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    <title>计算化学公社 - 高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</title>
    <link>http://bbs.keinsci.com/forum-77-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</description>
    <copyright>Copyright(C) 计算化学公社</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Sun, 26 Apr 2026 01:57:15 +0000</lastBuildDate>
    <ttl>60</ttl>
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      <title>计算化学公社</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/</link>
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    <item>
      <title>如何提高服务器并行计算效率</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-58945-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[课题组有一台双路共96核256G内存的服务器，平时主要跑高斯、ORCA计算，未联网。
问题：平时组内提交任务都是用U盘拷过去直接在终端提交，经常占满甚至超过物理核心数。请问这样是否会影响计算效率甚至导致任务报错？需不需要搞个排队调度？]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>Xander</author>
      <pubDate>Tue, 14 Apr 2026 09:26:08 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：cpu是Gold 5218 能买4个V100 做VASP的GPU计算平台嘛？</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-58925-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[Sob老师，各位老师：
    大家晚上好！前不久向大家请教的购买服务器的问题已经解决了。服务器正在装配中。我前几天又从实验室另外一个老师哪里淘到了他退休的服务器。配置如下：1）CPU:XEON GOLD 5218  2颗，2）内存：32G * 4 = 128 G，3）主板：X11DAi-N。主板上面有 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>guyingbing</author>
      <pubDate>Sun, 12 Apr 2026 10:57:26 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Autodock 通过PipePool并行加速的方法</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-57975-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[Autodock 在需要对接的分子非常多的时候，单台机器算力不够，可以有很多方法进行并行。

说在最前面，我感觉这种蒙特卡洛算法的东西不要搞特别多的线程，从费效的角度来看8核就挺好。

有很多方式去并行，比如传统超算用slurm，所有公有云的batch批量计算。本地可以 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>PipePool</author>
      <pubDate>Thu, 22 Jan 2026 13:15:35 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请教各位老师理想的新材料/MD方向AI计算环境配置</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-57661-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位公社的大佬、老师们好：我是化学本科出身，以前毕设跟老师做过一点简单的DFT计算（主要是Gaussian），后来转行去了某GPU算力平台做类产品方向，现在负责新材料/化学方向的业务支持。
虽然我们手里有不少GPU/CPU资源，但我知道“有机器”和“能做科研”是两码事。特 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>谷鸽SD</author>
      <pubDate>Tue, 30 Dec 2025 14:16:03 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>改进V100速度直逼H100！论软硬件全栈调优对科学计算的意义</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-57431-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[改进V100速度直逼H100！论软硬件全栈调优对科学计算的意义——Switch to SAI（第一集）Dec-2025 by ENTROPY-YU
如今人们普遍迷信最新的顶级GPU，认为只有它们才能代表极致的性能。然而，对于计算化学、计算物理和计算材料学等科学计算领域，这一逻辑已被打破。笔者对20 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>Entropy.S.I</author>
      <pubDate>Sun, 14 Dec 2025 14:48:29 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问不同的cpu可以组集群吗</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-57252-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[现在做了一个三节点的集群
节点1是2颗8375c     72核
节点2是2颗8375c     72核
节点3是2颗8475b     96核
现在的情况是每个节点单独算 或者节点1节点2一起算都可以
三个节点一起算就会报错  报错信息是第三个节点 KILLED BY SIGNAL: 11 (Segmentation fault)
卖 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>孤忆梦影</author>
      <pubDate>Fri, 05 Dec 2025 10:00:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求教超算租赁推荐</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-55986-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[平时主要用的软件有CP2K、GAUSSIAN，后面应该还会涉及MD的软件。现在赶时间，所以没时间去淘宝上租服务器自己装软件。
请问老师们有推荐的平台吗？]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>白菜</author>
      <pubDate>Thu, 25 Sep 2025 03:28:59 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>SAI的故事 | 散文</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-55926-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[SAI的故事
ENTROPY-YU | Sep-2025
这是科学计算基础设施被LLM“夺舍”之后科研人员中的有志之士通过拾取鲸落进行的“屯粮过冬”运动。
AI的技术栈基于传统HPC和科学计算发展而来，自LLM爆发之后，AI占据了GPU和高速网络的主流需求。由于数值精度以及数据吞吐带宽和延 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>Entropy.S.I</author>
      <pubDate>Mon, 22 Sep 2025 16:24:21 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>低成本超微H11DSI鸡笼子双路服务器解决散热问题的历程</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-55436-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[问题描述：网上多位网友提到超微主板可能存在供电MOS管超温的问题（超过100℃报警降频），本人在使用超微X10-drl-i和H11DSI均遇到过，以前在X10那一代，CPU功耗小，换一个好点的散热器，良好的风道就能解决，但H11DSI上配套的AMD epyc处理器，最大有280W，原装的被动散 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>tangelhero</author>
      <pubDate>Fri, 29 Aug 2025 07:16:36 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Intel OneAPI 2025 编译 VASP 6.4.2 后普通用户无法调用MPI，只有 root 可以运行</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-54819-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这两天遇到很奇葩的事情。我在自己的小工作站上安装了 Rocky Linux 9.6 （之前是 Ubuntu 系统）

