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过渡态虚频振动与固定优化后振动不同

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发布时间: 2015-4-27 13:57

正文摘要:

如图所示,体系是羟基自由基夺苯甲醇苄基上的H,首先固定优化后做频率分析,只有一个虚频,且振动是H在C和O之间振动,然后读这个结构的chk文件优化过渡态,出来的结果振动完全变了,是只有一个虚频,但虚频的振动方 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2023-3-15 15:51:55
cedar-liu 发表于 2023-3-15 08:22
请问找到问题原因了吗 我遇到了同样的问题

你楼上已经给了解决办法了
cedar-liu 发表于 Post on 2023-3-15 15:22:27
lei234 发表于 2015-4-29 08:48
我现在遇到的问题是,固定优化完只有一个虚频,振动方式也没问题,拿这个结构去过渡态优化,发现结构就变 ...

请问找到问题原因了吗 我遇到了同样的问题
sobereva 发表于 Post on 2015-4-29 17:19:29
lei234 发表于 2015-4-29 08:48
我现在遇到的问题是,固定优化完只有一个虚频,振动方式也没问题,拿这个结构去过渡态优化,发现结构就变 ...

体系不大,先用calcall试试。
而且绝对不要太依赖于固定优化,尝试其它初猜。
lei234 发表于 Post on 2015-4-29 08:48:23
Shannon 发表于 2015-4-28 12:31
分享下个人经验, 和这个几乎完全一样的 过渡态我找过,可能和楼主是同行, 用PM3方法(PM6很多时候找不到 ...

我现在遇到的问题是,固定优化完只有一个虚频,振动方式也没问题,拿这个结构去过渡态优化,发现结构就变了,那个H又跑着和C成键了,好几次都这样,我都快崩溃了
Shannon 发表于 Post on 2015-4-28 12:31:33
分享下个人经验, 和这个几乎完全一样的 过渡态我找过,可能和楼主是同行, 用PM3方法(PM6很多时候找不到过渡态,但pm3 基本上 HF能找到的过渡态都能找到)找到之后 再用高等级点的方法 opt= (Ts,calcfc)直接就能出,几乎不会粗错。

初猜看起来已经非常接近这个反应的过渡态了, 是用什么方法找的过渡态,有的GGA 类的 DFT方法可能找不到过度态的。

如果出现 和内坐标有关的错误的话,改下冗余内坐标。或者接着粗错的地方,让高斯继续算有时也行。

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lei234 发表于 Post on 2015-4-28 08:42:42
sobereva 发表于 2015-4-27 17:15
试图手动修改一下冗余内坐标,特别是消除那些优化过程中会成为直线的键角和二面角,这会引起内坐标错误。

知道了,谢谢~
sobereva 发表于 Post on 2015-4-27 17:15:26
试图手动修改一下冗余内坐标,特别是消除那些优化过程中会成为直线的键角和二面角,这会引起内坐标错误。
lei234 发表于 Post on 2015-4-27 16:40:11
sobereva 发表于 2015-4-27 14:58
应该是你初猜的位置没那么理想,收敛到了其它的过渡态。固定优化本身并不是普适的、非常可靠的帮助找过渡态 ...

固定优化的时候会出现Error in internal coordinate system.已经用了opt=modredundant,不能用cartesian和z-matrixl了,那这个错误应该怎么解决?@sobereva
sobereva 发表于 Post on 2015-4-27 14:58:58
应该是你初猜的位置没那么理想,收敛到了其它的过渡态。固定优化本身并不是普适的、非常可靠的帮助找过渡态初猜的方法。
调整初猜再试吧。

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