem 发表于 2018-5-13 20:48
不错，Gaussian在1080上好像就跑不起来
只支持老古董k40,k80

作者
Author: qchem 时间: 2018-5-13 21:02

ulosggs 发表于 2018-5-13 20:54
qchem 发表于 2018-5-13 20:48
不错，Gaussian在1080上好像就跑不起来
只支持老古董k40,k80

新版可以上P100的。可能问题是这个游戏卡没双精度吧

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-6-24 10:29
请问下，如果使用1080TI和GROMACS18版本跑MD，cpu大概需要多少个核就够了？如果想再提升速度，有必要上两个1080ti么？还是更高端一点的GPU？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-24 12:18

苏玖染发表于 2018-6-24 10:29
请问下，如果使用1080TI和GROMACS18版本跑MD，cpu大概需要多少个核就够了？如果想再提升速度，有必要上两个 ...

建议不低于6核
目前没有性价比靠谱的比1080Ti更高端的GPU可以选

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-6-24 13:05

sobereva 发表于 2018-6-24 12:18
建议不低于6核
目前没有性价比靠谱的比1080Ti更高端的GPU可以选

谢谢sob老师，i7-8700k可以吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-24 13:24

苏玖染发表于 2018-6-24 13:05
谢谢sob老师，i7-8700k可以吧？

可

作者
Author: tomwong4253 时间: 2018-6-28 13:43

苏玖染发表于 2018-6-24 13:05
谢谢sob老师，i7-8700k可以吧？

要用8700K的话可以考虑搭配Z370的板子来一发超频，到4.8G甚至5G，会有飞起的感觉

不过注意散热。

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