fhh2626 发表于 2025-10-13 11:27 额。好吧。我只看到了patch这个。没好好看。谢谢老师。 |
| 您好，https://www.med.unc.edu/pharm/mi ... /installation_namd/这个链接里面的GaMD的namd patch下载的不是教程里面提供。想请问您这边有吗？谢谢。 |
生煎小馒头 发表于 2024-11-15 19:35 缺少相关的库，可能是机器或者系统太老了吧。可以自己编译 |
生煎小馒头 发表于 2024-11-15 19:35 缺少相关的库，可能是机器或者系统太老了吧。可以自己编译 |
| 您好，楼主，我下载的是这个版本的NAMD_3.0.1_Linux-x86_64-multicore-CUDA.tar.gz，为什么我运行./name3会出现这个报错：./namd3: error while loading shared libraries: libmvec.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory，可以帮我解疑一下吗 |
本帖最后由 1758924310 于 2024-4-25 11:27 编辑 fhh2626 发表于 2024-4-24 10:49 您好，我重新安装了一下，但又出现了如下问题： charmc: Executing rm -f charmrun rm -f moduleinit90032.C moduleinit90032.o 请问这个问题该如何解决呢？ |
1758924310 发表于 2024-4-24 10:39 那就重新./config .... |
fhh2626 发表于 2024-4-24 09:46 解压了，在NAMD文件夹里有fftw和tcl俩个文件夹，我再重新执行一下？ |
1758924310 发表于 2024-4-23 22:20 没有解压NAMDlib.zip吧 |
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本帖最后由 1758924310 于 2024-4-23 23:11 编辑 您好，我是Linux子系统Ubuntu安装NAMD，到了 make -j16这步之后显示 /usr/bin/ld: cannot find -ltcl8.6: No such file or directory collect2: error: ld returned 1 exit status make: *** [Makefile:552: psfgen] Error 1 make: *** Waiting for unfinished jobs.... 请问这个问题怎么解决 |
simple123 发表于 2024-2-26 14:19 这个看不出来错误在哪。。你得找到由error开头的报错 |
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本帖最后由 simple123 于 2024-2-26 14:24 编辑 老师您好，请问输入make -j16之后 显示： make: *** [psfgen] Error 1 make: *** Waiting for unfinished jobs.... 这样是指安装失败了吗，请问老师接下来该如何处理？ 下载的软件有：NAMD_3.0b6_Source.tar.gz；openmm-8.1.1；colvars-master.tar.gz；NAMDlib.zip |
shifan 发表于 2024-2-22 10:31 编译charm++的时候不用链接CUDA，NAMD的话应该是可以在CUDA12的机器上编译的。 或者你可以直接下3.0b6的二进制文件来用，最近官网上二进制文件更新很频繁。一半是官网不怎么更新的时候再自己编译安装 |
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我在编译charm的时候出现以下报错 Charm++ NOT BUILT. Either cd into multicore-linux-x86_64-cuda/tmp and try 后来我尝试cuda那一项选择no，就可以正常编译，服务器中装的cuda版本是12，但是 NAMD的arc文件中最高支持的是11 但是由于磁盘空间不够了，无法再装低版本的cuda 请问这个怎么办？ |
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