安装完 Intel OneAPI 2025 之后，编译 vasp 6.4.2，编译过程很顺畅。但是…… 测试的时候遇到很奇葩的事情，普通用户无法运行 vasp，会报 MPI 相关的错，只有 root 才能 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>乐平</author>
      <pubDate>Wed, 23 Jul 2025 08:50:54 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于slurm脚本调用CPU核数的疑惑</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-54739-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[本人在使用超算算Gaussian，超算中心给的官方slurm脚本是：
“#!/bin/bash
#SBATCH -J g16 #任务名称
#SBATCH -N 1 #节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 #每个节点核心数”
他们把--ntasks-per-node直接定义为调用的CPU核数。我很奇怪为什么没有设置--cpus-per-t ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>121089576</author>
      <pubDate>Tue, 15 Jul 2025 15:22:18 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：CP2K 2025.1的OpenMP并行模式不起作用</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-54123-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这两天更新到了cp2k 2025.1，编译过程一切顺利，但MPI+OpenMP的运行模式中，OpenMP选项不起作用了。
例如96物理核单路工作站，用mpirun -np 48 -x OMP_NUM_THREADS=2 cp2k.psmp h2o.inp | tee h2o.out，本来可以调用全部的96核，但现在只能调用48核。

输出信息显示 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>stishovite</author>
      <pubDate>Mon, 16 Jun 2025 03:34:37 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：每次用sbatch vasp超算提交任务为什么不成功？</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-53819-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[【已解决】各位老师好，我想在学校的超算服务器上提交vasp任务，但是每次用sbatch vasp_提交完任务都没有跑成功，也没有报错文件，之前没有用过超算，所以不太知道怎么调整脚本，请各位指点一下，谢谢！]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>heccy</author>
      <pubDate>Thu, 29 May 2025 09:32:53 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>怎么把两台服务器组在一起呢？</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-53716-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[自己DIY了两台服务器80核心160线程，现在分别安装了ESXI运行了Ubuntu系统，主板都有双万兆网口，应该怎么把两个节点组在一起呢？
1、软件：slurm，一个管理节点，一个计算节点
2、两个服务器通过一根网线连接万兆网口，还是使用万兆交换机互联？
3、两个Ubuntu不需要 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>llity</author>
      <pubDate>Thu, 22 May 2025 09:58:36 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：slurm只有一半的核心被调用</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-52788-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位老师好，自建一个hpc小集群，有两个物理节点用于计算，但是最多只能调动一半核心进行计算：

1- 调度和资源分配配置如下：
SchedulerType=sched/backfill
SelectType=select/cons_tres
SelectTypeParameters=CR_CPU_Memory


2- 两个物理节点：
物理节点1 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>thetopConvex</author>
      <pubDate>Thu, 10 Apr 2025 08:28:05 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>RockyLinux10.0单机slurm安装脚本</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-52619-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[本人琢磨过个人单机服务器的slurm安装一段时间，该脚本多次测试成功安装运行，由于是单机脚本故不涉及slurmdbd服务，安装更为简洁方便~

[*]本脚本修改自 github的多Linux发行版的slurm安装脚本 多机多节点的slurm编译务必参考slurm官方文档
[*]脚本的slurm.con ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>南北多歧路</author>
      <pubDate>Wed, 02 Apr 2025 14:07:15 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>玩乐中完成的3套小型HPC，以及一些HPC/AI Infra相关的碎碎念</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-52219-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[近两年以纯玩乐心态捣鼓了不少大大小小的HPC项目，亲自设计和搭建的HPC也有许多套，在此挑选近半年内由我全栈完成的3套小型HPC来写点杂谈，顺便对HPC/AI Infra行业现状发表一些意识流评论。P1-4
我自己所在实验室的GPU集群，共7个计算节点（单节点配置参考去年夏天的贴 ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>Entropy.S.I</author>
      <pubDate>Tue, 18 Mar 2025 01:16:18 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>集群上无sudo权限如何安装商业软件</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-51982-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在某集群上试着自己安装abaqus时提示无ksh，然后在某宝上找了商家给安装成功了，然后我查了下命令历史记录，也没看到有啥特别的命令。
所以这种商业集群上非管理员是怎么安装这类商业软件的吗？]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>Mephisto</author>
      <pubDate>Sat, 08 Mar 2025 03:48:04 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助slurm24使用 rpmbuild 生成rpm包</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-51180-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[环境：centos8.5
目前 mpi

编译方式，这样加 configure参数对不，完整不
rpmbuild 方式，应该--with mpix 合理不，还是要 --with mpi,这些参数要怎么才完整，假设默认编译好 [/backcolor]hwloc，[/backcolor]PMIx[/backcolor]，UCX[/backcolor]，openmpi[/backcolo ...]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>naxiangzi</author>
      <pubDate>Sat, 11 Jan 2025 07:19:24 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>$LD_LIBRARY_PATH值为空</title>
      <link>http://bbs.keinsci.com/thread-51177-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在centos8安装 slurm24, 显示 $LD_LIBRARY_PATH 为空，对单机多核计算或多台并发计算，是否有影响 ， $LD_LIBRARY_PATH 默认是找哪几个目录下的文件]]></description>
      <category>高性能计算、集群、并行技术 (HPC, Cluster, Parallel Computing)</category>
      <author>naxiangzi</author>
      <pubDate>Sat, 11 Jan 2025 06:28:48 +0000</pubDate>
    </item>
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