计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

查看数: 182792 | 评论数: 143 | 收藏 Add to favorites 98
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2018-9-5 07:14

正文摘要:

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题Installation method of Gaussian and issues related to running 文/Sobereva@北京科音First release: 2018-Sep-5  Last update: 2023-Aug-29 Gaussian是目前 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-9-28 23:33:28
鉴于问以下问题的已经成了周经,给本文1.4节加入了以下内容,以后回答时直接引用此文
(9)Gaussian任务没有报错,但是却莫名其妙停了怎么办?
有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词再试。也可以尝试重启计算机
2 当前版本Gaussian的bug。尝试其它版本或其它操作系统的Gaussian
3 当前Gaussian版本和计算机的软件环境有兼容性问题。可尝试其它版本或其它操作系统的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版的Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉乃至完全卸载再试(最坏的情况也可能需要重装操作系统)
4 任务被bad people杀了。重算,如果发现的确是有人恶意杀了你的任务,找管理员告状
5 任务被作业调度系统杀了(如超过了任务执行时间上限、内存最大使用量等原因),咨询计算机的管理员
6 给Gaussian用的内存分配得不够。增大%mem或配置文件里的默认的内存设置(-M-)。也可能虽然内存分配得够,但当前计算机的空余物理内存不够导致没法成功分配那么多内存。还可能一开始空余物理内存够,但运行中途有其它程序占了过多内存导致Gaussian没法再利用足够的内存
7 计算机硬件不稳定,检修或换成其它机子

sobereva 发表于 Post on 2024-7-10 15:22:11
孤忆梦影 发表于 2024-7-10 14:44
并没有其他任务,用的超算,按申请的核心数分配内存;申请120核计算,至少有450G的内存,后面测试设置360 ...

没有额外的设置
咨询管理员
孤忆梦影 发表于 Post on 2024-7-10 14:44:34
sobereva 发表于 2024-7-10 14:39
说明当前有其它任务占着内存
我的512GB机子如果只跑一个Gaussian任务的话,一般都是给Gaussian分配480GB

并没有其他任务,用的超算,按申请的核心数分配内存;申请120核计算,至少有450G的内存,后面测试设置360G 、300G、260G均无法计算 刚开始就报内存异常,只有设置250G能正常计算且能计算完成
是否是哪里需要其他设置呢 就像核心数需要设置才能超过64核一样
sobereva 发表于 Post on 2024-7-10 14:39:03
孤忆梦影 发表于 2024-7-10 11:29
请问一下高斯内存设置有上限吗  512G的机器gjf设置400G内存刚开始计算就报错  显示galloc:  could not allo ...

说明当前有其它任务占着内存
我的512GB机子如果只跑一个Gaussian任务的话,一般都是给Gaussian分配480GB
孤忆梦影 发表于 Post on 2024-7-10 11:29:14
本帖最后由 孤忆梦影 于 2024-7-10 14:30 编辑

请问一下高斯内存设置有上限吗  512G的机器gjf设置400G内存刚开始计算就报错  显示galloc:  could not allocate memory.: Cannot allocate memory  设置350G也是这样

gjf设置250G可以正常计算
hyc2000 发表于 Post on 2024-7-5 10:29:30
sobereva 发表于 2024-7-5 08:44
环境变量没生效,没包含Gaussian目录
说明source Gaussian目录下的配置脚本没起作用

感谢sob老师的指点,我把之前所有文件删除重新操作一遍之后解决了这个问题,可能是之前解压和移动文件的时候出了差错(下载的软件是压缩文件套压缩文件),另外一个小问题就是重新登录之后环境变量没有自动改,用source ~/.bashrc执行一遍才成功,不知道是什么原因
sobereva 发表于 Post on 2024-7-5 08:44:57
hyc2000 发表于 2024-7-4 09:37
谢谢老师解答,这个环境变量有问题吗?

环境变量没生效,没包含Gaussian目录
说明source Gaussian目录下的配置脚本没起作用
hyc2000 发表于 Post on 2024-7-4 09:37:35
sobereva 发表于 2024-7-3 20:10
用echo $PATH检查当前PATH环境变量


谢谢老师解答,这个环境变量有问题吗?
sobereva 发表于 Post on 2024-7-3 20:10:50
hyc2000 发表于 2024-7-3 13:13
sob老师您好,我在学校的计算平台上按照这个帖子的方法试图安装Gaussian,修改了bashrc文件,并重新连接了 ...

用echo $PATH检查当前PATH环境变量
hyc2000 发表于 Post on 2024-7-3 13:13:11
sob老师您好,我在学校的计算平台上按照这个帖子的方法试图安装Gaussian,修改了bashrc文件,并重新连接了服务器、设置权限,整个过程没有报错,但是之后尝试运行时输入g09+文件名,显示command not found,然后我又试着用source执行了一遍,结果还是一样运行不了。请问该怎么解决?(部分文件夹名字是真实姓名学号所以打了码,这部分拼写检查过没有错误)




wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-8 18:37:56
一条君 发表于 2024-3-8 03:05
【那么还可以同时跑4个乃至8个任务】老师,请问分配核数最好要分为偶数分之一吗?72核分3个任务不如分4个任 ...

总核数给定,而且能整除的情况下,分成偶数份相比分成奇数份没有特殊的优势,也没有特殊的劣势,”4个乃至8个任务“只是举例,并不是说4和8有什么特殊性。不过很多节点的核数是2的幂,此时只有分成偶数份才能整除。
一般来说,当内存足够时,一个任务的并行效率随着该任务核数的增加而单调下降(https://en.wikipedia.org/wiki/Amdahl%27s_law),除非算法特殊,否则不会和核数的奇偶性有关,更不会和同一个节点上跑的任务数的奇偶性有关。
一条君 发表于 Post on 2024-3-8 10:05:54
【那么还可以同时跑4个乃至8个任务】老师,请问分配核数最好要分为偶数分之一吗?72核分3个任务不如分4个任务效率高吗,谢谢
sobereva 发表于 Post on 2023-9-29 05:46:39
初夏浅草 发表于 2023-9-28 17:13
谢谢sob老师,按照教程安装好了。目前集群使用的作业系统是slurm,节点是双路52核,我在Default.Route里设 ...

slurm我不清楚

在输入文件里写上%nproc=52再试
初夏浅草 发表于 Post on 2023-9-28 17:13:17
本帖最后由 初夏浅草 于 2023-9-28 17:19 编辑

谢谢sob老师,按照教程安装好了。目前集群使用的作业系统是slurm,节点是双路52核,我在Default.Route里设置了
-P- 52
但是提交任务运算的时候发现,任务只用了1个核心,是否还有哪里需要配置?

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 16:57 , Processed in 0.311999 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list