请问这个问题你解决了吗？怎么处理的，我也想学习一下

拙朴 发表于 2018-7-3 15:57
您好，能否指导一下如何在opt+freq优化过程中取出看着比较顺眼的结构或者坐标，这个我还不会？您能否详细 ...

先把recalc/calcall和隐式溶剂模型用了再说别的

sobereva 发表于 2018-7-2 22:01
可能性：
1 计算级别不合理，导致当前级别下势能面和实际相差较大。至于隐式溶剂模型，只要是溶液中的情况 ...

谢谢Sob老师指导，用的是opt=(calcfc,ts,maxcycle=500,noeigen) freq b3lyp/6-31+g(d,p) iop(1/8=2)，没有考虑隐式溶剂模型。用柔性扫描获得的过渡态初猜结构。

h840473807 发表于 2018-7-2 20:23
TS方法默认的calcfc选项只有第一步用的是精确的力矩阵，之后都是估算的力矩阵，所以跑着跑着跑偏了是很常见 ...

您好，能否指导一下如何在opt+freq优化过程中取出看着比较顺眼的结构或者坐标，这个我还不会？您能否详细指导一下？

可能性：
1 计算级别不合理，导致当前级别下势能面和实际相差较大。至于隐式溶剂模型，只要是溶液中的情况都尽量在优化过程中就考虑，特别是当前这种带显著局部电荷的
2 初猜结构不合理。考虑其它初猜结构，或者借助柔性扫描等技巧确定合适的初猜。有已知类似反应的报道参考别人已经优化出的过渡态结构
3 优化过程中Hessian矩阵太糙，考虑recalc关键词，详见
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
或者步长上限太大，可尝试改小步长上限
4 实际中根本就不存在你期望的过渡态

TS方法默认的calcfc选项只有第一步用的是精确的力矩阵，之后都是估算的力矩阵，所以跑着跑着跑偏了是很常见的现象。这时候可以取出优化过程中看着比较顺眼（根据直觉判断可能接近过渡态）的结构重新建立一个输入文件计算（也可以先把这个结构做个freq，如果主要虚频的振动形式确实对应反应坐标，再用此结构优化，可以读取freq文件的波函数和力矩阵，所以并不增加耗时，我一般采用此法）。如果几次用此法都跑偏到别的结构了，再考虑是否是没有加隐式溶剂模型导致该势能面下不存在这样的过渡态。