楼主好，我最近用到这个程序，但是出现了报错。我看了一下，应该是初始的构象读取出错了，所有原子都在一个位置。但是我看了freqinHP文件是没有问题的，所有的路径应该也是对的不知道哪里出问题了

Accelerator 发表于 2019-3-21 13:29
抱歉才看到，网盘链接已经在ls更新

您好  请问现在有安装包嘛？求！

Accelerator 发表于 2023-3-30 22:09
只需一个。初始速度和初始结构是自动生成的

十分感谢您的回复，理解了。
还有一个问题，我尝试您的算例跑动力学，但是发现总是报错，看了log文件的输出信息，发现内存不够:
Out-of-memory error in routine RdGeom-AllZAt (IEnd=      21250090 MxCore=      20000000)
Use %mem=23MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /data/home/baoly/soft/g16/l101.exe at Mon Apr 10 20:09:43 2023.

而且命令行:
%nproc=1
Will use up to    1 processors via shared memory.
%mem=20000000，
这与progdyn.conf文件所设置的内存数和核数不一致，不知道是哪里出现的问题，想向您请教。
[网盘链接：https://pan.baidu.com/s/17_3u5n1NzAG_qpXc1UAeqA  提取码：i43t]

baobaoxiaoqizi 发表于 2023-3-30 20:19
想请教一下，初始的freqinHP频率文件是只包含了一个结构吗？还是要先给过渡态不同的初始速度，生成多个起始 ...

只需一个。初始速度和初始结构是自动生成的

想请教一下，初始的freqinHP频率文件是只包含了一个结构吗？还是要先给过渡态不同的初始速度，生成多个起始结构呢？这部分是怎么操作的呢？

Accelerator 发表于 2022-5-18 17:11
链接: https://pan.baidu.com/s/10sUwJgdqZ4v1tUxaP2ogiQ?pwd=munm 提取码: munm

收到，谢谢老师！

Kikyou 发表于 2022-5-16 18:46
求一下软件的下载链接

链接: https://pan.baidu.com/s/10sUwJgdqZ4v1tUxaP2ogiQ?pwd=munm 提取码: munm

求一下软件的下载链接

星斗如盘 发表于 2021-8-10 19:43
使用IOp(1/44=N)，N设置为多少比较合适呢？

随意
这只是个随机数种子，不懂什么叫随机数种子的话google一下便知

sobereva 发表于 2021-8-10 19:34
ADMP和BOMD的情况完全不同，我前面说的是BOMD
Gaussian里的ADMP没法等效地实现

使用IOp(1/44=N)，N设置为多少比较合适呢？

星斗如盘 发表于 2021-8-10 19:20
这个具体怎么操作呢？我使用ADMP，通过shell循环了100次，结果100次的结果都一样。

ADMP和BOMD的情况完全不同，我前面说的是BOMD
Gaussian里的ADMP没法等效地实现

sobereva 发表于 2020-4-16 13:49
其实用Gaussian的BOMD也可以做同样的准经典动力学模拟，感觉用起来更清爽和省事。只需通过shell循环就可以 ...

这个具体怎么操作呢？我使用ADMP，通过shell循环了100次，结果100次的结果都一样。
以前尝试过用xtb跑动力学，循环100次是可以得到不同的结果，不过使用xtb不能更改计算水平。现在想在b3lyp-D3/6-31g(d)水平下跑一下过渡态

有PROGDYN编译后的安装包吗？

Daniel_Arndt 发表于 2021-8-7 12:29
程序作者Daniel A. Singleton的使用了progdyn的文章里面会在Supporting Information部分附上代码。

嗯嗯，找到了，还有一些问题，希望请教您