<?xml version="1.0" encoding="gbk"?>
<rss version="2.0">
  <channel>
    <title>计算化学公社 - 分子模拟 (Molecular Modeling)</title>
    <link>http://bbs.keinsci.com/forum-104-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 分子模拟 (Molecular Modeling)</description>
    <copyright>Copyright(C) 计算化学公社</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Fri, 24 Apr 2026 03:05:33 +0000</lastBuildDate>
    <ttl>60</ttl>
    <image>
      <url>http://bbs.keinsci.com/static/image/common/logo_88_31.gif</url>
      <title>计算化学公社</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/</link>
    </image>
    <item>
      <title>关于MS绘制模型图的问题</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59082-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想请教sob老师和各位，如图a的模型图是如何绘制的，可否使用Multiwfn去做这种类型的图，如何去实现？]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>wanzongliang</author>
      <pubDate>Fri, 24 Apr 2026 02:05:16 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>跑MD指定GPU出现问题</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59074-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位老师好，服务器有两个GPU，在跑MD时输入命令nohup gmx mdrun -s md.tpr -deffnm md_0_10 -v -pin on -ntmpi 1 -ntomp 30 -pme gpu -nb gpu -gpu_id 1 &amp;指定GPU1，但是任务之后检查发现任务在GPU0，情况为下图，请问这是为什么呀？怎么解决？]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>lmtt</author>
      <pubDate>Thu, 23 Apr 2026 13:27:47 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：模拟流动加速腐蚀，模拟结果与预期结果相反</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59071-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[LAMMPS模拟Fe / 液态 LBE（Pb-Bi 共晶体）界面处的腐蚀/互扩散，并比较静态 LBE和流动 LBE条件下的行为。
模型设置：
下部：固态铁；
上部：液态铅铋合金（Pb/Bi）；
界面法线方向：z；
液态铅铋合金上方留有真空层
；原子间势：EAM/alloy；
边界条件：P P P；[/ ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>wzl252825</author>
      <pubDate>Thu, 23 Apr 2026 11:27:26 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助混合磷脂膜模拟，eq与prod的区别</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59065-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[根据分子动力学与GROMACS培训班中，sob老师提供的mdp文件，eq中Pcoupl     = Berendsen，prod中[/backcolor]Pcoupl     = parrinello-rahman。看到公社其他帖子说“还没平衡是别用PR压浴，用berendsen”（[/backcolor]求助：对体系控压的时候盒子变得越来越大、分子跑得 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>lele123</author>
      <pubDate>Thu, 23 Apr 2026 06:03:58 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Gaussian计算的电荷结果替换CGenff生成的小分子配体电荷参数时，是否要加入SMD条件？</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59064-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我想学习并复现PNAS 2024 年文章 Entropy drives the ligand recognition in G protein-coupled receptor subtypes，https://doi.org/10.1073/pnas.2401091121[/backcolor]中关于量化计算和MD的部分，在他们MD方法中写明，配体电荷使用 Gaussian16，在 B3LYP-GD3 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>yifangye</author>
      <pubDate>Thu, 23 Apr 2026 03:56:52 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助水合物生长过程模拟晶种却分解是哪里出问题了？</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59060-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[本人建立如图所示的模型进行二氧化碳水合物在氯化钠溶液中生长过程的模拟，模型结构大致为：
    二氧化碳/氯化钠溶液/二氧化碳水合物晶种（3*3*2）/氯化钠溶液/二氧化碳
选择的水分子模型为tip4p/ice，二氧化碳采用EPM2模型，离子采用Madrid-2019 ，具体设置放在压缩 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>Jennifer777</author>
      <pubDate>Wed, 22 Apr 2026 15:46:34 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>MS对硅铝比50的分子筛做几何优化失败求助</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59056-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我计划研究不同硅铝比分子筛的BTX吸附扩散情况，主要任务有两个：1.计算BTX在分子筛的相对扩散系数；2.计算BTX在分子筛上的吸附能
据文献所述，需要先进行几何优化。

如上图，我参考“基于MTA的关键中间体在HZSM-5中的吸附扩散行为模拟_戴明志”这篇论文对我自己构 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>Hurono</author>
      <pubDate>Wed, 22 Apr 2026 09:55:28 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Onescience软件提供大量算力@寻求课题合作者</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59051-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[大家好，中科曙光开发科研软件Onescience。我是材料领域的开发者小徐。
     软件开发完需要推广、需要案例，也需要各个领域完成项目验证。

     我想征集2-3位合作者，对材料领域模型有需求，比如mace、uma等。我们一起完成你的课题。       如果有生信、cfd ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>1843876941</author>
      <pubDate>Wed, 22 Apr 2026 08:15:37 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>在进行分子动力学模拟前，需要对配体进行优化吗</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59050-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位老师大家好，

