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标题: 对molclus程序中isostat排序后的波尔兹曼分布问题 [打印本页]

作者
Author: 怡哈哈哈 时间: 2018-5-15 12:05
标题: 对molclus程序中isostat排序后的波尔兹曼分布问题
老师好！在使用molclus中的isostat对所得构象根据能量进行排序时，因为排序的速度太慢了，所以可以将1001个构象分成两次排序，再分别取两次排序后的前20个构象重新排列吗？这样得到的玻尔兹曼分布会不会不一样？根据玻尔兹曼分布公式我觉得应该是可行的，但今天算出来只有第一个构象占有100%比例，其余构象没有比例。

作者
Author: 怡哈哈哈 时间: 2018-5-15 15:53
而且老师，对使用molclus调用xtb计算单点得到的isomers.xyz文件，在windows上使用molclus自带工具isostat排序比在linux中快许多，这是为什么？但是windows中isostat载入的文件又不能太大，载入1000个构象就会直接弹出来，不能正常排序。是因为内存不够吗？还是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-15 20:06
可以。原理上会有不同，但实际中应该不会有明显不同
一看能量差就知道怎么回事，也可以根据此表格自己计算
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-15 20:07

怡哈哈哈发表于 2018-5-15 15:53
而且老师，对使用molclus调用xtb计算单点得到的isomers.xyz文件，在windows上使用molclus自带工具isostat排 ...

我不清楚“弹出来”是怎么回事。如果体系巨大，不排除这种情况。在命令行下运行，看报什么错就知道了。
linux版慢可能是当初编译时用的参数和windows版不同所致。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-15 20:21
你可以试试这个linux版看速度如何，重新用ifort -O2编译的
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作者
Author: 怡哈哈哈 时间: 2018-5-15 20:23
嗯嗯，在windows命令行里试了，说是虚拟内存不足。那请问老师，有排序快一点的方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-15 20:28

怡哈哈哈发表于 2018-5-15 20:23
嗯嗯，在windows命令行里试了，说是虚拟内存不足。那请问老师，有排序快一点的方法吗？

目前没时间改算法

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-15 20:35
这是Windows 64bit版isostat，可以载入更大体系/更多帧
(, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: 怡哈哈哈 时间: 2018-5-15 20:35
哦哦好的，谢谢老师了

作者
Author: 怡哈哈哈 时间: 2018-5-15 20:50

sobereva 发表于 2018-5-15 20:35
这是Windows 64bit版isostat，可以载入更大体系/更多帧

非常感谢sob老师！

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