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问题：如何通过Gaussian09的admp关键词得到径向分布函数

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刘小英雄steven

发布时间: 2018-9-7 08:46

正文摘要:

我阅读了一篇利用高斯做ADMP，并且利用径向分布函数验证常温下（300K），基底（FeG）对污染物（CO,SO2等）吸附的稳定性。我的问题是：1）在gaussian09中如何编辑输入文件呢？我在输入文件中加上了admp 和 temperatur ...

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sobereva 发表于 Post on 2018-9-8 03:41:37

先确保能跑出来能反映问题的轨迹，原文中应当对初始条件有所说明。temperature关键词设的不是AIMD过程的温度，怎么设模拟过程的温度在本论坛里以前我提过，通过IOp实现，用首页google框搜索可找到

轨迹跑出来之后，可以自写程序统计，不是难事。也可以把轨迹转化为VMD可以认的pdb格式的轨迹，见
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126
然后用VMD的extensions-analysis里面的rdf计算插件获得rdf曲线

可能能用来说明不易迁移，但应当有明显更好的方式，比如把Fe的移动轨迹绘制成折线来显示在结构图上，更直观

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