原因很简单啊，一般是反应中心T原子，加周围的4个氧，再加这4个氧连的T原子。理由就是计算者认为的反应活性位置呗。至于在ONIOM模型中，要说选多大合适，当然是越大越好，但是要考虑高层的计算量，不少文献里会比较高层的不同选择方法对结果的影响的。
另外，没看出你两个图的区别，没有把高层和低层显示出来。