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[综合交流] 关于统计pdb文件中的H键个数、角度、距离

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楼主
最近看到不少文献都给出了H键的键长分布,键角分布什么的,给出的图1、2,非常直观,我有一个跑完MC的pdb文件,想看看我的液相溶液中的氢键的数目、角度、键长的分布情况,
我将我的MC(蒙特卡洛)结果做了径向分布(=C-H...O),图3,我认为它有很弱的氢键作用,可以吗?还有VMD可以做到统计H键吗?

21.PNG (35.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 102)

图1

图1

22.PNG (22.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 122)

图2

图2

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图3

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发表于 Post on 2014-12-9 23:32:53 | 只看该作者 Only view this author
可以说有弱氢键作用。
图1、2这种统计VMD肯定能做,只不过不一定有现成的脚本,需要根据实际情况来写,写起来也比较容易。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-10 00:07:23 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师的回答。
下次发问一定注意版块。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-10 11:45:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-12-9 23:32
可以说有弱氢键作用。
图1、2这种统计VMD肯定能做,只不过不一定有现成的脚本,需要根据实际情况来写,写 ...

sob老师,忘记问了,有没有脚本模板的资料呢?在论坛里有吗?能推荐一下怎样去学习VMD脚本的编写吗?

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发表于 Post on 2014-12-10 14:24:56 | 只看该作者 Only view this author
首先你得先学一下tcl的基础,VMD的脚本大多都是基于tcl的语言的:http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=157&extra=page%3D1

然后看一下手册,里面有很多VMD内置命令,涉及到原子的选定、操作、查询等,这些在编写脚本中是必须要用的。以后我会专门写个帖子把所有命令总结一下。这个你可以随便参考一下,以前我随便写的笔记,没有整理过: VMD command.txt (18.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 103)

然后再看看一些脚本的例子就明白怎么写了。所有以下帖子都用到了脚本。
显示粒子运动轨迹的VMD脚本
http://sobereva.com/65
VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本
http://sobereva.com/62
计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
http://sobereva.com/54
使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力
http://sobereva.com/36
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14
使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法
http://sobereva.com/117
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177


另外,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX里专门有一节“VMD分析脚本的编写”,里面由浅入深极为全面讲了tcl分析脚本的编写,并给出了好几十个面向不同问题的例子。学一遍之后就能顺利入门并且结合需要编出自己的脚本,这是最好、最快的上手VMD脚本编写的方式,比自己找零七八碎的资料学效率和效果好太多了。
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发表于 Post on 2025-6-8 19:39:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-12-10 14:24
首先你得先学一下tcl的基础,VMD的脚本都是基于tcl的语言的:http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewth ...

sob老师,我想统计一段轨迹里C-F....F键的数量,如果把判断依据设置为F...F的距离d<3.5埃,请问VMD能否通过写tcl脚本实现呢?如果可以的话,我该用什么语句来统计d<3.5埃的C-F....F键呢

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发表于 Post on 2025-6-9 17:25:02 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-6-8 19:39
sob老师,我想统计一段轨迹里C-F....F键的数量,如果把判断依据设置为F...F的距离d

没有现成的选择语句
先循环所有的F,如果确定这个F是与碳相连的,再循环其它F根据距离判断是否与之接触,是的话就累加变量+1

另外,不存在“C-F...F键”这种概念,没有这种键。
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发表于 Post on 2025-6-10 12:00:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-9 17:25
没有现成的选择语句
先循环所有的F,如果确定这个F是与碳相连的,再循环其它F根据距离判断是否与之接触 ...

不好意思sob老师,表达的随意了。是C-F...F-C氟氟相互作用

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