诺瓦克 发表于 2021-11-11 14:13
同学可以加个好友，请教一下这个问题吗，我第一步就建了边界，但是跑EM的时候就出现了这个问题

同学请问问题解决了吗，我做的是液相纳米颗粒的体系，也遇到了这个问题。

同学请问问题解决了吗，我做的是液相纳米颗粒的体系，也遇到了这个问题。

Alexander5 发表于 2021-1-4 11:59
既然你问了，那我再详细说一下吧。我分析了一下，我报错的可能的原因是：我建好模型、填充完水之后，先在 ...

同学可以加个好友，请教一下这个问题吗，我第一步就建了边界，但是跑EM的时候就出现了这个问题

Alexander5 发表于 2021-1-4 11:59
既然你问了，那我再详细说一下吧。我分析了一下，我报错的可能的原因是：我建好模型、填充完水之后，先在 ...

你好，请问加wall后，如何对加的墙进行可视化

Alexander5 发表于 2021-1-4 11:59
既然你问了，那我再详细说一下吧。我分析了一下，我报错的可能的原因是：我建好模型、填充完水之后，先在 ...

感谢不吝赐教

木林森 发表于 2021-1-4 11:16
请问这个问题具体怎么解决呢，我也遇到了相同的

既然你问了，那我再详细说一下吧。我分析了一下，我报错的可能的原因是：我建好模型、填充完水之后，先在PBC=xyz的条件下进行能量最小化，然后再扩大盒子，两边留出一点空隙加墙跑接下来的NVT。这样的话，部分处于盒子边界的原子/分子就会因为盒子尺寸加大被分裂开。解决办法是，建好模型之后，在进行所有模拟过程之前就加上墙！个人经验，仅供参考。（顺便提一句，我也喜欢踢球）

Alexander5 发表于 2020-10-23 21:02
没有尝试重新加墙，但问过什么同学之后，大概知道原因是什么了。应该是我第一步EM没加墙，之后再扩大盒子 ...

请问这个问题具体怎么解决呢，我也遇到了相同的

zhaoshu 发表于 2020-10-21 16:01
请问这个问题 解决了吗？ 遇到一样的问题+1

没有尝试重新加墙，但问过什么同学之后，大概知道原因是什么了。应该是我第一步EM没加墙，之后再扩大盒子加墙，这样导致了有原子/分子被分裂开。

Alexander5 发表于 2020-9-27 22:51
请问你这个问题最后解决了吗？怎么解决的？我最近也出现一模一样的问题了

请问这个问题 解决了吗？ 遇到一样的问题+1

请问你这个问题最后解决了吗？怎么解决的？我最近也出现一模一样的问题了

尝试用最新的2018版gmx
之后还不行就用-ntmpi xx尝试使用不同的MPI进程数

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