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标题: ICSS计算坐标问题 [打印本页]

作者
Author: YID2017 时间: 2018-5-15 03:12
标题: ICSS计算坐标问题
按照sobereva大博士的博文http://sobereva.com/216 对一个双稠环分子进行ICSS计算，使用最新发布的3.5版本。
计算结果和预想的差不多，五元环和六元环有明显的芳香性差别，但是屏蔽区域和分子的位置明显偏移，请问是不是中间的坐标设置操作错了？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-15 07:04
应该是Gaussian自动把结构调整到标准朝向，导致ICSS等值面和你载入的结构朝向不符（始终用nosymm可以避免，见《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》http://sobereva.com/297）
鉴于你已经算完了，就用gview随便载入一个ICSS的输出文件，再保存成比如.pdb文件，此时pdb文件里的结构和ICSS格点数据应当是对应的。可以把ICSS导出成cube文件，和这个pdb一起放到VMD里显示

作者
Author: YID2017 时间: 2018-5-16 12:13
谢谢sobereva大博士！按照您说的第一个方法，加nosymm已解决问题！
在尝试您第二个方法的时候，gview无法打开运算ICSS后的out文件，是不是我对输出文件的理解有误？非常感谢您的帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-16 18:02

YID2017 发表于 2018-5-16 12:13
谢谢sobereva大博士！按照您说的第一个方法，加nosymm已解决问题！
在尝试您第二个方法的时候，gview无法 ...

应该可以打开。有可能是因为Bq原子太多，gview打开时卡住了

作者
Author: YID2017 时间: 2018-5-18 13:21
哈哈，大博士料事如神啊，我的gview就是卡死了

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