请教一个分子动力学前配体处理的问题：

做分子动力学 + MMPBSA时，配体是否需要用Gaussian做几何优化？

我的配体大约有120个原子，在pubchem上暂未找到结构

是不是得用优化后的结构来与蛋白进行分子对接，得到complex结构后再跑分子动力学 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>wqm</author>
      <pubDate>Wed, 22 Apr 2026 07:34:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Material studio计算甲烷在COF上等温吸附线与实验不匹配</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59049-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我使用Material studio计算甲烷分子在COF上等温吸附线和实验无法匹配，这是我的设置，截断半径我设置的为7.5A，实验结果在标准大气压下为9cm3/g STP，模拟结果为13左右，我想问一下该怎么改进一下呢]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>want</author>
      <pubDate>Wed, 22 Apr 2026 06:49:58 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请教GROMACS结合gmx_MMPBSA程序算结合能模拟时长要多长</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59044-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我看论文《Assessing the Performance of the MM/PBSA and MM/GBSA Methods. 1. The Accuracy of Binding Free Energy Calculations Based on Molecular Dynamics Simulations》
J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69–82
里面关于模拟时间的内容，文献里的模拟时间都不 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>王涛</author>
      <pubDate>Wed, 22 Apr 2026 03:36:28 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：关于金属铋力场的疑问</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59043-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问金属铋有合适的可以用来跑gromacs的力场吗[/backcolor]]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>Lisy</author>
      <pubDate>Wed, 22 Apr 2026 01:38:30 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GMX做mdrun任务时，遇到GPU利用率低的问题怎么解决</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59042-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这是我查的GPU利用率，这是我的任务脚本]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>2329568177</author>
      <pubDate>Tue, 21 Apr 2026 14:03:58 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>在zif67和18-crown-6溶液模型加入CO2后跑NVT报错LJ势能过大</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59041-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我做了一个把ZIF67和18-crown-6混合的溶液模型（ZIF67用的是AMBER力场，其中Co无法添加力场用的是UFF力场。18-crown-6用的是GAFF力场，均使用Sobtop程序生成itp文件），在跑完能量最小化、NPT、NVT之后，使用gmx editconf -f NVT.gro -o NVTgas.gro -box 8 8 19.5命令扩 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>ZXCZXCZXC</author>
      <pubDate>Tue, 21 Apr 2026 13:46:03 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助资料、思路类，使用GROMACS模拟水溶液透过PTFE膜，探究膜蒸馏过程机理</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59039-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[求助相关文献或博文等资料，或者这个思路是不是不对，应该使用LAMMPS进行模拟，请各位老师指点，谢谢。]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>zl357</author>
      <pubDate>Tue, 21 Apr 2026 13:13:56 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助多分子在分子筛内固定位点的吸附参数计算</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59032-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[多分子在分子筛内竞争吸附到固定的吸附位点的吸附比例，用什么方法来进行模拟研究呢。本人看文献中多采用MS的sorption模块进行吸附等温线、吸附密度分布、吸附能等吸附参数的计算。我想具体到吸附活性位点要如何探究呢。可以不用MS进行研究吗，感觉计算有点冗杂呢]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>fzmnjdtnl</author>
      <pubDate>Tue, 21 Apr 2026 08:23:25 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>用GROMACS模拟纳滤膜脱盐，为何Na+和Cl-始终无法透过呢</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59028-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问各位老师，我目前正尝试用分子动力学模拟研究一个纳滤膜脱盐的过程。我模拟了聚酰胺（PA）膜在高压下对NaCl溶液的脱盐过程，但遇到了问题。我使用sobtop建立itp文件，参数是通过bond和angle参数基于Hessian得到，其它部分用GAFF的设置盒子尺寸约5.54×5.65×28（含 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>jiushizhege</author>
      <pubDate>Tue, 21 Apr 2026 05:02:29 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助研究短肽与生物膜的相互作用的两个方案的选择</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59020-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[求助&#10071;我想研究肽与生物膜的相互作用，有两个方案不知道选哪个好（短肽）
1.先分别做单肽和膜的平衡，然后将几个肽放到膜表面最后做MD模拟
2.先在盒子里放几个肽，让短肽自组装，平衡后在放到膜表面做MD模拟

最后在做一个伞形采样，让肽穿模做分析]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>2329568177</author>
      <pubDate>Mon, 20 Apr 2026 13:20:32 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>怎样处理对共价对接后的复合物在有机溶剂做MD模拟中蛋白质电荷不为0的问题</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59019-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[本人做的是含有非标准氨基酸的但蛋白质的分子动力学模拟（方法参考的是Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社），所选的溶剂是甲苯溶剂，因为是该蛋白质是酶与酯共价结合形成的酶酰复合物，在网上查 ...]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>greatti</author>
      <pubDate>Mon, 20 Apr 2026 12:50:09 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GROMACS分析氢键时，显示配体(UNK)没有氢键，但对接结果有氢键，是怎么回事？</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-59014-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[GROMACS分析氢键时，显示配体(UNK)没有氢键，但对接结果有氢键，是怎么回事？]]></description>
      <category>分子模拟 (Molecular Modeling)</category>
      <author>zhixinghen</author>
      <pubDate>Mon, 20 Apr 2026 11:39:07 +0000</pubDate>
    </item>
  </channel>
</rss>