 |
abdoman 发表于 2018-10-14 21:09 GPU没啥噪音，一般来说这种跑作业的机器找个角落塞进去就够了 |
ChaosChiao 发表于 2018-9-26 17:41 不太确定你说的参数，给个简单的判断：做并行化程度好的计算，看主频乘以核数的乘积，多核且主频高的是最好的，相应的也贵。如果有些不能并行或者并行程度低的计算，直接看主频就好。 |
| 不知道GPU1080的噪音如何？ |
| 2686比之2690和2680如何？ |
granvia 发表于 2018-9-3 13:53 可能服务器内存找16G的相对比较麻烦，也可能商家就是想从你这多hao点。参考上面的回答，建议你先用4×32G或8×16G跑你要做的计算测试性能，来决定怎么配内存。 |
savorw 发表于 2018-9-14 11:12 感谢测试，其实这个双通道or四通道确实还是看计算所用的软件和计算任务。 我自己这边因为是小地方小学校，做计算的全校可能也就我一个，不是以前一个学校一堆课题组，分做QM做MD做其他的计算方向分的那么细致。我们这有时候指不定一个什么别的比如生物信息，大数据之类的计算任务就得用我这台机器，因此我就预先把该有的诸如四通道之类的东西弄好，省得后面麻烦了。公社里有些老师同学如果只从事某一类计算，那么应该按照自己特定的计算任务进行充分测试，来决定是否采用四通道or其它什么天花乱坠的计算设备。。。 |
tomwong4253 发表于 2018-9-3 09:52 个人觉得带宽够大的话，再加也不见得有什么改善了。最近暑期也配了台双路服务器，测下来的结果是本网流传那个一定要加8根内存条并不见得就适用各种软件，甚至于对高斯各版本也不是这样，四通道和双通道有一定差距的主要是G16A03AUX2，对G09E01则相差不大。四通道计算速度并非优于双通道太多，更多可能是一种心理直觉吧。而对lammps这样程序，我们测了基本无差别，lammps主要依测于CPU数目。对于经费不足的话情况，可能双通道也就行了，个人觉得。对于不差钱经费充足，倒是无所谓可以多配些内存。不过就事论事，四通道未必就快很多。 |
tomwong4253 发表于 2018-9-3 09:52 我准备进一套服务器，商家给双路cpu配的是4个32G的内存条，我跟他提起为什么不配8*16G的，他说“现在的内存技术不一样了，带纠错的成对就行。” 你看这么说靠谱吗？ |
savorw 发表于 2018-7-19 12:17 公社里确实没有人测过MD计算中双通道和四通道的影响。我自己主要有两方面考虑：第一是这个机器以后可能会算Gaussian，第二就是我个人理解即使AMBER计算也有2-3G的内存消耗的，内存性能对计算也是有影响的，四通道本身比双通道就是在带宽方面的明显优势，计算速度应该也会优于双通道。 |
tomwong4253 发表于 2018-6-15 22:52 四通道相对双通道对做Amber有明显提升和必要吗？本网那个测试是对用高斯QM计算而言的吧。如果内存带宽够大，双通道的，也能比CPU带宽高了,好象再上四通道也不一定就有计算性能的明显增长。 |
霜晨月 发表于 2018-6-20 16:50 不同amber版本用的优化选项不同 我测的是很老的版本了 比如如果ifort用-O2，gfortran用-O0，那么必然前者吊打后者 反正有ifort尽量用ifort |
| “AMBER核心的pmemd部分有不少fortran代码，据社长等大佬测试，使用Intel编译器编译比使用gnu里的gfortran编译出来的pmemd模拟速度要快。”记得社长大人说的是AMBER14，ifort编译的amber比gfortran编译的快七倍。不过，我最近同时用gnu和intel 2015编译了AMBER18，实测pmemd.cuda两个版本的速度看不出有明显差别。sander和MPI版没测。仅供参考。 |
tomwong4253 发表于 2018-6-18 13:34 谢谢啦！ |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2024-11-23 15:08 , Processed in 0.221451 second(s), 33 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites