团簇分析思路求助

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发布时间: 2018-6-19 10:01

如图所示，棕色的是铜离子，绿色的是氯离子，我想分析铜离子、氯离子形成的团簇结果，设想的统计结果类似为：在这一帧中，Cu3Cl7有x个、Cu2Cl4有y个等等。目前的思路是设置Cu-Cu的cutoff1（比如4埃），如果Cu1-C ...

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sun666 发表于 Post on 2021-10-14 09:53:46

你好您是分别加入的Cu2+与CL-吗。会自发的形成不同的物种这样吗。

sobereva 发表于 Post on 2018-6-19 11:54:51

就定义一个Cu-Cu成键距离阈值，以及Cu-Cl成键距离阈值，只要有哪些原子能被这个规则连到一起，就作为一个簇。
用VMD的tcl写也行，自己写C/Fortran代码读取gmx的轨迹也行

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