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基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法

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sobereva

发布时间: 2018-9-6 04:08

正文摘要:

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法A method to batch generate structures in which specific groups are attached to benzene in arbitrary way based on OpenBabel 文/Sobereva@北 ...

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neocc 发表于 Post on 2023-8-25 00:50:14

本帖最后由 neocc 于 2023-8-25 11:28 编辑

按照帖子的说明，将六行SMILES字符串复制保存到subben.smi文件
然后运行 obabel subben.smi -O out.pdb --gen3d -m
出现如下报错，请问应该如何解决呢？  （单独运行每一行smiles字符串都可以正常生成结构）

*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBConversion::OpenAndSetFormat
  Cannot open subben.smi

后来在linux（Open Babel 3.0.0）可以运行，win版Open Babel 2.4.1就报错

snljty 发表于 Post on 2022-1-13 11:31:23

丁越发表于 2022-1-13 11:24
请问下sob老师，在Extensions - Visualization - Multiple Molecule animation里是怎么保存动画的，我怎么 ...

还有个方法就是写脚本每帧截图或渲染，然后得到一个一堆图片的目录，之后可以使用这里的第一个脚本。这里面也有调每帧时长的参数。http://bbs.keinsci.com/thread-27212-1-1.html

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丁越 发表于 Post on 2022-1-13 11:24:34

请问下sob老师，在Extensions - Visualization - Multiple Molecule animation里是怎么保存动画的，我怎么没找到相应的选项？

之前碰到了一个问题，如何去制作一个仅含5帧结构的xyz文件的动画，因为在make movie中没法调整播放的延迟，后来想了个法子将这5帧中插入很多重复帧就可以把make movie的播放速度降下来了。

sobereva 发表于 Post on 2019-8-9 04:09:08

Novice 发表于 2019-8-8 20:21
社长是不是补充一下Openbabel的安装编译过程

对于CentOS，添加了EPEL源之后，yum install openbabel直接就装上了

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Novice 发表于 Post on 2019-8-8 20:21:40

社长是不是补充一下Openbabel的安装编译过程

greatzdk 发表于 Post on 2018-9-8 11:48:29

kyuu 发表于 2018-9-6 12:14
有什么是你见过不牛逼的没

没有啊,狗哥也很牛逼嘛

sobereva 发表于 Post on 2018-9-7 02:41:55

granvia 发表于 2018-9-6 19:38
简单说就是生成拓扑结构

原理上应当可以实现自动随机构建，要是没别人提出过，提出个构建算法，就能发篇不错文章了

granvia 发表于 Post on 2018-9-6 19:38:06

简单说就是生成拓扑结构

xylz6188 发表于 Post on 2018-9-6 14:36:22

sobereva 发表于 2018-9-6 12:06
只要有个标准结构，有个类似通式式的关系，写程序肯定能实现，只是技术层面的问题而已。我对这类体系特征 ...

比如现在大家所探索的煤分子结构、干酪根结构、沥青质结构，这些物质由特定的元素组成，但是结构极为复杂，没有统一的化学式，但研究有极为需要了解他们的结构。

kyuu 发表于 Post on 2018-9-6 12:14:05

greatzdk 发表于 2018-9-6 08:28
老牛逼了。
不过操作smiles还是不太方便

有什么是你见过不牛逼的没

sobereva 发表于 Post on 2018-9-6 12:06:45

xylz6188 发表于 2018-9-6 08:06
Sob，若已知无定型物质的元素百分含量，并且知道芳环比，而且知道像-OH，-COOH等一些基团的存在，可不可以 ...

只要有个标准结构，有个类似通式式的关系，写程序肯定能实现，只是技术层面的问题而已。我对这类体系特征不很清楚，还不好说

Kirisame_Sakuya 发表于 Post on 2018-9-6 11:09:54

simplified molecular-input line-entry system (SMILES)
严谨一些应该是SMILES而不是SMILE

greatzdk 发表于 Post on 2018-9-6 08:28:47

老牛逼了。
不过操作smiles还是不太方便

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