计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 在模拟表面张力时将coulombtype设置成PME形式，出现这种 ...

在模拟表面张力时将coulombtype设置成PME形式，出现这种错误

查看数: 12734 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

shanxitaiyuan

发布时间: 2018-8-5 19:14

正文摘要:

在模拟表面张力时最小化中的coulombtype设成PME就出现下面的错误，设置成反应场就不会有这样的错误，我使用的时ammber力场，mdp文件应该怎么改才可以使用PME

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2018-8-7 04:38:59

shanxitaiyuan 发表于 2018-8-6 16:39
出现这种警告后是不能继续运行的，而且之前在mdp文件静电作用使用的是反应场，您说使用PME来算是最好的

加上-maxwarn 5直接忽略

shanxitaiyuan 发表于 Post on 2018-8-6 16:39:44

出现这种警告后是不能继续运行的，而且之前在mdp文件静电作用使用的是反应场，您说使用PME来算是最好的

sobereva 发表于 Post on 2018-8-6 05:40:48

这是警告，不是错误
当前警告并不影响你的正常运行。警告的意思是你当前体系里原子电荷都为0，实际上本来就不需要计算静电相互作用，从时用PME方式来计算更是很浪费时间，所以可以用更便宜的cutoff方式来名义上计算静电相互作用
如果你的体系中原子电荷其实并不应当都为0，那么这也暗示了你的拓扑文件在设定原子电荷的地方可能存在明显错误

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register