| Fu老师，请问eABF方法能用来研究纳米晶体不同取向聚集过程的PMF吗？我的纳米晶体模型大约2000个原子，按照这个帖子尝试算了一下真空中两个纳米晶体的聚集，初始间距为15A，采样范围2~17A，模拟开始后间距会迅速迅速减小到2A，然后一直在那个位置小幅振荡，是我力常数设置太小的原因吗？还是采样时间不够？ |
| 付老师您好，请问一下 plumed 里面，funnel 能用于 wtm-eabf 吗 |
DwyaneWan 发表于 2024-11-4 11:47 选择CV以后用eABF或者其他方法做自由能计算 |
fhh2626 发表于 2024-10-16 13:02 Fu老师，请问在用colvars进行coordination numbers作为模拟CV，但我想把其中两个原子作为CV和自由能的关系表达出来，应该用何种方式进行reweight呢？ |
DwyaneWan 发表于 2024-10-15 23:36 不能，把energy作为CV没有任何作用 |
fhh2626 发表于 2024-10-15 17:31 fu老师，我看plumed可以支持把体系势能项作为CV，然后结合特定的结构序数参数来研究结晶过程。不知道colvars能否把energy项目作为CV？ |
DwyaneWan 发表于 2024-10-15 00:11 技术上可以实现，但是所有原子coordinate维数太多了啊，没有办法有效增强采样的。 水结冰过程已经研究得很充分了，可以参考一下近期高毅勤课题组的文章，是用增强采样方法研究水结冰的https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.2c02176 |
yyf123 发表于 2024-10-13 01:41 可以勾上的 不一定，虽然Drude原理上可能比CHARMM力场更准确，但是Drude本身优化得并没有CHARMM力场好，尤其是小分子力场 |
| fu老师你好，不知道能否把所有原子coordinate设置成CV，例如用WTM-eabf方法去研究在三维周期性结构的水分子结冰的自由能过程？ |
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本帖最后由 yyf123 于 2024-10-14 12:14 编辑 付博士您好，我发现我的配体和蛋白有阳离子π相互作用，请教一下您，这个适合用什么力场？ charmm-gui 里面 charmm36m 力场下面的 WYF parameter for cation-pi interactions 这个设置是否能准确描述呢? 对于药物小分子和蛋白的结合，是否drude力场一定比普通力场要好，可以无脑使用呢？ 谢谢您的指导 |
docshen777 发表于 2024-10-7 19:46 有用，但是建议你看看你的CV是否合适。这种情况多半是CV不合适引起的 |
| 请问付老师，我的计算两个CV，第一个CV的范围是2.3-6.8 A，但是长期的采样只能在5.0-6.8A进行，下不去5.0，这种情况应该改变哪个参数？改变wtm的hill高和宽有用么？还是说改变eabf的参数？ |
fhh2626 发表于 2024-9-28 14:01 好的,谢谢老师 确实5个cv太多了,我看看能否简化 |
po390 发表于 2024-9-27 18:08 可以，但是要仔细设计CV，五维的自由能计算肯定跑不动的（就算你真的跑得动也没办法可视化分析） |
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