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vmd制作ELF等值面图发现只是分子的平移

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一直在路上

发布时间: 2018-5-25 11:47

正文摘要:

按照http://sobereva.com/200这个教程用VMD制作ELF等值面图，却发现只是把分子进行了类似平移的操作，而不是成键处电子密度大有相应的大的云图，不知道是怎么回事？绿色是制作ELF后的等值面，isoval=1.0

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一直在路上 发表于 Post on 2018-5-25 20:31:03

sobereva 发表于 2018-5-25 18:02
肯定是什么步骤搞错了
如果你是用脚本自动做的图，仔细检查脚本
如果是手动操作作的图，估计载入错了 ...

将VMD重启之后就正常了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2018-5-25 18:02:10

一直在路上发表于 2018-5-25 15:05
也不是电子密度，就是用ELF描述一个化学反应过程，如图：

我就想做这么一个图，描述化学反应过程。但 ...

肯定是什么步骤搞错了
如果你是用脚本自动做的图，仔细检查脚本
如果是手动操作作的图，估计载入错了结构之类
反正肯定是VMD的使用步骤问题，远程不好说清楚

sobereva 发表于 Post on 2018-5-25 11:55:44

记得始终带着nosymm关键词，免得Gaussian自动对体系平移旋转导致不对应

直接对电子密度绘制这样较大isovalue的等值面图基本毫无意义，这里有常识介绍
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239

如果非要用电子密度讨论成键，必须用价层电子密度，看
http://bbs.keinsci.com/thread-6869-1-1.html

电子密度分布和ELF完全是八竿子打不着的两码事。ELF的知识看http://bbs.keinsci.com/thread-2100-1-1.html

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